第101話『反撃のレインボーアーチ』
遊戯vsビッグ１の決闘③。ギリギリまで追いつめられた遊戯。流れを変える為にはクリボーのデッキマスター能力に賭けるしかない！「虹色の祝福」とのコンボで、七色のクリボーのレインボーアーチを作り、ビッグ１に直接攻撃して逆転勝利。
第102話『氷上の決闘（デュエル） 狙われた杏子』
杏子の前に現れたのは、ペンギンをこよなく愛するビッグ２。氷上の世界を舞台に杏子はブラマジガールを、ビッグ２はペンギンナイトメアをデッキマスターに選びデュエル開始。ＬＰが減る毎に足元から凍り始めるシステムに杏子は追いつめられる。
第103話『輝け！賢者の宝石』
杏子vsビッグ２の決闘②。ビッグ２はデッキマスター能力でモンスターの攻撃力をアップさせ、杏子は半身氷づけに。杏子は遊戯との会話を思い出しマハーヴァイロの特殊能力で反撃。「賢者の宝石」を引き当て、遊戯のデッキにいるブラックマジシャンを召喚し、ダブルブラックマジックで勝利。
第104話『デッキマスター ジャッジマンの裁き』
城之内を迎え撃つのは、ジャッジマンの姿をした元・法律顧問ビッグ３。城之内は炎の剣士をマスターに一気にガンガン攻める。調子に乗りすぎた城之内に対し、ビッグ３は「魔界の司法取引」で自らのLPを回復させる。
第105話『勝利への賭け』
城之内vsビッグ３の決闘②。「魔界の司法取引」で形勢逆転されピンチの城之内は、ギャンブルカードを発動し運に賭ける。が、はずれ続き。だがそれは、ビッグ３がイカサマでコントロールしていた。それを知った乃亜が怒り…
第106話『男の花道 本田玉砕』
本田・御伽・静香の前に現れた元・工場長のビッグ４は、３対１のデュエルを申込む。調子のいい本田は「城之内にデュエルを教えたのは俺だ」と言うが…。デュエル中もたえず静香をかばう本田。そして遂に自らのデッキマスターで犠牲になり、消えてしまう。
第107話『聖女ジャンヌ 三位一体の攻撃』
本田が消え動揺する御伽と静香。御伽は得意のダンジョンダイスモンスターズに持ち込み挽回するが、またピンチに。２人のもとへ辿り着いた遊戯達は「３人の力を合わせて」と言うが…。本田の残した伏せカードに運命を賭け、逆転勝利。
第108話『さらわれたモクバ 海馬ｖｓ（バーサス）サイコショッカー』
皆の前に現れた本田。だが魂はビッグ４に乗っ取られており、モクバをさらって逃げる。追う海馬の前には、元・側近でもあったビッグ５が立ちはだかる。海馬を知りつくした彼は、サイコショッカーをマスターにデュエル開始。
第109話『宇宙からの攻撃 サテライトキャノン』
海馬ｖｓビッグ５の決闘②。ライフ回復コンボに苦しめられる海馬。宇宙空間に打上げられたサテライトキャノンはターン毎に攻撃力を蓄えるだけでなく、並のモンスターでは太刀打ちできない。あのカード…ブルーアイズを召喚するしか手はない。
第110話『深まる謎 乃亜の正体』
乃亜は海馬に「自分こそが剛三郎の唯一の息子であり、貴様は当て馬として海馬家に迎えられた」と告げる。海馬は過去の乃亜の映像を見て、年令の矛盾に気付く。一方、外の世界ではマリクが動き出す。
第111話『ビッグ５の逆襲』
ビッグ５の５人は奪った本田の肉体に入り込み、遊戯達に再戦を挑む。遊戯＆城之内vs５体のデッキマスターを有するビッグ５（本田）でデュエル開始。お互いの肉体を賭けた戦い!?。ビッグ５側は交代で本田の中に現れては攻撃する。
第112話『狙われた城之内 勝利への連係プレー』
遊戯＆城之内vsビッグ５達の決闘②。ビッグ５達は弱い城之内を集中的に攻撃し、LP３００までになる。遊戯は意味深な笑みを浮かべて伏カードを置き、誰もがトラップと思うが、実は城之内から敵の目をそらす作戦だった。２人は苦戦しつつも持ちこたえる。
第113話『倒せ！ファイブゴッドドラゴン』
遊戯＆城之内vsビッグ５達の決闘③。敵の５体のデッキマスターが融合して召喚されたファイブ・ゴッド・ドラゴンは、攻撃力５０００！。しかし遊戯等は幻影の騎士～黒魔法剣士で、ついには敵を倒すが、本田の肉体も再び消えてしまった。
第114話『乃亜ｖｓ（バーサス）瀬人 天地創造の決闘（デュエル）』
モクバを探す海馬の前についに乃亜が現れる。「どちらが海馬コーポレーションの真の後継者にふさわしいかデュエルで決着をつけよう」。海馬はカイザー・シーホースをデッキマスターに従えるが、乃亜のマスターは未だ謎に包まれている。
第115話『無敵 デッキマスター奇跡の方舟』
海馬vs乃亜②。乃亜のデッキマスターは奇跡の方舟。自信満々に勝利宣言をするが、海馬はその上を行っていた！そして、乃亜へのとどめの一撃のチャンス。だがモクバが飛び出し、乃亜をかばおうとする。海馬は攻撃を止めざるを得ない…
第116話『モクバを救え！ 運命の第七ターン』
海馬vs乃亜③。立ちはだかるモクバに攻撃できない海馬はチャンスを逃す。乃亜の容赦ない反撃が始まる。モクバは海馬の呼びかけに少しずつ自己を取り戻す。だが既にＬＰは7400ｖｓ400。海馬は「天界王シナト」に敗れ、モクバもろとも立像にされる。
第117話『引き継ぎし山札（デッキ） 遊戯ｖｓ（バーサス）乃亜』
遊戯は、モクバを盾にして海馬に勝った気でいる卑怯な乃亜が許せない。残された海馬のLP（400)を受け継ぎ、圧倒的に不利な状況で乃亜に挑む。スピリットモンスターシリーズの攻撃を受けて遊戯のLPは100に。
第118話『ＬＰ（ライフポイント）１００００ｖｓ（バーサス）１００!!』
遊戯vs乃亜②。乃亜はマスター能力でLPを増加させ遂に１万を超える。遊戯は、城之内達を次々と像にされて心理的にも追いこまれる。だが心の中にいる仲間達の声を聞き最後の可能性を信じて、海馬の残した３体のブルーアイズを召喚する。
第119話『海馬家の闇』
遊戯が乃亜に勝ち、仲間達も像から元に戻る。そこへ剛三郎が突如現れ、皆をこのバーチャル世界へ閉じ込めたと言う。脱出方法を知るのは乃亜のみ。遊戯たちは言われるがまま、バーチャル童実野町へ行く。
第120話『エクゾディア・ネクロス』
乃亜はモクバの肉体を奪い一人現実世界へ脱出し、要塞へ向けたミサイルのスイッチを押す。後にモクバの優しい言葉を思い出して引き返すが、発射機器をマリクに破壊され、止めることができない。一方、海馬と剛三郎はデュエルで決闘。
第121話『脱出!!』
ミサイルは刻一刻と要塞に向かっている。乃亜は、杏子たちから順にバーチャル世界から現実世界へ脱出させる。海馬は剛三郎とのデュエルに勝ち、遊戯と共に間一髪で脱出する。乃亜は自らバーチャル世界へ帰り、剛三郎と共に消える。
第122話『決戦の地アルカトラズ』
バトルシップはアルカトラズ島に着地する。デュエルタワーにて対戦相手を決めるためのバトルロイヤルが開始される。遊戯、城之内、海馬、マリクはそれぞれの思いを胸に攻撃対象を思案する。
第123話『バトルロイヤル！』
バトルロイヤル②。海馬が城之内に攻撃すると遊戯が出て庇う。またマリクはダメージを「痛魂の呪術」で城之内に移し替える。しかしマリクのトラップを遊戯はカウンタートラップで返し、マリクもダメージを受ける。マリクと城之内が劣勢となる。
第124話『それぞれの対戦者』
バトルロイヤル③。城之内は海馬のトラップ効果を「墓あらし」と「痛魂の呪術」でマリクにダメージを振り替えて、まずマリクが負ける。城之内も遊戯との対戦の思いを吹っ切り、早くマリクと対戦して舞を助けるため、計算通りに負ける。
第125話『闇の準決勝 城之内ｖｓマリク』
デュエルタワー頂上にて準決勝１戦、城之内vsマリクがデュエル開始。モンスターのダメージをプレイヤーが体感する闇のゲームだ。城之内はモンスターに巻き付いたプラズマイールからの電撃を受けて、同じくマリクに苦しめられた舞を思う。
第126話『地獄の詩人ヘルポエマー』
城之内vsマリクの決闘②。城之内はへルポエマーで毎ターン手札からカードが奪われる。それを逆手にとりクイズでサイコショッカーを召喚、罠カードを破壊する。が、ラヴァ・ゴーレムの鉄檻に閉じ込められて再びピンチになる。
第127話『逆転！稲妻の戦士（ギルフォード・ザ・ライトニング）』
城之内vsマリクの決闘③。ラヴァ・ゴーレムに閉じ込められた城之内は毎ターン１０００P削られる。ギルフォード・ザ・ライトニングを召喚して一旦は敵モンスターを一掃するが、遂にマリクはラーの翼神竜を召喚。最終形態＝ゴッドフェニックスが出現する。
第128話『城之内死す』
城之内vsマリクの決闘④。城之内はラーのゴッドフェニックスによって精神力が燃えつき、LPを残したまま倒れる。「城之内君まで倒れ、もう戦えない…」と遊戯は思い悩むが、千年タウクを通して見た未来は…。
第129話『天空闘戯場（コロシアム） 遊戯ｖｓ海馬』
準決勝第２戦は遊戯vs海馬、天空コロシアムでの決闘だ。海馬は早速オベリスクを召喚しようとするが、遊戯の「光の封殺剣」にかわされる。さらに海馬が「天声の服従」で遊戯からオシリスを奪うが、すぐ「エクスチェンジ」で取り戻される。２つの神をめぐる攻防が続く。
第130話『神を喚（よ）ぶ三騎士』
遊戯ｖｓ海馬②。遊戯は３体のナイト（キング、クィーン、ジャック）を召喚、それを生け贄に先にオシリスを召喚する。すかさず海馬もＸＹＺドラゴンキャノンを３体に分離させて、オベリスクを召喚。神ｖｓ神のにらみ合いに。
第131話『激突！神（オシリス）ＶＳ神（オベリスク）』
遊戯ｖｓ海馬③。神ｖｓ神の構図のまま、互いに攻撃するチャンスを伺って牽制し合う。オシリスの攻撃力は手札の枚数で決まるが、ついに遊戯は攻撃力6000の瞬間にオベリスクを攻撃する。しかし海馬は「削りゆく命」を発動。4000ｖｓ4000でぶつかることに…
第132話『受け継ぎし宿命の決闘（デュエル）』
遊戯ｖｓ海馬④。4000ｖｓ4000で２体の神がぶつかった瞬間、遊戯と海馬は古代エジプトのビジョンを見る。それは「白き龍」を召喚する若き神官と、「黒き魔術師」を呼ぶ名もなき王の決闘であった。…海馬は「神をも超えたしもべ、ブルーアイズ」で攻撃を再開する。
第133話『友との誓い 真紅眼の黒竜（レッドアイズ ブラックドラゴン）』
遊戯ｖｓ海馬⑤。海馬は３体のブルーアイズを召喚する。しかし遊戯は城之内から譲り受けたレッドアイズを召喚し、「六芒星の呪い」でブルーアイズ１体を撃破。そのころ意識不明の城之内はデュエル覚えたての頃の夢を見て、ついに意識が戻る。
第134話『憎しみを撃て！ブラックパラディン』
遊戯ｖｓ海馬⑥。海馬はアルティメットドラゴンを召喚。怒りや憎しみがパワーの源の海馬に対し、遊戯は「怒りや憎しみでは勝利は得られない」と言って、「融合解除」「魔術の呪文書」の効果と「ブラックパラディン」で勝つ。
第135話『炎の凡骨（ぼんこつ）ロード 城之内ＶＳ海馬』
海馬は遊戯との決闘に負けて愕然とする。そんな海馬を城之内が引き止めて、がれきの中で決闘開始。海馬のデッキ破壊コンボに、城之内はギャンブルカードで対抗し優位に立つ。一方、杏子の中に宿るマリクの人格が動き出す。
第136話『青眼の白龍（ブルーアイズホワイトドラゴン）ＶＳ青眼の白龍（ブルーアイズホワイトドラゴン）』
海馬ｖｓ城之内②。城之内は「墓あらし」と「死者蘇生」でブルーアイズを召喚するが、すぐに海馬も召喚し、ブルーアイズｖｓブルーアイズの相打ちとなる。一方、杏子に宿る表マリクは、闇マリクを倒そうとするが失敗する。闇マリクは更に凶暴化する。
第137話『真のデュエリストへの道』
海馬ｖｓ城之内③。城之内は善戦するも、圧倒的なレベルの違いで海馬が勝つ。「三千年前、王との友情を記すために石版を残したのは神官セトだった」とイシズは海馬に語る。海馬は遊戯に、ラーに対抗できるあるカードを渡す。
第138話『決勝戦（ファイナル） 遊戯ＶＳマリク』
遊戯ｖｓ闇マリクの決闘。はりつけにされた表遊戯と表マリクを賭けた戦い。遊戯は攻撃力6000のオシリスで攻撃するも、マリクは「暗黒の魔再生」と「死者蘇生」で不死の能力を持つラーのゴッドフェニックスを召喚し、2体の神がにらみ合う。
第139話『悪魔の聖域（デビルズサンクチュアリ）発動！』
遊戯ｖｓ闇マリク②。遊戯はドローしたカードを見ずに場に伏せる。それは海馬から受け継いだ「デビルズサンクチュアリ」。メタルデビルトークンが現れてラーの攻撃をかわす。さらに、トークンを生け贄にオベリスクを召喚する。
第140話『不死の壁ゴッドスライム』
遊戯ｖｓ闇マリク③。遊戯は不死のゴッドスライムを前になすすべがない。表マリクの意思は寝たきりのリシドの元を尋ね、感謝の言葉を語る。さらに杏子の体を借りて「僕と共に、僕が生み出した邪悪な心を打ち砕いてくれ」と遊戯に言う。
第141話『オベリスクの怒り ソウルエナジーＭＡＸ』
遊戯ｖｓ闇マリク④。攻撃力６８９９のラーｖｓ攻撃力∞のオベリスクだが、双方とも攻撃をかわす。そして遊戯のターン、マジシャン２体をそろえ、攻撃すればマリクのＬＰは１になるチャンスを迎える。生け贄となったマリクの主人格を思い攻撃をためらう。そこにリシドが現れる。
第142話『バトルシティ終結！』
遊戯VS闇マリク⑤。生け贄の表遊戯、表マリクの姿はもはや顔の一部しかない。リシドは闇マリクに人間の宿命を語る。すると表マリクの一部分が実体化して、遊戯に自分を攻撃する様に言う。遊戯の攻撃でマリクのLPは１になった時、完全に表マリクが肉体に戻ってきた！。するとマリクは…
第143話『アルカトラズ炎上』
遊戯はバトルシティの覇者にはなったが、石版に戻って王（ファラオ）の記憶を取り戻せば、もう一人の人格とも別れることになるので、複雑な心境だ。エジプトに帰るマリク達や、アメリカへ向かう海馬や御伽とも別れる。目覚めた舞も、自分の道を探して旅立つ。
第144話『兆 (きざし)』
少年達のデュエルをきっかけに、杏子の視点から遊戯の成長、仲間の絆の強まりを振返る。杏子は、まもなく来る、もうひとりの遊戯との別離への覚悟をする。
第145話『新たなる闇の鼓動』
遊戯が３枚の神のカードを石版に掲げるが、石版は突如、凍結してしまう。世界中の街では、デュエルモンスターズが実体化して暴れ出す。その夜、双六に託した神のカードは、何者かに奪われてしまう。遊戯の前に謎の男が現れて、デュエルをいどむ。その背後には、怪しい３人の男の影が…
第146話『オレイカルコスの結界』
遊戯VSグリモ②。グリモと名乗る男は、「オレイカルコスの結界」でモンスタースペースを拡大させて、最大１０体のモンスターの召喚を可能とする。また、選ばれし者しか操ることのできないはずの「神」を召喚し、ダーク・オベリスクを従える。遊戯は新たな「闇」のチカラの前に苦戦する。
第147話『名もなき竜＿ティマイオス』
ドーマの三銃士は「神のカードを返してほしくば、我々を倒せ」といい残して姿を消す。遊戯は心の迷宮の中から、「助けて」という誰かの声を感じる。それはデュエルモンスターズ世界にいる、ブラックマジシャンズガールの声だった…。そこで不思議なカードを手に入れる。
第148話『ペガサスからの招待状』
デュエルモンスターズ界で「ティマイオスの眼」のカードを託された遊戯の元に、「すぐアメリカに来て欲しい」とペガサスが訴えるビデオレターが届く。一行はアメリカに出発する。そのころ、すでにアメリカにいる海馬のもとにも、ペガサスから対決の申入れが入る。
第149話『トゥーンワールドの悪夢』
真実を知りたいなら、私に勝つことです…ペガサスは不適に笑う。ペガサスと海馬のデュエルが始まる。ペガサスは前回の決闘と同じく、守備表示の「トゥーンアリゲーター」からスタートする心理作戦に出るが、海馬は動じない。ペガサスはトゥーンワールドを発動させる。
第150話『目覚めよ！クリティウス』
アメルダVS海馬②。ペガサスに化けていたのは、海馬コーポレーションに恨みをもち、闇の三銃士の一人でもあるアメルダであった。アメルダは「オレイカルコスの結界」と、炎属性モンスター１体につき攻撃力を５００Ｐアップさせる「バルログ」で海馬を追いつめる。海馬は一瞬、不思議なビジョンを見ると、１枚のカードが手の中に…
第151話『予期せぬ敵』
ドーマの手先に襲われた遊戯たちを、バイクに乗り、「ハーピーレディ」のカードを操る女が助け、そのまま走り去る。城之内は、孔雀舞も自分達の同志だと思う。ペガサスの会社に遊戯達が閉じ込められると、再び舞が現れる。舞は「ペガサスはあたしが始末した」と言う。友情を信じていた城之内にショックが走る。
第152話『闇に堕ちた舞』
城之内VS舞の決闘。舞はドーマ達に操られているのではなく、自らの意思でオレイカルコスの力を得ていた。結界の中で対峙する二人。舞との友情を信じ、舞を救いたい城之内は、デュエルに集中できない。「ハーピーレディ・ダーク」による舞の容赦ない攻撃が、城之内を襲う。
第153話『よみがえれ！第三の竜』
城之内VS舞の決闘②。LPは舞 ４０００ VS 城之内 ２００にまで開く。勝利に執着する舞と、勝敗よりも舞を救いたい城之内で思惑がずれる。城之内はサレンダーしそうになるが、デュエルで舞を救う可能性を信じる。だが強力なハーピーレディ・コンボの前に、運まかせのギャンブルデッキで持ちこたえるのが精一杯だ。
第154話『ヘルモスの奇跡』
城之内ＶＳ舞の決闘③。依然、圧倒的に押されている城之内は、手に入れたキーカード「ヘルモスの爪」の使い方が分からない。時の魔術師と融合させて出現させた「タイムマジック」は、頼りない風貌だ。さらにギガサイバーに装着させて攻撃しようとするが、意味不明の数字が現れるだけで、あっさり消えてしまった。みんな愕然とするが…奇跡は次のターンにやって来た！
第155話『ターゲットは名もなき王（ファラオ）』
遊戯たちはドーマのことを調べるため、ホプキンス教授の元へ向かう。そのころ、ホプキンスは海底遺跡の調査からドーマの手がかりをつかみかけるが、突然、誘拐されてしまう。現場に残された手紙には、遊戯一人でドーマの三銃士・ラフェールの挑戦を受けに来るよう指示があった。
第156話『遊戯ＶＳラフェール＿鉄壁のガーディアンデッキ』
遊戯ＶＳラフェールの決闘①。ラフェールは海難事故の唯一の生存者であり、運命に弄ばれた者同志として、遊戯に共感を抱いていたというが…。デュエル開始早々にラフェールは永続魔法で自らの手札をゼロにする。遊戯はすかさず攻撃するが、ラフェールのカウンター攻撃を受けてＬＰ３０００に下がる。
第157話『ドーマの真実』
遊戯ＶＳラフェールの決闘②。ＬＰはラフェール4000ＶＳ遊戯3000。遊戯は、迫り来るガーディアン・グラール（攻撃力3000）を、クリボー五兄弟の特殊能力でかわす。さらに、ティマイオスとブラマジガールを融合させて反撃する。そして手札交換により「オレイカルコス」のカードを手に入れてしまうと、闇の力を持つこのカードを使ってはいけないと自分に誓うが…。
第158話『遊戯の中の闇＿ティマイオス消滅』
遊戯VSラフェールの決闘③。追いつめられた遊戯は、ついにオレイカルコスの結界を発動させてしまう。名もなき竜は、その力に反発して封印される。遊戯は次第に勝利への執念から、闇の力のとりこになって、モンスターを犠牲にしたり、邪悪化させて戦う。ついにはLPでラフェールを上回るが…。ラフェールは「エアトス」のカードを静かに待っていたのだった。
第159話『引きさかれた魂』
遊戯はデュエルに負けて、「もう一人」の人格を奪われたことに落胆する。一方、羽蛾と竜崎はラフェールの乗ったヘリを追って、デュエルに強くなりたい一心で、仲間にしてくれと懇願する。リスクを超えてドーマの力を手に入れた２人は、遊戯・城之内に狙いを定める。そのころ遊戯達は、失ったもう一人を探すため列車に乗ろうとしていた。
第160話『暴走特急デュエル』
もう一人の人格を失って失意の遊戯を、杏子たちが励まそうとしている間に、特急の乗客はいなくなっていた。異変に気付いて、車内を捜査していると、今度は連結が外され、遊戯と城之内は引き離されてしまう。そして、遊戯の前には羽蛾が、城之内の前には竜崎が現れてデュエルを挑む。
第161話『パワーアップデッキ！羽蛾＆竜崎』
遊戯VS羽蛾、城之内VS竜崎の決闘②。疾走する無人列車の屋根の上で遊戯と羽蛾が決闘する。羽蛾はパワーアップした昆虫デッキの中から、敵モンスターに寄生してふ化するパラサイトキャタピラーを遊戯のモンスターに寄生させる。そのころ、荒野では城之内と竜崎が決闘している。城之内は、何故みんな力を欲しがるのかと思い悩んで竜崎と闘う意味を見出せなかったが、次第にとにかく俺が目を覚まさせてやると考えてヤル気が出る。
第162話『ティマイオス発動せず』
遊戯VS羽蛾、城之内VS竜崎の決闘③。竜崎は一度倒したレッドアイズを冥界の鎖で再び場に連れ戻し、再攻撃を狙う。すかさず城之内は、ネイキッド・ギアフリードを召喚し、ヘルモスの爪を発動させて、強力な剣聖を誕生させる。これで竜崎のタイランドドラゴンを瞬殺し、さらにダイレクトアタックで一発逆転勝利をする。同時刻、遊戯もティマイオスの眼をセットするが、憎しみに支配された今の遊戯のもとで発動しない。羽蛾がからかうと、遊戯の怒りはついにデュエルに現れて…。
第163話『対決！二人の遊戯』
遊戯は森で先住民風の老人アイアンハートに出会い、己の心を映すという「石の荒野」に案内される。遊戯が精神集中すると目の前にいろいろな人々のイメージが現れては消えていくが、最後には表遊戯が現れる。表遊戯は、闇遊戯が失いかけているものを見つけさせるために苦悩のデュエルを挑む。表遊戯VS闇遊戯の決闘に…。
第164話『オレイカルコス・ソルジャー』
石の荒野にいる遊戯の前に、不気味な兵士「オレイカルコス・ソルジャー」が現れて攻撃を仕掛けてくる。ダーツが、古の兵士の霊を呼び戻して操っていたのだった。遊戯ＶＳオレイカルコス・ソルジャーの決闘。自らのＬＰを犠牲にしつつ、攻撃力を５００ずつ増加させて何度も再生する「オレイカルコス・ギガース」に遊戯は苦しめられる。
第165話『ヴァロン始動！謎のアーマーデッキ』
ヴァロンは舞を自分のものにしたい思いから、常に勝つことに飢えている、という二人の共通点を指摘する。それは遊戯や城之内にはないもので、それ故彼らとは分かり合えない。そして舞が望むなら、ダーツでも遊戯にでも、誰にでも勝ってみせると宣言する。そこへ御伽たちが通りかかる。ヴァロンＶＳ御伽＆レベッカの決闘。ヴァロンは結界を使わずに圧倒する。
第166話『復讐のアメルダ＿大空中決闘（デュエル）』
海馬を載せた専用ジェット機がオーロラを通過する時、スピーカーから謎の声が聞こえる。密かにジェットを支配し、海馬の前に現れたのはアメルダだった。弟の恨みを晴らすために海馬に再戦を要求する。海馬はドーマを制裁するために受けて立つ。海馬ＶＳアメルダの再決闘。オレイカルコスの結界発動により、ジェット機は客室部分の壁が吹っ飛ばされ制御不能に陥る中での決死のデュエル。
第167話『天空の要塞＿ジグラート』
海馬ＶＳアメルダの再決闘②。制御不能に陥った飛行機でのデュエル。海馬コーポレーションに弟を殺されたと思っているアメルダは、軍隊デッキと戦場の幻影で、海馬に攻め込む。そして「魔空要塞ジグラート」により、トークンを発生させて海馬の攻撃をかわす。死んだ弟を思うアメルダ、モクバを守り続けたい海馬、一方で２人は弟に対する互いの愛情を認め合うようになる…。
第168話『忍びよるダーツの影』
海馬コーポレーションはドーマに乗っ取られる。ダーツの呪文により、世界各地でオレイカルコスの結界とオレイカルコスソルジャーが出現する。世界はドーマに掌握されつつある。遊戯と海馬はオレイカルコス・ソルジャーの攻撃をデッキからモンスターを召喚しながらかわす。ついに遺跡のデータを解析して、１万年前の楽園・アトランティスと巨大企業パラディウス社の存在を知る。そして２人の前にダーツが現れる。
第169話『激突！城之内VS（バーサス）ヴァロン』
城之内ＶＳヴァロンの決闘①。きっかけは舞をめぐる因縁だった。ヴァロンのデッキは、余計な小細工や出し惜しみは一切しない、常に全力で攻撃あるのみのアーマーデッキ。それはプレイヤー自身の体にギアヘッドを装着して攻撃し、守備モンスターも伏せカードもなしにターンエンドするという大胆な戦術だ。城之内は見たことも無い戦術に圧倒され、直撃を受ける。
第170話『フルアーマー・グラビテーション』
城之内VSヴァロンの決闘②。ヴァロンのアーマーモンスターの猛攻撃が続く。２５００VS２１００で一旦はリードした城之内に対しても、ヴァロンは強気で、俺の戦いは魂と肉体の全てを賭けた全力勝負のデュエルだ、お前の持つ最大の力でかっかてこい、と言う。城之内はサイコショッカークラスの強力モンスターを召喚するが、ヴァロンはオレイカルコスの結界を発動させて優位に立つ。
第171話『響きあう魂（ソウル）』
城之内ＶＳヴァロンの決闘③。城之内は「ヘルモスの爪」をモンスターと融合させて攻撃する。全力でかかってくる城之内を前に「それを倒してこそ最高の勝利だ」と、ヴァロンは喜ぶ。ヘルモスの一撃は、アクティブガードに阻まれて届かないが、アーマーを吹き飛ばすことに成功した。しかしヴァロンは相手モンスターをコピーして反撃、城之内のＬＰが残りわずかに。それでも、あきらめないタフな城之内を見て、ヴァロンは嬉しそうだ…。
第172話『激闘の果てに』
城之内ＶＳヴァロンの決闘④。LPは城之内 100 vs ヴァロン 900で、両者ともダメージを受けてボロボロだが、互いを認め合って熱くハイになる。デュエルはわずかな差で城之内が勝ち、ヴァロンは最後に「舞を頼む」と言い残して魂をオレイカルコスに奪われる。抜け殻のヴァロンに駆け寄る舞に対して、城之内は「このデュエルでお前に伝えたいことがある」といってデュエルを挑む。
第173話『苦い勝利』
城之内VS舞の決闘②。オレイカルコスの力を得た舞のハーピィコンボは相変わらず手強い。ドーマの闇に染まった舞を立ち直らせたい城之内は、「俺は今でもお前を仲間だと思ってる」と不器用な言葉で必死に思いを伝えながらデュエルをする。城之内のまっすぐな思いは次第に舞の心に届く。やがて舞は城之内を倒すチャンスを迎えるが、攻撃をためらう。
第174話『運命の決闘（デュエル）！遊戯VSラフェール』
城之内が魂を奪われたことを知った遊戯は、パラディウス本社に乗り込む。そこには舞も倒されていた。遊戯の前に、ラフェールが現れて、城之内の「ヘルモスの爪」を投げつける。運命によって自分が勝つというラフェールと、仲間を救うためにも運命に抗してみせるという遊戯で因縁のデュエルが再び始まる。前回同様、モンスターを決して墓地へ送らない美学をつらぬくラフェールに、モンスターとの絆を取り戻した遊戯が挑む。
第175話『不死身！ガーディアン・デスサイス』
遊戯VSラフェールの決闘②。オレイカルコスの結界を発動させたラフェールは、さらにガーディアン系モンスターを効率的に使いこなして攻撃し、遊戯のLPを５００にまで下げる。ラフェールの命の恩人ともいえるガーディアン・エアトスさえも、結界の力で闇に染まって醜く変形し、遊戯の墓地にいるモンスターを吸収してさらに攻撃力を上げる。しかし、今回の遊戯は自らの信念のもと、心の闇にたよるラフェールの弱さを見抜く。
第176話『心の闇を撃て！』
遊戯VSラフェールの決闘③。心を闇に染めて、モンスターをダーク化させるラフェールに対して、遊戯は墓地モンスターを召喚できる黄泉天輪を発動させた。すると突然、眼前の景色はラフェールの少年時代の記憶に変わった。それは悲しみを超えるために、ダーツによって闇に導かれる瞬間だった。その運命を今でも強く信じるラフェールを、遊戯は救いたい。心の闇を象徴するように、ラフェールはデスサイスで攻撃する。
第177話『決戦の地へ！ダーツVS遊戯＆海馬』
遊戯が勝ち、敗れたラフェールも心の闇から解放された。ラフェールから受取ったカードをもとに、遊戯たちはダーツを追って、南海の孤島の暗黒神殿に着く。魂の石室には、これまでに魂を奪われた仲間や敵たちの石版が掲げられていた。ついにダーツが現れる。遊戯＆海馬VSダーツの決闘が開始。遊戯・海馬はワンターンで、エース級のモンスターを召喚し、融合させてマスター・オブ・ドラゴンナイト（攻５０００）で攻撃するが、その波動は結界と干渉して…
第178話『アトランティスの悲劇』
遊戯＆海馬VSダーツの決闘②。遊戯＆海馬の攻撃とダーツのオレイカルコス・キュトラーが干渉し、３人は異世界へ移る。そこでダーツは自分の起源を語る。ダーツは失われた古代アトランティス王国の王であり、民衆はオレイカルコスのエネルギーによって進化した文明を築いた事、一方その発展により民衆は自然への恩恵を忘れて傲慢になり、モンスター化する異変が起きた事、新たな世界を作るためダーツはオレイカルコスの力でデュエルモンスターズ界を封印した事…。そしてデュエル再開！ライフ回復効果を持つオレイカルコス・デウテロスが現れる。
第179話『囚われのミラーナイト』
遊戯＆海馬VSダーツの決闘③。ダーツの場に出現した４体のミラーナイトの中には、もう一人の遊戯、城之内、舞、ペガサスの魂が入っていた。遊戯は攻撃をためらうが、海馬は迷わず攻撃する。しかし、ミラーナイト達は友情の絆で互いをかばい合う。だがそれは、ダーツの布陣を強力に守っていることを意味する。ダーツへのダメージはなく、デウテロスの効果でＬＰは１５０００までに上昇する。ミラーナイトを前に躊躇する遊戯…そこへラフェールが現れる。
第180話『オレイカルコスの三重結界』
遊戯＆海馬VSダーツの決闘④。ダーツはオレイカルコス・トリトスで第三の結界を出現させ、ライフ回復に加えて、モンスターへの魔法・トラップを無効にした。遊戯は自分のモンスターを犠牲にして海馬を助けるが、すかさずミラーナイト達に攻撃される。海馬は名もなき竜のカードからミラーフォース・ドラゴンを誕生させ、受けたダメージを全モンスターへ跳ね返す特殊能力で４体のミラーナイトを破壊する。だがダーツは、これまでに吸収したダメージを攻撃力に変えるオレイカルコス・シュノロスを呼び、攻撃力は２００００に達する。そして海馬は…
第181話『よみがえれ！伝説の三騎士』
遊戯ＶＳダーツの決闘⑤。ＬＰがゼロになった海馬だけでなく、杏子たちまで魂を奪われ、遊戯だけが残る。「お前の存在が世界を滅ぼす原因」「お前のせいで仲間は消えた」「それが運命」…ダーツの言葉が遊戯を精神的に追いつめる。が、サレンダーしかけた遊戯を救ったのは、仲間の絆だった。遊戯はペガサスから受け取った「名もなきカード」で、名もなき三竜の封印を解き、真の姿である三騎士（攻2800×３）を召喚する。しかしダーツとのLPの差は１万以上、起死回生はなるのか…？
第182話『攻撃力∞（むげんだい）＿蛇神（じゃしん）ゲー』
遊戯VSダーツの決闘⑥。ダーツは破壊されたオレイカルコスの結界から、蛇神ゲー（攻∞）を出現させる。遊戯は、墓地のモンスターの力を吸収できる特殊能力を使って伝説の三騎士で攻めうつ。クリティウスとヘルモスの間で無限ループを作ってゲーの攻撃をかわす。さらに三騎士との絆を象徴するかのように、ティマイオスに２体の力を集約させて、ダーツを打ち破る。すると巨大竜リヴァイアサンが出現し、さらに巨大都市アトランティスも姿を現す。
第183話『神神の戦い』
ダーツの化身である巨大竜リヴァイアサンとの戦い。遊戯・海馬・城之内の３人は、浮上した巨大都市アトランティス上にて、全長数キロに及ぶ巨大竜リヴァイアサンを相手に、デッキからモンスターを召喚して戦う。デュエルモンスターズ界からも応援が加わるが、リヴァイアサンは無傷だ。ダーツは、人間の心の闇から形作られたこの竜を倒すことは不可能だと誇る。しかし遊戯は、囚われている舞やラフェールたちに仲間との絆を思い出させる。そして遊戯も仲間の絆に包まれて覚醒し、ついに三幻神獣を召喚する。
第184話『光の中を歩め』
遊戯は三幻神獣の力で、巨大竜リヴァイアサンを倒し、囚われた仲間や敵友たちを救い出した。しかし、ダーツはこの地球上すべての心の闇を統括して、最後の大きな攻撃力となって遊戯を飲み込もうとする。遊戯は様々なデュエリストとの出会いを通して知る事が出来た心の光を信じて、自分の心の器のすべてでこの闇を受けとめようと、自ら闇に飲み込まれていく。それは大きな業火となって、世界中各地で起こった異常現象をも吸収していく…。
第185話『ＫＣグランプリ開幕』
遊戯たちは日本へ帰る旅費がないことに気付き、旅費の提供を条件に、海馬コーポレーションが主催するデュエル・トーナメント大会に出場することになる。さっそく海馬ランドへ行くと、新アトラクションのデュエルマシーンを見つける。すでにマシーンは子供たちに大人気だ。しかし、ある少年がマシーンとデュエルを始めようとすると、部屋は施錠され、レベル設定は最上級デュエリストレベルに変更されてしまう。怯えた少年に代わって遊戯はマシーンとのデュエルを引き受けるが、受け継いだデッキはドラゴン系モンスターばかりのバランスの悪いデッキだった。
第186話『動きだした陰謀』
遊戯VSコンピュータの決闘②。遊戯はバランスの悪いドラゴン系のデッキで、最上級レベルのコンピュータに苦戦する。敵はサイコショッカーなどの上級モンスターや、複雑なコンボや特殊効果を使い、遊戯のLP＝200に下がる。しかし遊戯は少年がドラゴンのカードとデッキに込めた熱い思いを信じ続け、遊戯と少年が一緒にカードを引くと、ついにキーカードを手にする。ドラゴンばかりのデッキ構成を逆手にとり、「凡骨の意地」と「スピリット・ドラゴン」の特殊効果で、逆転に賭ける…
第187話『城之内ＶＳマスク・ザ・ロック』
アメリカ海馬ランドのスタジアムで、ＫＣグランプリの開会式が行われる。グランプリの出場者は１６名で、遊戯はディフェンディング・チャンピオンとして、その勝者と対戦する仕組みだ。式後すぐに第一回戦が始まる。城之内は、謎のマスク男と対戦することになったが、会場を間違えたため慌てて指定の場所ジャングルアトラクションの終点に走る。そこで待っていたマスク男は、どうみても城之内の師匠でもある双六爺さんだが、城之内だけは気付いてないようだ。
第188話『幻の古代竜（エンシェント・ドラゴン）』
城之内VSマスク男の決闘②。城之内はマスク男に戦略を見透かされていて、劣勢となる。マスク男はフィールド魔法「古の都」を発動し、「古の扉」「古の巨人」「古の書物」をそろえて、黄金の竜「エンシェントドラゴン」を召喚する。それは、マスク男（双六）が長年の月日のすえにようやく手に入れた幻のカードだった。そして彼は、このデュエルを何より楽しんでいた。一方、圧倒された城之内は余裕がなく勝負のみにこだわりはじめていたが、遊戯の声で、楽しむことの大事さに気付く。
第189話『熱闘！レベッカVSヴィヴィアン』
各ブロック第２試合が始まる。全米チャンプの少女レベッカは、アジアの覇者で美女デュエリストのヴィヴィアンと対戦する。遊戯に色目を使うヴィヴィアンにレベッカは怒る。ヴィヴィアンはカンフー娘娘などのアジアンデッキで攻撃するが、レベッカは永続トラップ「グラヴィティ・バインド」で、レベル４以上のモンスター召喚を封じる。さらに、自分のＬＰを回復させつつ、敵にダメージを与えるコンボで優勢になる。だがヴィヴィアンは皇帝龍淑女でトラップを破壊し、一気に反撃に出る。 一方、竜崎と羽蛾は招待参加者になりすまし、静かに笑う謎の青年ジークと対戦する。
第190話『城之内VSジーク 華麗なる決闘（デュエル）』
ＫＣグランプリのベスト８が出そろう。城之内の次の対戦相手は、羽蛾・竜崎コンビを瞬殺した冷徹なジークだ。自信家で城之内を見下すように無視するジークの態度に対戦前から熱くなる。火山のアトラクションで城之内ＶＳジークのデュエルが開始する。モンスターを召喚できない城之内は仕方なくターンエンドするが、ジークもモンスター召喚をしてこない。本当にモンスターカードを持っていないのだろうか？と遊戯は疑う。 一方、各アトラクションでは何者かのシステム介入により異常な演出がされ、騒然とする。
第191話『モンスター抹殺の女神』
城之内ＶＳジークの決闘②。ジークは魔法カード「ワルキューレンリット」を発動し、４体の戦乙女を召喚する。ワルキューレに倒されたモンスターはゲームから除外されるだけでなく、その攻撃力で反撃される。城之内は絶体絶命かと思われたが、体力増強剤スーパーＺのおかげでＬＰを８００でくい止める。だがジークはさらに過去・現在・未来を司る女神三姉妹を召喚し、そのコンボで城之内のデッキのモンスターカードを次々にゲームから除外していく。手札にすらモンスターカードを呼べない城之内はピンチに。 一方、海馬はハッキングの犯人としてジークを疑いはじめる。
第192話『天才少女（レベッカ）ＶＳ天才少年（レオン）』
グランプリ準決勝が行われる。ミニチュアランドを舞台に、レベッカＶＳレオンの決闘が始まる。純情無垢な子供同士のバトルのような雰囲気だ。レベッカは墓地に送られることで効果を発揮するコンボ作戦を考えていたが、レオンの「森のオオカミ」「イバラの呪い」はそれを阻止し、レベッカのライフポイントを奪う。さらに永続魔法「おかしの家」で、相手モンスターの攻撃力を上げるが、２５００に達すると自爆させる危険なものだ。レベッカはレオンの周到さに、外見からは想像がつかない奥深さを感じる。 一方、プラネタリウムではジークＶＳバリーの決闘が行われる。
第193話『おとぎの国のレオン』
レベッカＶＳレオンの決闘②。レベッカはレオンのシンデレラコンボによるダイレクトアタックをなんとか阻止するが、グローバーマン（攻2600）の攻撃を受けてＬＰは１００になる。無垢な少年風のレオンが想像以上に強いことを実感する。 一方、行方不明の双六を探していた遊戯たちは、中華料理店で双六を見つけるが、ヴィヴィアンにデュエルを強要される。遊戯ＶＳヴィヴィアンの決闘に。ヴィヴィアンのドラゴンレディーは「風雷剣」を装備して２回の攻撃をし、速攻魔法「残雪剣」は遊戯の魔法カードを破壊する。墓地のドラゴン族モンスターの力によりドラゴンレディーの攻撃力は２６００に上がり、遊戯に王手をかける。
第194話『海馬乱入！グランプリ決勝戦』
ＫＣグランプリの決勝はレオンＶＳジークで行われる予定だったが、海馬はジークが海馬コーポレーションに対して嫌がらせをしたことを理由に、ジークを失格とする。そして海馬ＶＳジークの因縁の決闘が始まる。ジークは「ワルキューレンリット」で３体の戦乙女を召喚する。さらに「時の女神の悪戯」で２度バトルフェイズを迎える。海馬のＬＰは一気に２４００に下がる。しかし海馬は２０００のライフコストを払ってＸＹＺドラゴンキャノンを召喚して反撃する。
第195話『戦女神（ワルキューレ）ＶＳ青眼の白龍（ブルーアイズ・ホワイトドラゴン）』
海馬ＶＳジークの決闘②。海馬はニーベルングの指輪により、場のモンスターの動きを封じられ、デッキのモンスターも墓地送りになり、さらにダイレクトアタックを受ける。運命を司る三姉妹のコンボで、ブルーアイズも墓地に送られる。海馬は応戦するも、ジークの新カードがそれを超える。やがてジークは海馬を恨んでいる理由を語る。しかし海馬は物ともせず、自らブルーアイズを墓地に送る作戦に出る。
第196話『デュエルキング決定戦＿遊戯ＶＳレオン』
遊戯ＶＳレオンの決闘①。ＫＣグランプリの優勝者レオンと、ディフェンディングチャンピオンの遊戯とのラストデュエルが始まる。遊戯に憧れ、対戦を夢見ていた無邪気なレオンだったが、デュエルが始まると厳しい表情になり、これまでの戦いでは見せなかった新たなカードを使う。とまどう遊戯。さらに会場には再びジークが現れ、驚きの事実が明かされる…
第197話『シュトロームベルクの金の城』
遊戯VSレオンの決闘②。レオンは遊戯を尊敬しつつも、実兄のジークのため、シュレイダー家復興のために戦っていた。遊戯はレオンの童話系モンスターを連鎖的に次々と召喚するコンボに押される。そしてジークから手渡されたレアカード「シュトロームベルクの金の城」を発動させて、さらにシンデレラなどを次々と召喚する。だが密かにジークはこのカードに不正な細工をして、なかば無敵カードに改造していた。ジークの目的は･･･？
第198話『ＫＣグランプリ終結』
遊戯VSレオンの決闘③。「シュトロームベルクの金の城」に不正な細工したジークは、ウィルスで海馬コーポレーションのシステムを破壊することが狙いだ。無敵の金の城に遊戯は苦戦する。しかも維持コストは遊戯が支払うため、ターン毎にデッキが半減する。遊戯は「ロイヤル・ストレート・スラッシャー」の特殊効果で、レベル１から５までの５枚のカードを捨てて、城を破壊しようとするが失敗に終わる。遊戯に勝ち目はあるのか？海馬コーポレーションは救えるのか？
第199話『究極のゲーム』
遊戯は双六から、数十年前にエジプトの王家の谷の王墓で千年パズルを手に入れた時の話を聞く。王墓に入った若き日の双六は、いくつもの危険なトラップをくぐり抜けて奥に進んだが、案内人の裏切りによってピンチに陥った。そこへファラオの幻影が現れ、双六を救った。次に双六が目を覚ますと、手もとには千年パズルがあった。 時は現在に戻り、遊戯はもう一人の遊戯が記憶を探せるように、エジプトに行く決意をする。出発前夜に２人の遊戯は互いの絆を確かめ合う。 だがその夜、３枚の神のカードと千年アイテムは盗まれる。犯人を追った先で意外な人物に出会う…
第200話『動きだした闇のバクラ』
遊戯は待ち構えていた闇人格のバクラから、冥界の扉を開けばもう一人の遊戯の魂を返すことができると知る。一方、海馬のもとにもバクラが現れて闇のゲームをしかける。海馬VSバクラの決闘。バクラはディアバウンド系のモンスターの効果を巧みに使って、海馬と互角に戦う。海馬がブルーアイズを召喚すると、ディアバウンドはそれにとりついた。さらに鏡と蘇生のトラップで反撃する。バクラの狙いはゲームに勝つことではなかった…。