第1話『漂流？ 冒険の島！』
干ばつ。洪水。真夏に降る雪…。世界中がおかしかったその夏。日本からは見えるはずのないオーロラを目撃した太一たちは、オーロラの裂け目から飛来した謎の光に異世界へと連れ去られてしまう。すべてが未知のその世界で太一たちが最初に出会ったのは、自分たちを「待っていた」という奇妙な生物、デジタルモンスターだった。
第2話『爆裂進化！グレイモン』
太一の意見でしかたなく海を目指した一行は、休憩もかねて食料や持ち物の確認をすることになった。しかし疲れもいえないうちに新たなピンチが太一たちを襲う。おまけにデジモンたちはお腹が空いてまともに戦うことができない。唯一食事をしていたアグモンはみんなを守るため太一と二人でシェルモンに立ち向かうが、力の差は大きく逆に太一がシェルモンの触手に捕まってしまう。
第3話『蒼き狼！ガルルモン』
元の世界に戻る手がかりを探して歩き始めた太一たち。途中ヤマトはなにかとタケルを気づかうが、タケルはむしろ放任主義で行動的な太一の方になびいてしまう。タケルに悪気がないことを知りながらも、イライラをつのらせるヤマトはみんなが寝静まった夜自らの心を落ち着けるようにハーモニカを奏でる。そんなヤマトにガブモンがそっと寄り添う。しかし、そこに新たなデジモン・シードラモンの襲撃が…！
第4話『灼熱！バードラモン』
空に甘えたがるピヨモン。空もつい甘い顔をしてしまう。無邪気に喜ぶピヨモンの姿に複雑な心境の空。そんな時、一同が草原で見つけたのは、偶然にもピョコモンたちの村。メラモンが襲ってきたのだ。逃げ惑うピョコモンや子供たち。ピヨモンは逃げ遅れたピョコモンたちのために引き返し、空もピヨモンを助けに戻る。しかしメラモンの強力な攻撃の前にピヨモンは傷つき、空にもピンチが迫る。その時、空を守るために、ピヨモンが進化をとげる…！
第5話『電光！カブテリモン』
たどり着いた工業都市で、都市の動力源である電池を調べると、中のコンピューターのプログラム自体が電気を起こしていた。光子郎はパソコンで、プログラムの解析を始める。「もしかすると謎が解けるかもしれないよ。この世界がどういう世界で、君たちが何者か、とか」不思議そうなテントモンに笑顔で答える光子郎。だが、光子郎が太一たちの元に報告に戻ると、太一たちは黒い歯車に操られた完全体の強力なデジモン・アンドロモンに追われていた！
第6話『パルモン怒りの進化！』
地下下水道から、気持ちの悪いヌメモンにつきまとわれて困っていたミミ。だが、たどりついたおもちゃのまちでミミが見たのは、感情を奪われておもちゃにされた太一たちだった。黒い歯車の力で悪の心に支配されたもんざえモンが人間とおもちゃの立場を入れ替えたのだ。みんなを助けられるのはミミとパルモンしかいない。みんなを助けるためにヌメモンに協力を求めるミミ。ミミの必死さがヌメモンを動かし、ミミを守るため懸命にがんばる。そんなヌメモンたちを見たパルモンの心に何かが芽生える。
第7話『咆哮！イッカクモン』
年長者としてひとりですべてを背負い込んだ気分の丈だが、実際にはなかなかみんなの信頼を得られないでいた。みんなをまとめられない悔しさ。優柔不断な自分自身へのいらだち。年長者としての責任感。思いつめた丈は寝静まる仲間たちを残してひとりムゲンマウンテンを目指した。「オイラも一緒に行くよ」そんな丈の背中にゴマモンが声をかける。
第8話『闇の使者デビモン！』
丈の決死の行動がゴマモンをイッカクモンに進化させた。ユニモンを黒い歯車から解放した一行はムゲンマウンテンの山頂を目指す。丈の悲痛な叫びが辺りに響き渡る。子供たちが危険と引き換えに得たのは、新たなる絶望でしかなかった。そう、子供たちのいるファイル島は絶海に浮かぶ孤島だったのだ。一方そのころ、ファイル島に広がる邪悪な影もその正体を現しつつあった。その名はデビモン！
第9話『激突！冷凍デジモン』
デビモンの強大な力でファイル島はバラバラに引き裂かれた。そして子供たちもそれぞれ別の小島に飛ばされてしまう。仲間と離れ離れになった太一は真っ白な雪が降り積もる厳寒の島にいた。すぐ近くにヤマトがいることを知り、ユキダルモンの助けを借りてヤマトがいるという島へ向かうが、そこで起きていた出来事とは…！
第10話『守護者ケンタルモン！』
デビモンに飛ばされたミミとパルモンは人気のない鬱蒼としたジャングルの中にいた。『輝ける黄金ウンチ』のスカモンと、その相棒で悪知恵の働くネズミ型デジモンのチューモンの最低追いはぎコンビだ！荷物の取り合いをするうちに、デジバイスの光に心を洗われて、スカモンとチューモンはいきなりいいデジモンになってしまった。しかもスカモンたちは遺跡に落ちたらしい光子郎とテントモンを見ていて、ミミはその遺跡に向かうことに…。
第11話『踊る亡霊！バケモン』
空は、食料を手に入れるために釣りをしていたが、その針にかかったのはなんと丈とゴマモン。ゴマモンのお願いをきいて、空たちは気弱になった丈に自信をつけさせるために、丈をこの場のリーダーにする。リーダー丈の先導で教会に向かった一同が、おそるおそる扉のすきまから教会の中をのぞき見ると、仮面をつけて踊る村人の姿があった。不思議がる丈たちの耳に突然男の声が響く。「バケモン様にお供え物するカーニバルです」思わず飛び上がる丈たち。そこに立っていたのは怪しげな仮面をつけた牧師だった。
第12話『冒険！パタモンと僕』
みんなとはぐれ、ヤマトのことを想って泣き出すタケルを見て、悲しみをつのらせるパタモン。自分が進化さえできれば…。そんな二人がたどり着いたのは、デジモンたちが生まれ進化する「始まりの町」だった。赤ちゃんデジモンたちをめぐる誤解から、にらみ合い、ケンカを始めるパタモンとエレキモン。怯えながら二人の様子を見守る赤ちゃんデジモンたち。二人の戦いがますます激しくなろうとしたその時…。
第13話『エンジェモン覚醒！』
レオモンをつかってのタケルの始末に失敗したデビモンは、暗黒の力を一身に集めて巨大化し子供たちの前に現れた。一斉に進化してデビモンに総攻撃をしかけるグレイモンたち。しかし、その圧倒的な力の前に次々と倒され、タケルとパタモンだけに…。二人がデビモンに捕らえられ、絶望が支配する中、パタモンに進化の時が訪れる…！「パタモン進化～～っ！エンジェモン！」
第14話『出航・新大陸へ！』
さらに強大な敵の不安を覚える子供たち。そんな彼らの前に突然現れたのは、ゲンナイと名のる謎の老人の立体映像だった。サーバ大陸にきて、暗黒デジモンを倒して欲しいという。ゲンナイの言葉によれば、『タグ』に紋章をはめこめば、デジモンたちがさらに進化できるというのだ。かくして一行は、海を越えサーバ大陸にむかうために行動を開始した。
第15話『エテモン！悪の花道』
ホエーモンの協力で進化の鍵となるタグを手に入れ、希望もあらたに航海を続ける子供たち。ついにサーバ大陸に上陸！だが、上陸してたどりついたのは、意地悪で有名なパグモンたちの村！警戒するなか、パグモンの意外な歓待におどろく子供たち。だが、そこには、新たな敵、エテモンの罠が…。
第16話『暗黒進化！スカルグレイモン』
エテモンの圧倒的なパワーの前になす術もなく敗れ去った太一たち。エテモンの魔の手を逃れて進む途中、一行は紋章の反応に導かれて砂漠の中のコロシアムへとたどりついた。しかしそこで彼らを待ち受けていたのは、エテモンが操るもう一匹のグレイモンだった！敵グレイモンの激しい攻撃に追いつめられるグレイモン。さらなる進化を起こすため、太一はあえて無謀な賭けに出るが…。
第17話『幻船長コカトリモン！』
砂漠を歩き続け、疲れきった一行を救ったのは、突如として現れた豪華客船だった。思いがけない幸運に大喜びの子供たち。しかしそんな彼らの様子をうかがう怪しい影が…。実はその船の船長はエテモンの部下、コカトリモンだったのだ。コカトリモンに次々と石に変えられていくデジモンたち。そして残されたピヨモンとパルモンのプリティー・ペアの前にもコカトリモンの恐怖が迫る！彼女たちの運命は、はたして…？！
第18話『妖精！ピッコロモン』
新たな紋章を手に入れた子供たちだが、その顔は晴れない。正しい育て方をしないと正しい進化はしないことを知らされたからだ。中でも、間違ってスカルグレイモンに進化したことが忘れられない太一とアグモンは、パワーアップしたクワガーモンに襲われてもグレイモンに進化することができない。そんな絶体絶命の二人を救ったのは、不思議な魔法を操る妖精型デジモン・ピッコロモンだった。正しい進化のための修行と称して洞窟に連れて行かれる太一とアグモンだが、そこで二人を待っていたのは…。
第19話『迷宮のナノモン！』
エテモンのネットワークに接続した光子郎のパソコンに、突然謎のメールが届いた。自分を助けてくれたら紋章のありかを教える、その言葉を信じてメールの差出人の元に向かう太一たち。ようやくたどりついたピラミッドで一行を待っていたのは、かつてエテモンに敗れて封印されたマシーンデジモン・ナノモンだった。ナノモンの封印を解こうとする太一たち。そこに現れ襲いかかるエテモン。間一髪でエテモンの妨害をかわしナノモンを救い出した太一だったが、事態は思いがけない方向に…。
第20話『完全体進化！メタルグレイモン』
自らの復讐の道具として空とピヨモンを連れ去るナノモン。自分が空を助け出していれば…と自分を責め続ける太一。光子郎の解析でナノモンがピラミッドの最下層に潜んでいることを知った太一は、危険を覚悟で空を救出に向かうが、あと一歩で空の元にたどりつくというその時、太一の前に再び高圧電流の壁が立ちはだかった…。空を取り戻すために、そして、自分の勇気を取り戻すために、太一は一歩を踏み出す。
第21話『コロモン東京大激突！』
超進化したメタルグレイモンの力でエテモンを倒したものの、自らも次元の亀裂に取り込まれてしまった太一。気がついた太一の目に映ったのは、見覚えのある公園…元いた世界の懐かしい景色だった。戸惑いながらも自宅のマンションを目指す太一。そこで太一を待っていたのは向こうの世界に行ってからまだ一日も経っていないという衝撃の事実と、なぜかデジモンの存在を知る妹のヒカリだった…。
第22話『ささやく小悪魔ピコデビモン』
妹のヒカリに別れを告げ、太一とアグモンは再びデジタルワールドに戻ってきた。デジヴァイスの反応を頼りに仲間たちを探す太一。やっとのことでトコモンを見つけたものの、そのとなりにタケルや他の仲間の姿はなかった。「タケルは？他のみんなは？」問いかける太一にトコモンが驚くべき事実を語る。太一たちがいない間にこの世界では数ヶ月の時が流れ、仲間たちもバラバラに別れてしまっていたのだ。
第23話『友よ！ワーガルルモン』
タケルを残して湖の対岸を調べに来たヤマトが見たのは、レストランで働く丈とゴマモンの姿だった。丈たちは食事代が払えなくてオーナーのデジタマモンにこきつかわれていたのだ。しかし失敗続きで仕事はどんどん増える一方。「僕は一生ここから出られないのか」落ち込む丈を見かねたヤマトは、丈を助けるために自分もそこで働くことを決意する。逆に緊張して失敗を繰り返す丈。タケルが気がかりでイライラをつのらせるヤマト。そんなヤマトの焦る気持ちをピコデビモンに利用され…。
第24話『撃破！アトラーカブテリモン』
仲間たちと別れ、紋章の謎を解くためにゲンナイを捜し続ける光子郎とテントモン。しかし光子郎の紋章を狙うピコデビモンが行く手に立ちはだかる。ピコデビモンのワナにはまり、深い穴へと落ちていく光子郎たち。そこは人の心を奪って商品にする正体不明のデジモン・ベーダモンが支配する奇妙な空間だった。光子郎はベーダモンから命を助けることと引き換えに探求心を捨てるように要求されるのだが…。
第25話『眠れる暴君！トノサマゲコモン』
ヤマトと別れた太一と丈は、仲間を探すうちに巨大な城にたどりつく。中ではゲコモンとオタマモンが忙しそうに駆け回っていた。なんでもワガママなお姫様のご機嫌を取るために必死なのだという。あきれる太一たちの前に現れたのは、ワガママなお姫様になったミミだった。太一たちの説得にも耳を貸さず、城を離れようとしないミミ。はたしてミミは純真な心を取り戻し、紋章を輝かせることができるのだろうか…？
第26話『輝く翼！ガルダモン』
ピコデビモンの策略で一度はバラバラになった子供たちも、誤解や衝突を乗り越えてお互いの絆を深め、再び一つに集まろうとしていた。そしてその陰には、人知れず仲間たちをサポートする空の姿があった…。空はなぜ、自ら仲間たちの前に姿を現そうとしないのだろうか？彼女の謎めいた行動に秘められた想いとは、はたして？そして今、ついに強大な敵が動き出す…！！
第27話『闇の城ヴァンデモン』
迷いを振り切り、愛情の紋章を輝かせた空。ようやく全ての仲間が戻ったのだが、再会の喜びにヴァンデモンの脅威が不気味な影を落としていた。突然現れたゲンナイの口から衝撃の事実が告げられる。選ばれし子供は実は８人で、最後の１人を抹殺すべくヴァンデモンが日本への侵攻を計画しているというのだ！計画を阻止すべく、ヴァンデモンの城に潜入する太一たち。着々と侵攻の準備を整えるヴァンデモン。そしてついに、太一たちの目の前で現実世界に続くゲートが開かれた…！！
第28話『追撃！日本へ急げ』
太一たちの目前で日本に通じるゲートは無情にも閉ざされた。このままではヴァンデモンの日本への侵攻を許し、８人目の仲間を見殺しにすることになってしまう。焦る太一たちに、ゲンナイは１０枚のデジモンカードを差し出した。ゲートをふさぐ石盤にそのカードを正しくはめこめば、再びゲートを開くことが出来るというのだ。ただし、失敗すれば別の世界に飛ばされる危険性がある。はたして太一たちはデジモンカードの謎を解き明かし、無事にゲートを開くことが出来るのだろうか？
第29話『マンモン光が丘大激突！』
石版の謎を解き明かし、ついに日本に戻ってきた太一たち。しかし一足先に日本にたどりついたヴァンデモンの軍勢は、すでに８人目の子供を抹殺すべく行動を開始していた。ヴァンデモンの後を追い、光が丘に急ぐ太一たち。そこで太一たちが見たのは、巨体で闊歩し街を破壊するマンモンの姿だった。日本を舞台に繰り広げられるデジモン同士の激しいバトル！そして今、燃え上がる炎が太一の中に眠る遠い日の記憶を呼び覚ます…。
第30話『デジモン東京大横断！！』
光が丘で自分たちに共通する過去を知った太一たちが次の目的地に選んだのはお台場だった。彼らが光が丘を離れた後に移り住んだその街に、目指す８人目も住んでいる可能性が高いと見たのだ。しかしお台場に行くためには、乗り越えなければならない大きな障害があった。…そう、デジモンたちを連れたまま地下鉄をいくつも乗り継ぎ、東京を横断しなければならないのだ！はたして太一たちは無事お台場にたどり着くことが出来るのだろうか？
第31話『レアモン！東京湾襲撃』
おいしい料理。安心して眠れるベッド。そしてなにより、久しぶりに会う懐かしい家族…。帰ってきた子供たちを、我が家は暖かく出迎えてくれた。戦いの日々を忘れ、しばしの休息にひたる子供たち。しかし窓の外に広がる夜の闇の中では、ヴァンデモン配下のデジモンたちが新たな行動を開始していた…。８人目を求めて東京湾に上陸するレアモン。はたして光子郎はたった一人でレアモンから東京を守り切れるのだろうか？そして光子郎が胸の奥に隠した、両親への想いとは、一体…！？
第32話『熱いぜ東京タワー！デスメラモン』
芝浦に向かった光子郎のデジヴァイスに、８人目の存在を示す反応が映った。ますます行動を活発化させるヴァンデモンたちに対抗するためにも、太一たちはさっさく芝浦付近の調査を始める。しかしそこにもすでにヴァンデモンの魔の手は伸びていた。子供たちを抹殺すべく現れたデスメラモン！鋼鉄すら溶かす灼熱の炎を操るデスメラモンを相手に、はたして太一たちに勝機はあるのだろうか？！
第33話『パンプとゴツは渋谷系デジモン』
芝浦の調査では残念ながら８人目の仲間を見つけることができなかった。タケルを母親の元に送り届けるために地下鉄に揺られるヤマト。しかしその途中、ささいなことでタケルとケンカしたパタモンがひとりで外に飛び出して行ってしまう。パタモンを追って夜の渋谷を探し回るヤマトたち。そんなヤマトたちの前に現れたのは、女子高生に追いかけられる情けないデジモン、パンプモンとゴツモンだった。渋谷系のデジモンを目指すというパンプモンたちにすっかり調子を狂わされたヤマトたちを待ち受けるのは、はたして…！？
第34話『運命の絆！テイルモン』
テイルモンは、太一の妹・ヒカリを８人目と疑いながらも見逃してしまった。なぜ自分はヒカリを殺せなかったのか。なぜヒカリを見ているだけでこんなに心がざわめくのか。自らに問い続けるテイルモン。しかし彼女はまだ知らなかった。すべての謎を解く鍵が、自らの失った記憶の中にこそあるということを…。はたしてテイルモンの過去に隠された秘密とは？そしてついに明らかになる８人目の正体とは？
第35話『お台場の妖精！リリモン開花』
ヴァンデモンの魔力の霧で閉じこめられ、陸の孤島と化したお台場。ヴァンデモンは、テイルモンにお台場の全ての子供たちを会わせ、選ばれし子供たちを捜そうとする。ヴァンデモン配下のデジモンたちの非道にミミの怒りが頂点に達したとき、一粒の涙がミミの頬をすべり落ちた…！！
第36話『結界突破！ズドモンスパーク！』
ヴァンデモンにひとり立ち向かうリリモン。自らを盾にして空を逃がそうとする空の母。必死に外との通信を回復しようとするヤマトの父。霧の結界に閉ざされたお台場では、子供たちとその家族の苦しい戦いが続いていた。一方その頃、結界の外に取り残された丈もまた仲間たちの元に急ぐべく行動を開始していた。合流したタケルと共にイッカクモンの背にまたがりお台場を目指す丈。しかしその行く手に待ち受けていたのはメガシードラモンの脅威だった…！！
第37話『完全体総進撃！きらめくエンジェウーモン』
自分のせいで傷つく人を見たくない…。ヒカリは悲痛な思いで８人目を名乗り、自ら敵の手に落ちた。ヒカリを守れなかった己の無力さを責めるヤマト。妹のためにひた走る太一。テイルモンと共に処刑されようとするヒカリを救うため、仲間たちはそれぞれの想いを胸に集結する。しかし彼らの前に立ちはだかるヴァンデモンの壁は…あまりにも厚かった。全ての必殺技を平然と受け止め、嘲笑うヴァンデモン。なす術もなく立ち尽くす子供たち。そしてついに、非情のナイトレイドがヒカリに向けて放たれた…！！
第38話『復活！魔王ヴェノムヴァンデモン』
エンジェウーモンの放ったホーリーアローが、ついに宿敵ヴァンデモンを打ち倒した。しかしお台場を包む霧は…いまだ晴れない。そう。すべてはこれから訪れる本当の恐怖の、ほんの序章でしかなかったのだ。空を舞う無数のコウモリ。虚ろな目でヴァンデモンの名を唱える人々。そして時が獣の数字を刻んだ時、復活する最強の敵…魔王ヴェノムヴァンデモン！
第39話『二大究極進化！闇をぶっとばせ！！』
デジモンたちのデータを次々に吸収して、ヴァンデモンは究極体ヴェノムヴァンデモンへの再生をとげた。ヴェノムヴァンデモンのケタ違いのパワーになす術のない子供たち。しかし予言の詩「天使たちがその守るべき人のもっとも愛する人に光と希望の矢を放つ」が現実となった時、アグモンとガブモンに奇跡の進化が訪れた！メタルガルルモン、ウォーグレイモンVSベノムヴァンデモンのついに始まる究極のバトル！今、世界の命運を賭けたヴェノムヴァンデモンとの最後の決戦が始まる…！！
第40話『魔の山の四天王！ダークマスターズ』
究極体に進化したウォーグレイモンとメタルガルルモンの力でついにヴェノムヴァンデモンを倒した子供たち。しかし霧が晴れた夜空に浮かび上がったのは…頭上をおおう巨大な大陸だった！むこうの世界の歪みを正さないで戻ったため、その影響が現実世界にも現れ始めたのだ。歪みの元を断って地球を救うため、家族に別れを告げて再び旅立つ子供たち。しかし彼らを待っていたのは、四天王・ダークマスターズの暗黒の力で異様な姿に作り変えられたデジタルワールドだった！
第41話『荒ぶる海の王！メタルシードラモン』
ピッコロモンの捨て身の行動でダークマスターズから逃げのび、スパイラルマウンテンにたどり着いた子供たち。そこで彼らが見たのは、どこか見覚えのある電話ボックスだった。…そう、そこはスパイラルマウンテンに取り込まれた、かってのファイル島の浜辺だったのだ。潮の香り。まぶしく照りつける太陽。浜辺に突然現れた海の家が、疲れ切った子供たちを妖しく手招く。しかしそれこそが、メタルシードラモンの用意した巧妙なワナだった！
第42話『沈黙の海底ホエーモン』
絶体絶命の危機を救われ、ホエーモンと共に大海に逃れた子供たち。しかしメタルシードラモンは彼らを追跡するために、配下のハンギョモン軍団を差し向けた。子供たちを口の中で守りながら深海を進むホエーモン。その巨体をハンギョモンのモリが容赦なく襲う。圧倒的不利な状況で逆転を狙うホエーモンの秘策とは、一体！？
第43話『危険な遊戯！ピノッキモン』
ついにメタルシードラモンを倒した太一たち。しかしそのために支払われた犠牲は…あまりにも大きすぎた。チューモン、ピッコロモン、ホエーモン…。彼らの死が子供たちの胸の奥深くに突き刺さり、その痛みがお互いの心を少しずつ引き離していく。そしてさらに追い打ちをかけるように、足並みのそろわない子供たちをピノッキモンの卑劣なワナがおそう。ピノッキモンの「遊び相手」に指定されたタケルは、危険なゲームに無事勝利することができるのだろうか？
第44話『迷いの森のジュレイモン』
タケルにはもう自分は必要ないのかもしれない…。自分の手を離れてたくましく成長したタケルの姿を見たヤマトが感じたのは、喜びではなく、言いようのない喪失感だった。自分ひとりの力でピンチを乗り越えたタケル。いや、タケルだけじゃない。太一も空もミミも丈も光子郎も、みんなこの世界に来てから成長している。それなのに、自分は…。自分を見失い、あてもなく森の中をさまようヤマト。そんなヤマトの前に現れたのは、強くなれる方法を知っているというジュレイモンだった…。
第45話『究極体激突！ウォーグレイモンＶＳメタルガルルモン』
強くなるために、自分を変えるために、ヤマトは太一との対決を選んだ。必死に説得する仲間たちの声も、思いつめたヤマトの耳には遠く届かない。ただヤマトのためだけに、自分を捨ててアグモンに戦いをいどむメタルガルルモン。あくまで戦いをさけようとするアグモン。だがメタルガルルモンの牙が太一にむけられようとしたその時、アグモンはウォーグレイモンにワープ進化して友の前に立ちはだかった…！
第46話『メタルエテモンの逆襲』
これ以上誰かが傷ついたり、死んでいくのを見たくない…。終わることのない戦いと増え続ける犠牲に心を痛め、仲間たちと別れて森の中に残ることに決めたミミ。そんなミミを責めることなく、そっと側につきそう丈。しかし戦いを離れたはずの二人の前に現れたのは、皮肉にもファイル島で死闘を演じたかつての敵・オーガモンだった…。オーガモンとの再会は、はたしてミミと丈に何をもたらすのだろうか？そしてさらに、あの男が子供たちへの復讐を胸に地獄から帰ってくる…！！
第47話『風よ！光よ！サーベルレオモン』
メタルエテモンの追跡を逃れて森の中に身を隠すミミたちの前に現れた謎のデジモン…その正体はレオモンが進化した究極体・サーベルレオモンだった！サーベルレオモンと共に廃虚のレストランに逃げ込むミミたち。そこで彼女を待っていたのは、なつかしいデジモンたちとの思いがけない再会だった…。期せずしてミミのまわりに次々と集まるデジモンたち。しかし再会の喜びをぶち壊すように、復讐の鬼と化したメタルエテモンの魔の手が襲いかかる！
第48話『爆撃司令！ムゲンドラモン』
残るダークマスターズを倒すべく前進を続ける太一たち。しかしその途中で…ヒカリが高熱に倒れてしまう。デジモン世界での過酷な冒険は、病みあがりの小さな身体にとって重すぎる負担となっていたのだ。責任を感じた太一は無人の都市にヒカリたちを残し、光子郎と共に薬を求めて病院を目指す。しかしそこで彼らを待ち受けていたのは、ムゲンドラモン率いるメタルエンパイア軍団の集中砲火だった…。
第49話『さらばヌメモン』
水滴に頬を打たれて目を覚ますヒカリ。そこは暗闇に支配された下水道…ムゲンドラモンの攻撃を受けた子供たちは、光さえ届かない巨大都市の最深部に突き落とされていたのだ。そこで彼女が偶然見たのは、鎖につながれたヌメモンたちの姿だった。ヌメモンたちは巨大都市を支える労働力として奴隷のように働かされていたのだ。巨大都市の地下を舞台に繰り広げられる死闘。圧倒的な破壊力で襲いかかるムゲンドラモン。疲れ果て、戦う力さえ奪われた仲間たち。その時、ヒカリの優しさが悲しい奇跡を…？！
第50話『女の戦い！レディデビモン』
メタルシードラモン、ピノッキモン、ムゲンドラモン…子供たちは苦しみながらもダークマスターズを次々と打ち破ってきた。残すは最後にして最強の敵・ピエモンのみ！！だがピエモンの居城を目指す太一たちの前に、美しき刺客・レディデビモンが現れる！妖しい笑みで太一たちを圧倒するレディデビモン。しかしそれが空とヒカリの大きな反感を買って、戦いは次第に女同士の意地のぶつかり合いへと…。魔性の女ＶＳ怒れる聖女。男性陣が思わず尻込みする激しいバトルの結末は、はたして…？！
第51話『地獄の道化師ピエモン』
ついに現れた最強の敵・ピエモン。その実力は底知れず、ウォーグレイモンの渾身の攻撃さえよせつけない。圧倒的な力の差を見せつけられてもなお、悲壮な決意を胸にひとり戦い続ける太一。しかし勝敗のカギを握るヤマトは…。自らを見つめ直すために仲間の元を離れたヤマト。だが苦悩の果てにヤマトが得たものは、何も出来ない自分に対するさらなる嫌悪感でしかなかった。絶望。孤独。負の感情に心を支配されたヤマトを、じわじわと闇が包み込んでいく…！！はたしてヤマトは闇を振り払い、再び立ち上がることができるのだろうか？そしてピエモンとの対決の行方は…？！
第52話『聖剣士！ホーリーエンジェモン』
太一の危機に間一髪で駆けつけたヤマト。友情の紋章の力でウォーグレイモンも復活し、形勢は一気に逆転したかに見えた。だが…勝利を確信した子供たちを新たな恐怖が襲う！ピエモンが取り出した白い布に包まれた次の瞬間、太一とヤマトが小さな人形へと姿を変えられてしまったのだ！！ついに明らかになった地獄の道化師の真の実力。悪夢のマジック・ショーが、子供たちをひとりまたひとりと人形に変えていく。はたして残されたタケルとヒカリは絶望的な危機をのりこえ、仲間たちをピエモンの魔の手から救い出すことができるのだろうか？
第53話『最後の暗黒デジモン』
太古の昔、デジタルワールドのとある場所にあった『火の壁』のむこうから何かが現れた。それは存在することによって時空をゆがませる生き物で、世界は崩壊の危機に見舞われた。デジモンの力だけではそれを倒すことができず、現実世界から選ばれし子供たちを招き、そしてそれは退治された…。古代の碑文に記された、かつての戦いの記憶。そして碑文のとおりに再び繰り返される、悲劇。はたして子供たちは、進化できなかった者たちの嘆きが生み出した最強の敵を打ち破り、悲しみの鎖を断ち切ることができるのだろうか？
第54話（最終回）『新たな世界』
すべては、あのサマーキャンプから始まった。突然訪れた見知らぬ世界。はてしない冒険の旅。時には笑い、時には泣き、あるいはお互いに傷つけ合いながら、それでも振り返るとそこにはいつも仲間たちがいた。かけがえのない日々。元の世界に帰ることを決意した選ばれし子供たちは、それぞれのパートナーデジモンに別れを告げるが…。