第1話『戦慄のブルーアイズ・ホワイト・ドラゴン』
遊戯の祖父・双六が持つ町レアカード「青眼の白龍」を狙い海馬がデュエルを仕掛けてきた。倒れた祖父に代り遊戯が立ち向かう。
第2話『幻想師(イリュージョニスト)ノー・フェイスの罠』
遊戯の元に届いたビデオ、それはデュエルモンスターズの生みの親ペガサス・J・クロフォードのものだった。千年アイテムを持つペガサスが闇のゲームを仕掛ける。
第3話『失われしエクゾディア』
遊戯は祖父を救い出すため、ペガサス主催のデュエル大会に臨む。城之内も出場しようとする。彼には出場しなければならない事情があったのだ。
第4話『インセクターコンボ』
全国大会の優勝者・インセクター羽蛾と遊戯のデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。
第5話『究極完全態グレート・モス』
羽蛾の必勝コンボ・グレートモスが炸裂!遊戯は劣勢を跳ね返せるか!?勝利を手にすることができるのか?1
第6話『華麗なるハーピィ・レディ』
孔雀舞が現れ、デュエルの相手に城之内を指名。伏せたままでカードがわかる舞に城之内は苦戦する。しかし、失明寸前の妹のため城之内は負けられない!
第7話『海神(かいじん)リバイアサン』
遊戯たちの前に現れた梶木漁太は海のデッキを操るデュエリスト。海フィールドでの決闘は圧倒的に遊戯が不利だった!追いつめられた遊戯に逆転の秘策はあるか!?
第8話『奪われたブルーアイズ・ホワイト・ドラゴン』
海馬の弟・モクバが現れた。彼は参加デュエリストから盗んだデッキで遊戯に挑戦する。遊戯たちは海馬コーポレーションを乗っ取ろうと企むペガサスの陰謀を知る。
第9話『起死回生!マジカルシルクハット』
ペガサスから刺客・物真似師が差し向けられた。海馬の姿と声に遊戯は動揺する。そして海馬の青眼の白龍が遊戯に襲い掛かる。
第10話『逆襲のブルーアイズ・ホワイト・ドラゴン』
ペガサスの陰謀を知った海馬は、コンピュータネットで遊戯のデュエルに介入しようとしたが、ペガサスに阻まれる。海馬のカードの前に遊戯は絶体絶命の危機!
第11話『友情パワー!バーバリアン1号・2号』
舞のしもべとなった竜崎と城之内のデュエル。準優勝者竜崎の恐竜デッキに歯が立たない城之内を救ったのは、本田からもらったカードだった。
第12話『黒き炎!レッドアイズ・ブラックドラゴン』
レアカード・時の魔術師の力で城之内が竜崎を下す。その夜、舞とひとときの休息を取る一行。そこに現れたのは、なんとクラスメイトの獏良だった。
第13話『メタモルポットの罠!炎の剣士危うし』
千年リングの闇の力で遊戯たちはカードに封じ込まれてしまう。それはデュエルでの死が現実の死につながる闇のデュエルだった。
第14話『漆黒のデュエル!闇晦ましの城』
舞が、闇を操るプレイヤーキラーに襲われ、スターチップを失ってしまった。遊戯が立ち向かうが、特殊なデュエルリングでの卑怯な決闘に引きずり込まれてしまう。
第15話『闇を切り裂け!光の護封剣』
「後3ターンできさまは終わりだ!」圧倒的な劣勢の中で、遊戯はプレイヤーキラーを挑発する。光の護封剣で闇を照らした遊戯の次の手は!?
第16話『激突!ブルーアイズvsレッドアイズ』
海馬瀬人が王国に降り立った。遊戯が物真似師から取り返したデッキを受け取った海馬に、城之内が挑みかかる。城之内と海馬のデュエル!
第17話『恐怖!リビング・デッドの呼び声』
海馬に歯が立たなかった城之内だが、気を取り直してデュエルに燃える。遊戯たちと離れたすきにバンデット・キースの罠に落ち、墓場フィールドでのデュエルに突入。
第18話『右手に盾を左手に剣を』
遊戯のアドバイス無しで過酷なデュエルを戦う城之内。切り札「時の魔術師」も不発で絶体絶命!城之内を探して、遊戯たちも地下洞窟にたどり着いた。
第19話『迷宮のタッグ・デュエル』
キースに地下に閉じ込められた遊戯たちは、地下迷宮を支配する迷宮兄弟と変則タッグデュエルをすることに。勝たなければ、外には出られない!
第20話『三神合体!ゲートガーディアン』
チームワークで猛攻をなんとか防ぐ遊戯と城之内だが、迷宮兄弟の最強モンスター「ゲートガーディアン」が立ちはだかった。勝機はあるのか!?
第21話『悪魔竜ブラック・デーモンズ・ドラゴン』
遊戯と城之内の息の合ったコンボでゲートガーディアンを撃破!しかし迷宮の出口は、迷宮兄弟の謎掛けに秘められている。果たして出口はどっちだ!?
第22話『宿命のデュエル!遊戯vs海馬』
ペガサスの城の前で、海馬が遊戯を待っていた。モクバを救うために、遊戯を倒しペガサスと戦いたい海馬。城壁の上で遊戯対海馬のデュエル開始!
第23話『最強!華麗!究極竜(ブルーアイズ・アルティメットドラゴン)』
海馬の「死のデッキ破壊ウィルス」により、遊戯は強力カードを失った。対して海馬は青眼の白龍の三体融合により「ブルーアイズアルティメットドラゴン」を召喚!
第24話『クリボー増殖!驚愕の結末』
究極龍を葬る逆転の策を編み出した遊戯。しかし、勝利をとるか、海馬の命を救うか!究極の選択に遊戯の心は揺れる。
第25話『涙のデュエル!フレンドシップ』
スターチップを失った遊戯は茫然自失。舞が現れ、借りたスターチップを返そうとするが、受け取らない。遊戯に代り杏子がスターチップを賭けて舞に挑戦する。
第26話『モクバを救え!海馬vsペガサス』
モクバの魂を賭けて、海馬がペガサスと戦う。ペガサスのマインドスキャンの前に翻弄される海馬。青眼の白龍も奪われてしまう。
第27話『海馬散る!無敵のトゥーンワールド』
ペガサスの「トゥーンワールド」になすすべが無い海馬。死闘の末、力尽き、魂の牢獄に封印されてしまう。遊戯は打倒ペガサスを誓う。
第28話『決戦前夜!ペガサスの秘密』
決戦前夜、遊戯は祖父双六と海馬兄弟のため打倒ペガサスを心に誓う。本田たちは、ペガサスの秘密を探るため城の中を探索。眠り込んだ城之内は、決勝に参加するためのカードをキースに盗まれてしまう。
第29話『絶体絶命!誘惑のシャドウ』
遊戯と孔雀舞のデュエル開始。しかし、眼前のペガサスが気になりデュエル集中できない遊戯を舞が一喝。銀幕の鏡壁、誘惑のシャドウを繰り出す舞の攻撃で、遊戯は絶体絶命の危機に陥る。
第30話『伝説の最強戦士カオス・ソルジャー降臨』
ハーピィズとハーピィズペット竜によって追いつめられてしまった遊戯。もう後が無い状況で、カオスの儀式を引きあて、カオス・ソルジャーを召喚する。
第31話『凶悪・重機械(ヘヴィメタル)デッキ』
城之内は、決勝トーナメントに出場するためのカード「王の右手の栄光」をキースに盗まれていた。それと気づかず、カードを探すが見つからない。城之内の前に舞が現れ、カードを渡す。
第32話『時を超えろ!レッドアイズ・ブラックメタルドラゴン』
機械デッキのパワフルな攻撃に防戦一方の城之内。キースの戦法を真似ることで活路を見出す。レッドアイズをメタル化し、タイムマシンにより時を超えて召喚し、キースを粉砕する。
第33話『友情の決勝戦 遊戯vs城之内 前編』
デュエリストとしての意地とプライドをかけて、城之内は遊戯に挑戦する。互いのカード、戦術を知るふたりによる熱い攻防。ふたりの脳裏を様々な思い出がよぎる。
第34話『友情の決勝戦 遊戯vs城之内 後編』
遊戯からもらった「時の魔術師」によって、城之内は勝利を確信する。が、タイムマジックには城之内が知らない効果が秘められていた。正々堂々と闘ったふたりは友情を再確認する。
第35話『最終決闘(ファイナルデュエル) 遊戯vsペガサス』
双六の魂を取り戻すため、海馬とモクバを救うため、そして城之内の妹の手術台のため、遂に遊戯とペガサスのデュエル開始。本田と獏良は海馬兄弟を救い出すため城に潜入する。
第36話『攻略不能!?無敵のトゥーン軍団』
ミレニアムアイの力によって戦略を見透かされている遊戯にはなすすべがない。ペガサスのトゥーンワールドの前に戦意を喪失する。一方、本田は獏良がみせる闇の力に驚愕する。
第37話『反撃開始!マインド・シャッフル』
ペガサスの攻撃がはずれた!マインドスキャンの効果を消すために、ふたりの遊戯がマインドシャッフルをしていたのだ!トゥーンワールドを粉砕されたペガサスは、闇のゲームへと遊戯を引きずり込む。
第38話『邪眼発動 サクリファイス』
本田は獏良の力の源・千年リングを棄て、モクバの救出にも成功。しかし、闇の魔力の前に表遊戯が力尽き倒れてしまった。絶体絶命の遊戯。杏子たちは闇の中の遊戯を必死で応援する。
第39話『光と闇の融合 ブラックカオス降臨』
杏子たちの願いが遊戯に届き、ペガサスのマインドスキャンを封じることができた。遊戯はマジシャン・オブ・ブラックカオスを召喚、ペガサスを打ち倒す。ショックのペガサスは消えてしまった。
第40話『キング・オブ・デュエリスト』
ペガサスを探す遊戯たち。しかし、闇の獏良がペガサスの千年眼を先に奪い取ってしまった。ペガサスの日記を見つけて、一行は秘密を知る。遊戯は闇の力により謎の男シャーディーと邂逅する。
第41話『アメリカからきた少女』
王国から帰還した遊戯たち、魂を取り戻した双六を囲んで喜ぶ。そこに少女が現れ、「ブルーアイズを返せ」と双六に迫る。双六のかわりにデュエルを受ける遊戯。
第42話『必殺のシャドウグール』
少女・レベッカは双六の友人の孫娘だった。ブルーアイズを奪われたと信じ込んでいたのだ。遊戯はレベッカに勝ちを譲る。そこに彼女の祖父が現れ、誤解を解く。新たな友情に結ばれる遊戯とレベッカ。
第43話『ビッグ5の罠、デュエルモンスターズ クエスト』
海馬瀬人は会社に戻り、ビッグ5と対決。彼らが作ったアドベンチャーゲームを評価するため、バーチャル世界に入った海馬は罠に捕らえられてしまう。モクバは遊戯たちに助けを求める。
第44話『DMクエスト②伝説の勇者 遊戯』
モクバと遊戯、城之内の3人に、孔雀舞がパーティに加わった。捕らえられた海馬の情報を求めて旅を続ける一行。生け贄と間違われてモクバが魔物にさらわれる
第45話『DMクエスト③マスター・オブ・ドラゴンナイト』
モクバが海馬と出会う。遊戯たちに合流し、最終ボスを倒す。ゲームに介入しようとしたビッグ5をバーチャル世界の中に閉じ込めてしまう。
第46話『謎の転校生 御伽龍児』
転校生・御伽龍児が現れ、城之内や遊戯に対して挑発的な態度をとる。新しいパッケージを開けてのデュエルで、御伽が城之内を倒し城之内は犬扱いされる。怒る遊戯に御伽が挑みかかる。「次はお前だ!」
第47話『対決!ダンジョンダイスモンスターズ』
遊戯は、ペガサスが残したもうひとつのゲーム「ダンジョン・ダイス・モンスターズ」での闘いに引き込まれる。御伽が勝ったら、遊戯は二度とデュエルモンスターズをプレイしないと約束する。慣れないゲームに苦戦する遊戯。
第48話『遊戯苦戦 ゴッドオーガスの猛攻』
終盤戦。遊戯に新しいモンスターを召喚するためのスペースは残されていない。絶体絶命のピンチ。
第49話『奇跡のディメンジョン ブラックマジシャン召喚』
遊戯は最も信頼するブラックマジシャンの召喚に成功。遊戯は勝利し、御伽は引き下がる。DDMはDMと並んで、偉大なるゲームデザイナー・ペガサスの遺産として評価される。
第50話『過去からの挑戦 戦慄のゼラ』
遊戯の千年パズルを奪い取り、デュエルを申し込む謎の占い師、実は何者かに操られたバンデット・キースだった!次々に繰り出される強力なレアカードに苦戦する遊戯。
第51話『砕かれた千年パズル』
狂気に駆られたキースが、千年パズルをバラバラに壊してしまう。パズルが鎖に固定されているため、炎に囲まれながらパズルを組み立てようとする遊戯。はたして完成できるのか!?脱出できるのか!?
第52話『失われた王(ファラオ)の記憶』
エジプト考古局のイシズが海馬を呼び出し、デュエルモンスターズの原点となった古代の壁画を見せる。海馬は古代エジプトでのデュエルのイメージを見る。さらにイシズは盗まれた神のカードのことを語る。
第53話『炎のダンスバトル』
表遊戯の計らいで、闇遊戯と杏子のデート。ダンサーになる夢を語る杏子に不良ダンサーが絡む。ダンサーとのデュエル勝負に勝った遊戯は杏子と共にエジプト展に向かう。
第54話『この町は、バトルシティとなる!』
遊戯は自分の絵が描かれた壁画を見る。イシズと会い、自らの出自の謎を意識する。海馬はイシズから託された神のカードをシミュレートしその威力を知る。運命の戦いがはじまる。
第55話『グールズ強襲 狙われた真紅眼の黒竜』
城之内がグールズのレアハンターにレッドアイズを奪われる。まさにその日妹静香の手術の日だった。本田に連れられ静香と会った城之内は、諦めずに闘うことを誓う。
第56話『激闘!バトルシティ開幕』
大会が始まった。遊戯は城之内が奪われたレッドアイズを取り戻すため、レアハンターと闘う。
第57話『逆転 連鎖破壊(チェーンディストラクション)』
レアハンターの作戦を見破った遊戯だが、次のターンで「封印されしエクゾディア」は完成してしまう。「光の封殺剣」で時間を稼ぎつつ、遊戯は言葉でレアハンターを追いつめていく。
第58話『エスパー絽場 サイキックデッキの恐怖』
城之内の最初の相手は、ダイナソー竜崎を破ったエスパー絽場。相手の手札を見抜く超能力デュエリストを相手に城之内は大苦戦。その様子をインターネットを通じて静香と本田が見ていた。
第59話『勇気ある賭け 廻れルーレットスパイダー』
絽場のサイコショッカーを前に絶体絶命の城之内に杏子の声援が飛ぶ。「静香ちゃんが見てるのよ!」城之内は最後まであきらめない。運命を託したルーレットスパイダーが廻る。
第60話『ブラックマジシャン使いパンドラ』
遊戯の前に現れたグールズのデュエリスト・パンドラは、3枚の「ブラックマジシャン」をデッキに入れたブラックマジシャン使いだった。遊戯のブラックマジシャンが封じられてしまう。
第61話『魂のブラックマジック』
回転鋸が敗者を襲う必死のデュエル。ブラックマジシャンへの対策を用意したパンドラの前に追いつめられていく遊戯を救ったのは、ブラックマジシャンだった。
第62話『魔術師の弟子 ブラックマジシャンガール』
ブラックマジシャン使い・パンドラが知らない黒魔術師の弟子ブラックマジシャンガールで、遊戯がパンドラにとどめを刺す。そして、パンドラを操るマリクの声が!
第63話『復讐の罠 暴走!パラサイド』
インセクター羽蛾の挑戦を受けた城之内だが、デッキの中には「寄生虫パラサイド」が仕込まれていた。羽蛾の強力インセクトデッキに為すすべがない城之内!
第64話『鋼鉄(はがね)の騎士ギア・フリード』
城之内の「鉄の騎士ギアフリード」はパラサイド・コンボの影響を受けていなかった。卑怯なインセクター羽蛾に、城之内の逆転コンボが炸裂する。
第65話『マリク始動 神のコンボ』
マリクの操り人形が遊戯を襲う!寡黙な人形とはパントマイマーのことだった。神のカード「オシリスの天空竜」をもつパントマイマーにマリクの意識が宿り、遊戯との死闘が始まる!
第66話『オシリスの天空竜 SAINT DRAGON -THE GOD OF OSIRIS』
遂にオシリスの天空竜が召喚された。マリクは、手札の数だけ攻撃力を増す能力を、魔法カード「無限の手札」とのコンボで強化する。絶体絶命の遊戯!
第67話『神を超えろ!究極の無限ループ』
「無限などまやかしだ!神を超えてみせろ!」苦戦する遊戯に対して海馬の激が飛ぶ。オシリスの攻撃力は2万を超え、遊戯を圧倒する。遊戯は神を超えることができるか!!
第68話『見えない敵 シーステルスⅡ』
遊戯の仲間がマリクに狙われている?!焦る遊戯は城之内たちを探す。そのころ、城之内は以前遊戯と闘ったことがある梶木漁太と水族館でデュエルを開始!
第69話『伝説のフィッシャーマン』
梶木漁太はやはり手強かった。シーステルス戦術を見破ったまでは良かったが、城之内の不利は続く。マリクの魔手が虎視耽々と城之内たちを狙っていた。
第70話『仮面の呪縛 高層のデュエル』
城之内らの元へと急ぐ遊戯と海馬の前に仮面のデュエリストが現れた。モクバをも捕らえたレアハンターたちとの命を懸けたタッグデュエルが始まる。
第71話『封じられた神のカード』
仮面レアハンターたちの連係プレーにより、生け贄召喚を封じられた遊戯と海馬。上級モンスターを召喚することも攻撃することもできない。城之内やモクバの安否も気がかりだ。
第72話『結束せよ!』
タッグデュエルで勝利するためには、結束の力が必要だ!仮面レアハンターたちの連携を乱し、遊戯と海馬が結束することはできるのか?
第73話『オベリスクの巨神兵 THE GOD OF OBELISK』
遊戯のマグネット・バルキリオンが仮面デュエリストの手に落ちる。だが、遊戯と海馬の連携プレーで神モンスター「オベリスクの巨神兵」を召喚。モクバは無事に脱出したが、杏子たちは捕らえられたまま。そして本田と静香も童実野町へ。
第74話『絆』
城之内らを救出するために、童実野埠頭へ急ぐ遊戯、海馬、モクバ。バトルシティでの戦いを振り返る。そして、遊戯と城之内の約束・友情を振り返り救出を誓う。
第75話『非情の決闘(デュエル)遊戯vs城之内』
遊戯たちを待っていたのは、マリクに操られた城之内。杏子を人質にとられ、遊戯と城之内の命を懸けたデュエル開始。
第76話『届け!友情の真紅眼の黒竜(レッドアイズブラックドラゴン)』
操られた城之内は禁止カードで遊戯を攻撃する。躊躇する闇遊戯に替わり、表の遊戯が前面に立つ。城之内との友情のカード「真紅眼の黒竜」を召喚。さらに千年パズルを城之内に託す。
第77話『絶望へのカウントダウン』
城之内への洗脳が少しずつ解け始める。マリクの命令に抗い、真紅眼の黒竜へ攻撃しない城之内。一方、本田と静香もグールズに追われ、御伽、舞と合流して、童実野埠頭にやってくる。
第78話『ボクを撃て!運命のラストターン』
精霊の鏡を使って自らのライフを0にした遊戯は錘に引きずられ海中に没する。我にかえった城之内が自分の身をかえりみず遊戯を救う。そして、海馬、静香たちがふたりを救うために動き出す。
第79話『ゴーストデッキvsオカルトデッキ』
遊戯を葬れなかったマリクは「バトルシティ」の決勝トーナメントに向かう。それを知った獏良は重傷の身でバトルシティに参加する。ゴースト骨塚と墓場でデュエル。
第80話『忍者使い(ニンジャマスター)マグナム見参』
パズルカードが指し示す「バトルシティ」決勝会場に向かう遊戯たちの前に、映画スター、ジョン・クロード・マグナムが現れた。デュエルで勝ったら結婚しろと、孔雀舞に迫る。
第81話『バトルシップ発進!』
決勝トーナメントは、巨大な飛行船の上の特設リング。海馬、遊戯、城之内、孔雀舞が集結。そこにナムと偽ったマリク、傷ついた獏良、そしてマリクと名乗るリシドが登場し、飛行船が発進する。
第82話『天空のファーストデュエル 遊戯vs(バーサス)闇の獏良』
トーナメントの1回戦は、獏良と遊戯。千年パズルに宿る闇の人格に操られた獏良は、ダークネクロフィアを召喚。遊戯はブラックマジシャンガールでダークネクロフィアを葬るが、それが恐怖のオカルトコンボの引き金だった。
第83話『死を呼ぶウィジャ盤』
フィールド魔法・暗黒聖域の効果で、遊戯のモンスターは怨霊に憑依され遊戯自身のLPが削られていく。さらにウィジャ盤を召喚。D・E・A・T・Hの5文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない!
第84話『闇を砕け 神の一撃!』
怨霊がさまよう暗黒聖域では遊戯に打つ手はない。遊戯に残された唯一の手は、神のカード・オシリスの天空竜を引き当てること。しかし、マリクは獏良の命を盾に遊戯を脅迫する。
第85話『秘められた力 神のカードの謎』
獏良は昏睡状態に。一方、遊戯の前にはシャーディが現れ、神のカードの呪われた歴史を語る。エジプトの古代遺跡を基に3枚のカードを作ったが、制作に携わった人間には次々と不幸がおきていた。強引に完成させたペガサスも、結局、墓守の一族に返したというのだった。
第86話『城之内vs(バーサス)トラップデッキ』
はやる城之内の対戦相手はマリクを名乗るリシド。洗脳され、操られた怒りをぶつけようとする。リシドは「王家の神殿」を出し、罠を張りめぐらせる。城之内は罠を消し去る「ハリケーン」を使うが、トラップ「アヌビスの裁き」を受ける。
第87話『受け継ぎし魂(カード)サイコショッカー反撃!』
モンスターが少ないリシドのデッキには、トラップモンスター「アポピスの化身」が隠されていた。城之内のライフポイントは一瞬にして200に激減。サイコショッカーを召喚して罠を破壊するが、リシドは神殿の守護神「聖獣セルケト」を召喚。
第88話『ラーの翼神竜を召喚せよ』
城之内のモンスターを喰らい攻撃力を上げていく聖獣セルケトの前になすすべがない城之内。しかし、城之内はリシドの戦いぶりに直感する。「お前はマリクじゃねえ!」マリクはリシドに「ラー」を召喚するよう命じる。
第89話『ラーの怒り 立て!城之内』
リシドのデッキの中の「ラーの翼神竜」はコピーカードだった。リシドと城之内は神の怒りの雷に打たれ倒れる。先に立ち上がり勝利を得たのは城之内だった。そのとき、マリクのなかのもうひとつの人格が目覚める。
第90話『舞vs(バーサス)マリク 闇のデュエル』
リシドが倒れたことによって目覚めたマリクの中に潜む残虐な人格と孔雀舞が戦う。マリクは闇のゲームによって、孔雀舞が最も恐れるものを見せて舞をいたぶる。それは、「孤独」だった。
第91話『神のカードを奪え』
孔雀舞の記憶から仲間の記憶が失われていく。杏子、そして城之内。失いたくない記憶を守るために、舞は精神力を振り絞り戦う。舞はマリクから、ラーの天空竜のカードを奪い取ることに成功する。
第92話『古代神官文字(ヒエラティック・テキスト)の謎』
ラーの天空竜のカードには、古代神官文字が書かれていて、舞には使えない。ラーはマリクの呪文によって鳥型に変形、舞を攻撃する。城之内が舞をかばい、さらに遊戯が城之内をラーの攻撃から守る。マリクの勝利。
第93話『海馬vs(バーサス)8人目のデュエリスト』
海馬の相手はイシズ。海馬はデッキ破壊によってイシズを圧倒するが、イシズは墓場と山札を交換するカードをによって形勢を逆転する。
第94話『未来を変える一撃』
未来を見ているイシズは、海馬にオベリスクを召喚させる。オベリスクには罠が仕込まれていた。海馬が攻撃しようとした瞬間、海馬の脳裏に古代のビジョンが走る。海馬はブルーアイズを召喚、勝利する。イシズが見た未来とは別の未来が始まった。
第95話『明かされるイシュタール家の真実』
イシズは墓守の一族の謎について語る。かつて千年アイテムと王の記憶のありかを守る為、俗世と離れ地下で暮らしていたが、ある事件を機にマリクは千年ロッドを我が物とし、力を持つ様になったと言うのだ。そのころ、マリクと獏良は闇のゲームで決闘する。
第96話『闇対闇(マリクvs獏良)』
闇マリクと闇獏良の決闘①。負けた方が消える闇のゲームだ。獏良の中にはマリクの表の人格が宿っているが、闇マリクはデッキを一新し、札は読めない。攻撃を受けLPが削られた獏良の体の一部が、闇に消える。
第97話『ONE TURN KILL(ワンターンキル)』
闇マリクと闇獏良の決闘②。獏良は「ラーの翼神竜」を奪って召喚するも、生け贄の攻撃力をゼロにされ攻撃できない。そればかりかマリクにカードを取り返され、プレイヤーのLPを攻撃力に変えるという第二の特殊能力に一瞬で敗れ、闇に消される。
第98話『未知なる挑戦者 巨大機動要塞浮上!』
決勝の舞台・アルカトラズ島は目前。だが、バトルシップに異変が。突如、制御不能になり何者かのコントロールのままに海面に開いた基地に誘導される…謎の少年・乃亜と肉体を失ったビッグ5が、デッキマスターシステムでのデュエル対決を要求する。
第99話『デッキマスター深海の戦士』
謎のバーチャル世界に別々に放り込まれた遊戯達。遊戯の前にはビッグ1が現れてデュエル対決。負ければ肉体を奪われてしまう。深海の戦士に姿を変えたビッグ1に対し、遊戯はクリボーをデッキマスターに従えて挑む。
第100話『恐怖の再生コンボ』
遊戯vsビッグ1の決闘②。攻撃したポイントが自分のライフにはね返ってくる「リフレクター・ホール」、ダメージを受ける度にモンスターを特殊召喚する再生コンボに苦しめられる遊戯。一刻も早く決着をつけて、仲間を助けたいが…。突破口はあるのか。