第1話『ギルモン誕生！ 僕の考えたデジモン』
「まさか本当に、いたんだ・・・・・・本当に本物なんだ、本物のデジモン！」（タカト） 松田タカトは普通のデジモン好きな小学5年生。だがある日、自分のカードの中に見覚えのないブルーカードを見つける。ためしにそのカードをスラッシュしてみると、カードリーダーはデジヴァイスへと形を変えた。そしてデジヴァイスはタカトの考えたデジモン・ギルモンのデータを読み込んでいく。やがてデジヴァイスに卵が現れ、何かを誕生させた。一体何が起こったのか？意を決したタカトは、デジヴァイスの指し示す方向へと向かう！
第2話『君はぼくの友達 テリアモン登場！』
「今ギルモンって言ったね・・・あれはデジモンだ、そうでしょ？」（ジェン） 途惑いながらもギルモンと出会ったことを大喜びするタカト。だが問題はこれから。まずタカトはギルモンをダンボールで隠しながら家へと連れて帰った。そして翌日タカトは、ギルモンに公園から出ないように言って聞かせて学校へと向かう。しかし生まれたてのギルモンにはその言葉が理解できずタカトを追って学校に来てしまい騒動を起こしてしまうのだった。あわててギルモンを捜すタカトの前に、テリアモンを連れた少年が現れた・・・。
第3話『レナモン対ギルモン！ 戦いこそがデジモンの命』
「ずいぶん敵を倒したよね、敵をロードしてきたよね、なのに何で進化しないの！」（ルキ） 突如ギルモンに戦いを仕掛けてきたレナモンとパートナーの少女・ルキ。初めてのデジモンバトルに途惑うタカトだったが、闘争本能をむき出しにしたギルモンは反撃を開始する。だが戦いはそこへ現れたジェンによって止められる。デジモンを戦うためだけの存在と考えるルキと、かけがえのない友達だと考えるジェン。タカトはその二つの正反対の考えに悩む。そして再びルキが戦いを挑んできたとき、仲裁に入ったテリアモンに変化が起こる！
第4話『テイマーの試練！ ゴリモンを倒せ！』
「止めろゴリモン！僕を覚えてるだろう・・・・・・テリアモンはお前とは戦わない！」（ジェン） 進化したが暴走を始め、ジェンの制止も聞かずに銃を乱射するガルゴモン。なんとかギルモンの体当たりで自分を取り戻したガルゴモンに、あらためてジェンは進化を禁じる。だがタカトはデジモンの進化を目の前にして、進化への憧れを募らせた。翌日、一緒に下校するタカトとジェンの前に妙な霧が発生した。それはデジモンが現実世界に実体化するときの現象だ。そして現れたのは過去にジェンの心に大きな傷を残したゴリモンだった！
第5話『くるっくるーん！ クルモンと遊ぼ！』
「線をいっぱい引くでクル～、そしたらみんな来るでクル～！」（クルモン） 校庭にラクガキされた石灰の線、先日のギルモン騒動もあり学校ではちょっとした怪談として話題になっていた。そして翌日の日曜日、ウサギ小屋の当番で学校に行ったタカトは騒動の犯人であるクルモンを見つける。ジェンに相談してクルモンの世話をするテイマーを捜そうとするタカトだったが、なかなかテイマーに相応しい人物が見つからない。そのころジッとしていられないクルモンは、ギルモンを誘い学校へと遊びに行ってしまう！
第6話『パートナーの意味 レナモン進化！』
「ケッ馬鹿っじゃねぇ、人間なんかと一緒にいて何が面白いんだアイツら？」（インプモン） レナモンを進化させるためにデジモンバトルを続けるルキ。しかし戦いに勝利して敵のデジモンのデータをロードしても、一向に進化する気配はない。いら立ちを隠せないルキとレナモン。そんなときレナモンの前にパートナーを持たないで活動するデジモン・インプモンが現れた。一方そのころデジタルフィールドが現れ、ルキは一人で向かっていた・・・。
第7話『ギルモンが危ない！ ぼくの町の冒険』
「ダメだよ！そんなの絶対ダメだよ！ギルモンがどっか行っちゃうなんて！」（タカト） ある日ギルモンから、別の世界に離れ離れになってしまう夢を見たと聞かされタカトは不安を募らせる。そこでジェンとルキに相談するのだが、異なる考え方を持つ二人から元々データであるデジモンが消えるのは当たり前と、同じ意見を言われタカトの気分は晴れない。そしてついにタカトの眼前でギルモンが消滅してしまう。この事態にジェンとルキに助けを求めるタカト。そして3人のテイマーは初めて協力して事態に臨むことになった！
第8話『ギルモン進化！ 西新宿大決戦』
「これは現実ではない、何故ならこの事件は一切報道されないからだ！」（山木） ギルモンの進化への期待に胸ふくらませるタカトに思いもかけないニュースが飛び込んできた。新宿中央公園で人々を驚かしている者がいるという。真っ先にギルモンを思い出して不安になるタカト。ギルモンハウスから出ないように言って聞かせたタカトだったが、不安になり戻ってみるとそこにはギルモンの姿はなかった。そして誤解から二人の絆に亀裂が入る。そんなとき都庁を揺るがし、デビドラモンが実体化・リアライズして暴れる！
第9話『ギルモンに戻って！ グラウモン騒動』
「元に戻すには増えたデータを減らしてやればいい・・・・・・グラウモン、ダイエットだ！」（タカト） ついにギルモンはグラウモンへと進化した。しかし戦いは終わったのに、元のギルモンの姿へと戻ることができない。このままではギルモンハウスへと隠れることもできないと、タカトはグラウモンをなんとか元の姿に戻すために奮闘する。しかし努力もむなしく、一向に元に戻る気配がない。そこでジェンに相談して、一時地下坑道へと隠れることにする。そして翌朝、地下坑道に向かったタカトだったが、そこにはグラウモンの姿はなかった・・・。
第10話『レナモンは友達！ 留姫の迷い』
「ルキが解らない、どうやったら人間のパートナーのことが解るのだろう？」（レナモン） 敵を一度もロードしたことのないギルモンの進化を見て、ルキは敵を倒して強くなるという自分の今までのやり方に疑問を持ち始める。そしてそのいら立ちをついレナモンにぶつけてしまう。レナモンはそんなルキの心が理解できず、二人の心はすれ違っていく。そんなときルキを自分のパートナーにしようとアイスデビモンが現れた。倒してきた敵を氷の標本にして自慢するアイスデビモンに、今までの自分を重ねてルキはショックを受ける・・・。
第11話『新宿大ガード 1分30秒の対決！』
「だって一人で家にいると、あーんなことや、こーんなことが・・・」（テリアモン） 心のすれ違いからルキの元を去っていったレナモン。コンボを決めて勝利したことで、戦いへの自信を深めていくタカト。変わっていく状況の中で、相変わらずジェンはテリアモンに戦うことを禁じていた。友達を戦わせたくないというジェンに、自分はデジモンなんだと言うテリアモン。そして新宿大ガードという人ごみの中、発生するデジタルフィールド。人々を守れるのは自分しかいない。悩みながらも意を決してジェンは戦いに臨んだ！
第12話『ルキとレナモン きずなの危機！』
「レナモンはアタシがいなくても強い、アタシがいなくても勝てるんだ・・・」（ルキ） デジモンとテイマーの関係とは何のか？パートナーの意味とは？その答えを探すかのように戦いへと没頭するレナモン。一方、レナモンを前にしながらも気まずさから近づけないでいるルキ。そしてルキは自分がいなくてもレナモンは強いと、ふたたび背を向けてしまう。離れていてもお互いに相手のことをこんなに強く思っているのにすれ違ってしまう二つの心。だがレナモンの危機を目の前で見たとき、ルキは初めて自分の心に素直になった！
第13話『デジモン捕獲指令！ 災いの予感』
「ワイルド・ワン、野生の人工知性・・・すべて駆除してやる、もうすぐ・・・」（山木） ダークリザモンとの戦いの中、突如サーチライトの光がタカトとギルモンを照らす。そしてネットワーク管理局室長の山木が現れた。山木はダークリザモンを回収すると、タカトに危険な遊びを止めるように忠告する。その場は反発するタカトだったが、進化することで起こる暴走への恐れ、友達であるヒロカズとケンタとの離れてしまった心の距離と、多くの問題に一人悩む。そしてついに起動した山木の切り札「シャッガイ」とは一体何か？
第14話『テイマーよ立て！ メガログラウモン超進化』
「一歩も引けないんだ、後戻りできないんだ、僕はキミのテイマーなんだから！」（タカト） 動き始めたシャッガイによって次々に消去されるデジモンたち。だが突如異変が起こった。シャッガイを利用して、何者かが現実世界とデジタルワールドをつなげたのだ。そして現れたデジモンのデータはデジヴァイスに何故か表示されない。困惑しながらも謎のデジモンに挑むテイマー。しかし圧倒的ともいえる戦闘力の差にキュウビモンもガルゴモンも倒されてしまう。悩みながらもギルモンをグラウモンに進化させてタカトは戦いに挑んだ！
第15話『巨大ヘビ出現！ 大江戸線大パニック』
「鼻の穴にティッシュ詰め込まれて喜んでるよ・・・ホンマモンのアホだ、アホモンだ」（インプモン） 現実世界で暴れるデジモンと戦うためチームを組むことにするテイマーとデジモンたち。チームの旗を作って張り切るタカトは、朝からパトロールをしようとジェンとルキを誘うが、二人は用事があるからと断る。そしてそれぞれの用事で地下鉄に乗ったジェンとルキは、またもや正体不明のデジモンと遭遇した。地下鉄を利用する人々を守るために必死で戦う二人。一方のタカトとギルモンはそんな事態を知らずにジュリたちと遊んでいた・・・。
第16話『町の灯りを守れ！ デジモンたちの危険なキャンプ』
「最近戦ってばかりいるから、たまには自然の中でおもいっきり遊ばせてあげたいんだ」（ジェン） ジェンの提案でキャンプ教室にデジモンを連れて行くタカト。そしてクラスメイトの協力の下、到着した自然の中で楽しい時間を過ごす。そんなときシンドゥーラモンを見つけながら、タカトとジェンはデジモンたちを遊ばせたいからと、その場を立ち去ってしまう。翌日、ふたたび現れたシンドゥーラモンは街の電気を吸い取り大きくなっていた。このまま電気を吸えばさらに巨大化する。ジェンは判断の甘さを後悔しながらも戦いを挑んだ！
第17話『ブルーカードを追え！ ラピッドモン電光石火』
「デジモン・・・なのか、お前はデジモンなのか？・・・やっぱりデジモン」（ジャンユ） ジェンが手に入れたレアカード。その効果を確認するとそれはブルーカードへと変化した。このカードを持っていた人物を探すため、その足跡をたどるテイマーたち。しかしその途中でジェンは父ジャンユにデジモンと一緒にいるところを見られてしまう。そしてカードの持ち主を捜して秋葉原に着いたテイマーの前にまたしてもデーヴァのデジモンが現れた。その圧倒的な力の差に打つ手をなくしたジェンは意を決してブルーカードを使った！
第18話『美しき進化！ 月光に舞うタオモン』
「キュウビモン美しき者よ・・・逆らってはいけない、私と共に生きるのだ」（ヴァジラモン） 突如目の前に現れたヴァジラモンの言葉に従って姿を消してしまったレナモン。必ず帰ると約束されたものの、残されたルキの不安は次第に強くなっていった。そんなときジェンからの電話で家を飛び出すルキ。ヴァジラモンが見つかったというのだ。その場所へと駆けつけると、そこにはレナモンとヴァジラモンの姿があった。デジモンの神に従えというヴァジラモンの言葉を拒絶するレナモン。そしてルキの手にブルーカードが現れた！
第19話『強くなりたい！ 這い上がれインプモン』
「手を出すな・・・頼む、これは俺の戦いなんだ、手を出すなよ！！」（インプモン） デーヴァの目的が自分たちになってきたことで、これからも厳しい戦いが続くことを予感するテイマーたち。一方、新たに現れたデーヴァのデジモン・インダラモンの言葉にプライドを傷つけられたインプモン。そのやり場のない怒りを晴らすようにインプモンは街中で大暴れをする。そこへふたたび現れたインダラモンに、無謀にも一人でインプモンは戦いを挑む。パートナーを否定して戦うインプモンの過去には一体何があったのか！？
第20話『切り札はこれだ！ 友情のブルーカード』
「思い出せ、ギルモンだってタカトの描いた絵があったから生まれたんじゃないのか！」（ヒロカズ） インプモンはおろか、成熟期3体がかりでも倒せない強敵インダラモン。この危機を救ったのは山木の改良していたシャッガイだった。その攻撃でダメージを受けたインダラモンは撤退する。山木はこの新たなシャッガイ完成のためジャンユたちかつてデジモンのプロジェクトに参加していたメンバーを集める。一方、ふたたび進撃を開始したインダラモンに使えるカードも尽きて苦戦するタカトにヒロカズは手作りのブルーカードを手渡した！
第21話『樹莉のパートナー！？ 私のレオモン様』
「紹介します・・・私のパートナーのレオモン様です！」（ジュリ） テイマーになってみたいという思いが強くなっていくヒロカズとケンタ。口では否定するが、カードを秘かに集めジュリもテイマーになる意欲は満々だ。そこへデーヴァのデジモン・クンビラモンが現れジュリとクルモンを襲う。このピンチを救ったのは虹の中から現れたレオモン。ジュリはレオモンに運命の出会いを感じ、様付けで呼びながら追いかける。訳もわからず逃げ回るレオモン。はたしてレオモンは本当にジュリのパートナーなのか？
第22話『ヴィカラーラモン登場 僕たちの街を守れ！』
「アイツいつもクルモンのことを見ていた、この間加藤さんが襲われたのも本当は・・・」（タカト） デーヴァについて考えるタカトたちの輪の中に、いつの間にか謎の少年がまたしても近づいていた。その正体を探ろうと後を追いかけるタカトたちだったが、突如起こった地震によって姿を見失う。地震の原因は山のように巨大なデーヴァのデジモン・ヴァカラーラモンだった。なんとか街の被害を食い止めようと戦いを挑むが、成熟期では相手にならない。だが家族を守るというテイマーの気持ちに応えて進化に必要なブルーカードが出現した！
第23話『デジモン総出撃！ 風に向かって進め』
「進化のカードだって僕たちが信じられたから、このデジヴァイスが力を伝えてくれる！」（ジェン） ヴィカラーラモンに苦戦するメガログラウモンたち。その時、山木が起動させたシャッガイがヴィカラーラモンの動きを止めた。だがシャッガイの力は街を守っていたデジモンをも巻き込んでいく。そこへ突然聞こえてきた声、それは謎の少年の正体マクラモンだった。マクラモンにシステムを奪われて崩壊するシャッガイ。そしてふたたび動き出すヴィカラーラモン。この危機にタカトは迷いを断ち切り、メガログラウモンと力と心を共有する！
第24話『デジタルワールドへ・・・ 旅立ちの日』
「僕たちの街、僕たちの世界、そして僕たちの知らない世界・・・僕はとっても親不孝だ」（タカト） 進化の鍵を握る存在だと、マクラモンにさらわれてデジタルワールドへ行ってしまったクルモン。タカトたちはクルモンを助けるためにデジタルワールドへと向かうことを決意、その入り口を見つけた翌朝に旅立つことを決める。両親にギルモンを見せて正面から説得するタカト。妹シウチョンにテリアモンのことを教えたジェン。母の前でキライだった可愛い服を着せてみせるルキ。家族との別れも済ませてテイマーズが旅立つ朝が来た・・・。
第25話『デジタルワールド突入！ さらば僕たちの街』
「帰れるのかな？・・・・・・私たちの世界があんな高い所にあって帰れるのかな？」（ジュリ） デジタルワールドへと足を踏み入れたものの、荒野の砂漠へと落下してしまうテイマーズ。その空にはリアルワールド球と呼ばれる現実世界があった。ひとまず旗を立てて記念写真を撮るなど冒険気分を満喫する一同。しかし山木からもらった通信機や、デジカメなどの電子機器が一切使えなくなっていたことから急に不安に襲われる。だが落ち込んでいる暇もなく急に夜が訪れ、強くなるため敵と戦っていたメラモンがタカトたちに襲ってきた！
第26話『小世界！ 風の強い谷のジジモン・ババモン』
「帰れ！新宿にとっとと帰りなさい！！」（ルキ） 光の柱に巻き込まれタカトたちとはぐれたルキとレナモンにヒロカズ、ケンタ。たどり着いた場所は風の強い谷。風で飛ばされる家具を避け家へと潜り込んだ一行はそこでジジモンとババモンに出会う。風の強い日は外に出れず退屈していたジジモンとババモンはルキたちを熱烈に歓迎した。そのためヒロカズとケンタはすっかりジジモンとババモンを気に入りパートナーになるよう交渉するが、いつの間にかその立場が入れ替わってしまう！？
第27話『インプモン進化！ 魔王ベルゼブモンの戦慄』
「チクショー！強くなれんなら、そのためならよぉ俺は何でもするっ！！」（インプモン） はぐれてしまったルキたちやクルモンを捜すため、さびれた村へとたどり着いたタカトたち。そこはツチダルモンたちの住む村だったが、突如現れて暴走をくりかえす無人のバイクに苦しめられていた。一方、インプモンの前に現れたデーヴァのチャツラモンは、タカトたちの抹殺を条件に進化させるという契約を申し出る。自分の力のなさを痛感しているインプモンは、悩みながらも契約を結び、究極体であるベルゼブモンへと進化した！
第28話『敵か味方か！？ 伝説のテイマー秋山リョウ』
「何なの、この異様なまでのさわやか光線は・・・あぁムカつく」（ルキ） タカトたちと合流しようとデジタルワールドを放浪するルキは、今一つ緊張感に欠けるヒロカズとケンタにイライラがつのるばかり。またしても光の柱で飛ばされた場所は歯車が並ぶ世界。そこで何も知らずに時計に触れ、眠っていたメガドラモンと戦うはめになる。メガドラモンに圧倒されていたルキとレナモンを救ったのは、宿敵を求める凶暴なデジモン・サイバードラモンと、そのテイマーである秋山リョウという少年だった・・・。
第29話『ここは幽霊の城！ 迷えるクルモン大脱出』
「僕、加藤さんがテイマーになって僕たちと一緒に冒険に来てくれてうれしかったんだ」（タカト） 景色がゆがんだ町でようやくヒロカズとケンタに合流するタカトたち。しかしルキとレナモンは、いざこざから別行動を取っていた。その原因が自分にあると責任を感じるリョウ。一方、デーヴァの手から逃げ出したクルモンは、タカトたちを捜してデジタルワールドをさまよっていた。その行方を追っているマクラモンを見つけたサイバードラモンは、リョウの命令を無視して、強敵と戦いたいという本能のまま無謀にもたった一人で戦いを挑んだ！
第30話『デジタルワールドから緊急連絡 クルモンが・・・』
「インプモンだ？・・・そんな奴はもういねえ、今の俺はベルゼブモンだ！」（ベルゼブモン） 現実世界で再起動されたネットワーク管理システム・ヒュプノス。それがデジタルワールドに大きな影響を与えていることを誰も知らなかった。その頃、単独行動をとっていたルキとレナモンはようやくクルモンを見つける。最初に現実世界から降り立った場所で、久しぶりに全員集合するテイマーズ。しかしそこへ進化した自分のパワーと肉体に酔いしれるベルゼブモンが現れ、デーヴァとの契約を果たすためにテイマーズを抹殺しようと戦いを挑んできた！
第31話『ガードロモンとの友情！ 僕も戦うテイマーヒロカズ』
「アタシは大丈夫！小料理屋の娘だから、酔っぱらいの扱いにはなれているから」（ジュリ） 突如出現した光の柱に飲み込まれ、タカト、ジェン、テリアモンと離ればなれになったルキたちは、村を守るためにオロチモンと戦って傷ついたアンドロモンと出会う。しかし村のゲコモンたちはオロチモンの命令通りに酒を造ることで無駄な争いを避けていたため、アンドロモンには冷たかった。ヒロカズの看護のおかげで、アンドロモンはガードロモンに退化したものの一命をとりとめる。だがオロチモンがそこに現れ、お酌をさせるためにジュリをさらっていった！
第32話『ギルモン誕生の謎！ 神秘なる水の宇宙（ウォータースペース）』
「・・・ギルモンはデータ？」（タカト） 光の柱で海の中へと飛ばされたタカトたちは、わずかに空気が残っていた横穴へと避難する。だがそこは四方を水に囲まれていて、陸地への脱出はとうてい不可能に思えた。ふたたび山木との交信が可能になっても、タカトはその場にいたみんなの親への対応に困惑することしか出来ない。しかし水にぬれたはずの通信機が使えたことから、ジェンが海水がデジタルなものだと気付いて脱出に成功し、図書館のようなところにたどり着いた。タカトとジェンは、そこで水野という男と出会った・・・。
第33話『テリアモンはどこ！ 小春デジタルワールドへ』
「ねえねえ、一緒にテリアモンを捜して？」（シウチョン） 現実世界にいたジェンの妹シウチョンの前に、突如デジタルワールドの入り口が現れる。アークに乗るテリアモンの姿を垣間見たシウチョンは、その後を追って現実世界から消えてしまう。そうして何も知らないままやって来たデジタルワールドで、シウチョンは四聖獣の領域を守護するデーヴァのアンティラモンと出会った。自分の使命に忠実なアンティラモンもシウチョンの言葉には逆らえず、一緒にテリアモンを捜すことになってしまう・・・。
第34話『心優しき勇者 レオモン死す！』
「・・・これが私の運命だったらしい」（レオモン） タカトたちはロップモンのテイマーとなったシウチョンと合流。そこへベルゼブモンがテイマーズを抹殺しようと現れた。絶体絶命の危機からタカトを救おうと自ら光の柱に飛び込んだグラウモンたちが現れ、テイマーズはついに合流した。だが究極体となったベルゼブモンの力は強大で、デジモンたちは次々倒れてゆく。レオモンは己の力に酔いしれるベルゼブモンを説得しようとするが、ベルゼブモンは非情にも手刀でその身体を貫いた！
第35話『その名はデュークモン！ 真なる究極進化』
「僕はもうギルモンの後ろにいるんじゃない！ギルモン本当の本物の究極進化！」（タカト） レオモンを殺され爆発したタカトの怒りによって、メガログラウモンは危険な究極体メギドラモンに進化してしまう。その力はベルゼブモンを上回っていたが、野獣さながらの凶暴さに一同はショックを受ける。ベルゼブモンはメギドラモンを倒すために味方であるマクラモンを倒し、ラピッドモンとタオモンのデータまでロードしてさらなる力を得る。その圧倒的なパワーの前に倒れたメギドラモンに寄り添い、後悔の涙を流すタカト。その時、奇跡が起こる・・・。
第36話『決戦！ デュークモン対ベルゼブモン』
「覚悟しろベルゼブモン、お前の悪しき魂を聖なる光が焼き尽くす！」（デュークモン） タカトの心を受け取ったギルモンは、究極体であるデュークモンへと進化を遂げた。それはパートナーであるタカトとギルモンが一つになった姿だった。チャツラモンが激闘の隙をついて裏切り者のロップモンを始末しようと現れるが、デュークモンに倒されてしまう。そのデータをロードして力を増したベルゼブモンも、デュークモンの前では敵ではなかった。てデュークモンの一撃がベルゼブモンを貫こうとしたとき、戦場に声が響いた・・・。
第37話『対決スーツェーモン！ セントガルゴモン究極進化』
「ここでやられるわけにはいかないな・・・・・・僕の帰るところはジェンの家だ！」（テリアモン） クルモンを救い出し、みんなで現実世界へと戻るためにも、デジモンの神である四聖獣スーツェーモンと会わねばならない。さらに妹シウチョンを危険な目にあわせたくない重圧から、ジェンは責任感に押しつぶされないようにするのが精一杯で、周りのことが全く見えなくなっていた。テリアモンがダメージの蓄積で弱っていることにさえ彼は気付かない。そしてスーツェーモンと対決するテイマーズ。しかし圧倒的な力の差の前に万策尽きてしまう・・・。
第38話『動き出した真の敵！ 四聖獣の戦い』
「汝らは戦うべき相手を間違っている！それほど戦いたいのなら真の敵に向かえ」（チンロンモン） 倒したと思ったスーツェーモンが不死鳥のようによみがえった。防戦一方となるテイマーズの危機に、もう一体の四聖獣チンロンモンが現れる。チンロンモンはスーツェーモンを制止すると、デジタルワールドをおびやかす真の敵の存在をタカトたちに語りはじめた。その頃、強敵を見つけたサイバードラモンとリョウの前に現れた四聖獣シェンウーモン。さらにこの先では、四聖獣バイフーモンが未知の敵と戦っているという。謎に包まれた真の敵の正体とは？
第39話『舞い散る究極の花！ サクヤモン進化』
「過去は変えられなくても現在は変えられる、現在が変われば未来も変えることができる」（レナモン） デジタルワールドを襲う真の敵・“デ・リーパー”。かつてのそれは単純な消去プログラムだったが、デジモンの進化に対応して自らをより強力に進化させていったのだ。デ・リーパーは触れたもの全てを消去する赤い泡でクルモンを狙う。四聖獣の協力でクルモンを救出に向かうテイマーズ。なんとかクルモンを助けたものの、狭い縦穴の中で無数の赤い泡が迫ってきた。ピンチを打開するため、ルキとレナモンがデ・リーパーに挑む！
第40話『進化の輝き シャイニング・エヴォリューション』
「クルモンにできること、したいクル！」（クルモン） デジタルワールドの消滅に向け、ついに動き出したデ・リーパー。滅びの運命を変えようと四聖獣も集合、クルモンにその力を解放することを求める。進化の光によって究極体へと進化して、デ・リーパーに立ち向かうために集まってくるデジモンたち。一方、現実世界ではジャンユたちがデジタルワールドから戻るための箱舟・アークを完成させていた。今を逃せば次に帰って来られるのはいつになるかわからない。タカトたちはアークが到着するはずの場所へと急ぐ！
第41話『帰還 リアルワールドへ！』
「お父さんと約束したんだもの、帰ってギルモンパン食べるって！」（タカト） タカトたちはアークとの合流地点にたどり着いたが、別行動をとったルキとレナモンが戻らないために乗り込めない。そのルキとレナモンは、傷つき倒れているインプモンを助けて合流地点へと急いでいた。だが無情にも出発時間が来て、アークは動き出してしまう。乗り遅れたタカトのため、必死に叫ぶギルモン。その声に反応したのか、アークは一時停止して全員が乗り込むことが出来たのだった。そして再発進、懐かしい現実世界が見えてくる・・・。
第42話『デ・リーパーに襲われた街 テイマーの決意』
「ゴメン！僕、今帰れないんだっ！！」（タカト） デジタルワールドから帰還したメンバーの中でただ一人、ジュリには迎えが来てくれなかった。彼女を両親のいる松本まで送ったタカトは、新宿副都心にデ・リーパーが現れたことを知って驚愕する。悩みに悩んだ末、タカトは両親の待つ逗子ではなく、ギルモンと共にデ・リーパーに占拠された新宿へと向かう。デ・リーパーと戦えるのは自分たちテイマーズだけだと、ジェンとルキも母親に別れを告げて新宿へと向うが、ジュリだけは忽然と姿を消してしまった・・・。
第43話『つながる心 復活のベルゼブモン』
「ゴメン、アイ、マコ、・・・でも俺のダチがピンチなんだよ！」（インプモン） デ・リーパーから放たれた分身・エージェントの奇怪な行動に、タカトたちは一時撤退を決める。その頃、インプモンは自分あてに残されたメッセージを頼りに、ついに自分のテイマーであるアイとマコトに再会する。しかし安息の時も束の間、テレビでタカトたちの危機を知り、再び戦いの場に戻る決意を固めるインプモン。マコトに託された玩具の光線銃に込められた想いが、彼をより強力なブラストモードとして復活させた！
第44話『謎の少女！ 奇跡を運ぶドーベルモン』
「俺は伝えに来た、スーツェーモンとチンロンモンの命により・・・」（ドーベルモン） 行方不明のジュリを新宿で見かけ、責任を感じるタカト。重い雰囲気を吹き飛ばすように、タカト、ジェン、ルキの親たちはルキの家で暖かい食事を用意していた。戦う子供たちのために、できるかぎりのサポートをしようというのだ。しかしテイマーたちが現実世界にいればデータにはなれないため、デジモンたちも究極体に変われずにデ・リーパー相手に大苦戦する。もはやこれまでかと思った時、黒服の少女アリスとドーベルモンがタカトたちの前に現れた！
第45話『デ・リーパーに立ち向かえ ゾーン突入！』
「加藤ジュリという人間個体は興味深いサンプルだった・・・」（デ・リーパー） ドーベルモンによって与えられた力により、タカトは現実世界にいながらにして究極体に進化できるようになった！ その戦いをテレビで見ていたヒロカズやケンタ、シウチョンもテイマーの使命に目覚める。究極体デュークモンは闘いに戻るが、突如デ・リーパー内部に引きずりこまれてしまう。何故かギルモンとタカトとに分離してしまうデュークモン。その時タカトの前に行方不明のジュリが現れ、驚くべき告白を始める・・・。
第46話『爽やかな究極戦士 ジャスティモン見参！』
「わかっているわよ・・・こんなさわやか系アイツしかいない！」（ルキ） セントガルゴモンとサクヤモンの危機に現れたのはジャスティモン、サイバードラモンとリョウが究極体となった姿だった。セントガルゴモンとサクヤモンの二人はジャスティモンにその場を任せ、デュークモン救出のためにデ・リーパー内部に突入する。一方、ジュリの居場所を知ったベルゼブモンは、クルモンと共にデ・リーパー内部に突入してゆく。そのころタカトは、ジュリそっくりに姿を変えたエージェントの精神攻撃にさらされていた・・・。
第47話『デュークモンを救え！ グラニ緊急発進』
「グラニ！伝説の騎士ジークフリートの愛馬の名こそお前に相応しい！」（山木） デ・リーパー内部にジュリが囚われている。そのことを知ってなんとか救出しようと考えるタカトたちだが、自分の行動に責任を感じたジュリの父親が単身デ・リーパーの元へと向かってしまう。救出に駆けつけたデュークモンたちに力を増したエージェントが襲いかかり、一同は大苦戦。山木のアイデアで、意思を持つようになったアークをベースに誕生したグラニを、現実世界にリアライズさせる！
第48話『樹莉を守る力 ベルゼブモンの拳！』
「・・・けど、それでもなぁ、それでも俺がジュリを助けるんだよ！」（ベルゼブモン） 次第に都市を侵食してゆくデ・リーパーは、その核であるカーネルスフィアを防御するべく形を変えた。タカトたちはその中にこそジュリが囚われていることを知り、ジュリ救出のために総攻撃を仕掛ける。新たにグラニに搭載された新兵器ヨゴスブラスター、そして銃を失ってもなお拳だけで戦うというベルゼブモンの強い想いは、強固なカーネルスフィアを破壊して囚われのジュリを救い出すことができるのだろうか・・・。
第49話『首都壊滅！ クルモンの願い』
「みんなジュリが好きです、みんなジュリの笑ってる顔が好きです・・・」（クルモン） ベルゼブモンは奮闘むなしく、ボロボロになって敗れさった。国連防衛軍が対デ・リーパー総攻撃を開始。ジャマーによる電磁波攻撃は有効かに思えたが、その影響かデ・リーパーは巨大な邪悪な女神像のような姿へと変貌してしまった。そして一週間が経った。タカトたちは究極体を維持できず、有効な戦略が見つかるまで戦えずにいた。それでも何とかジュリを助け出そうと、クルモンだけがあがき続けていた・・・。
第50話『真紅の騎士デュークモン 愛するものたちを救え！』
「グラニよ、デュークモンと共に生きろ！」（デュークモン） 水野が作り出したレッドカードによって、タカトたちは究極体のままデ・リーパー内部でも活動できるようになった！そして彼らのデ・リーパー内部突入と同時に、ワイルドバンチの発案による“アリ地獄作戦”が開始される。進化しきったデ・リーパーを退化させてしまおうというのだ。一方、ジュリはようやくレオモンの言葉の意味を理解し、自分を取り戻してデ・リーパーへの反抗を始めた。はたしてデュークモンたちはジュリを救出することができるのか！？
第51話（最終回）『夢見る力こそ 僕たちの未来』
「みんな命を持って生まれたらそれを守るんだ！だってとても大切なものだから！」（タカト） デュークモンはグラニの命を受け継いでクリムゾンモードという新しい翼を得ると、デ・リーパーの本体を目指して急ぐ。ジャスティモンはサクヤモンの全エネルギーを投入し、最強のエージェントを相手に捨て身の攻撃に打って出る。セントガルゴモンはシャッガイの力を利用して、デ・リーパーを退化させる擬似タイムマシーンの役目を果たす。ジュリもデジヴァイスを使ってデ・リーパー内部から反撃を開始。 今、テイマーズの最後にして最大のバトルが幕を開ける！