第1章『再会』
平穏な毎日が続くなか、いつの間にか閉じてしまったデジタルワールドへのゲート。そんなある日、突如としてお台場の街に暴走したクワガーモンが出現。クワガーモンを偶然見かけた太一は、その暴走を止めるために単身その姿を追いかけるのだった。
第2章『決意』
アルファモンとの戦いで破壊されたお台場。世間にデジモンへの畏怖が広がる中、再び感染デジモンが現れる。それはかつて共に戦ったオーガモンだった。「良いデジモン」がいることを証明したいミミは、パルモンと共にオーガモンを止めようとするが…。
第3章『告白』
太一ら「選ばれし子どもたち」の異世界・デジタルワールドでの冒険から6年。世界を新たな異変が襲った。暴走するデジモン・感染デジモンが出現し、子供達のパートナーにも異変が起きる。そして、デジモン達にデジタルワールドの重大な秘密が告げられる…。
第4章『喪失』
暴走するメイクーモンとの戦いの末、ついに実行されたリブート。苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへと向かう。やがて再会したパートナーデジモンたちは、今までの記憶を全て失くしていた。太一たちはそれでも再び絆を築いていこうとするが…。
第5章『共生』
ゲンナイの姿をした謎の男。彼にパートナーである望月芽心が傷つけられるのを見て、メイクーモンは再び暴走を始める。一方、西島大吾と望月博士の元に現れたハックモンは、メイクーモンこそが歪みそのものであり、世界を壊す鍵だと、真相を明らかにする。
第6章『ぼくらの未来』
暴走するメイクーモンは、テイルモンを吸収し、強大な力を持つオルディネモンに変異した。デジタルワールドに飲み込まれようとしている現実世界。太一がいない今、代わりになれるのはヤマトだけ。絶望が迫るなか、選ばれし子供たちは懸命に前を向こうとする。