第1話『検索結果は新海ハル！ ガッチモンあらわる！』
ある日、中学1年生・新海ハルはアプリドライブを手に入れ、スマートフォンの検索アプリのモンスター・ガッチモンと出会う。ハルはガッチモンとバディを組んで、ネットの海に潜む人工知能の存在を知り…。
第2話『あやしき道先案内人！ 拙者ナビモンでござる！』
道案内をしてくれるナビアプリが不具合を起こしたせいで道に迷う人々が溢れ、街中で大混乱が発生。その一連の騒動の原因が正体不明のアプモンにあると考えたハルとガッチモンが調査を進めると…。
第3話『育てたキャラがスッポンポン!? ロープレモンの学校ダンジョン!』
大人気のロールプレイングゲームでせっせとレベルを上げたキャラクターのデータが消えて、育てたキャラが初期状態に戻ってしまう事態が発生した。さらに街中がゲームの世界のようになってしまい…。
第4話『仮装のキミをうぃただきます！ キャメラモンのハロウィンスキャンダル！』
秋も深まってハロウィンの季節がやって来た。読書に夢中のハルを尻目に街へと1人で繰り出したガッチモン。そんなガッチモンからハルのスマートフォンに写真が届くが、その写真で街の異変に気付き…。
第5話『あなたのハートにドッカンパンチ！ エリはアプモンアイドル！』
この世に1つしかないと思っていたアプリドライヴを、ひょんなことから注目の新人アイドル・花嵐エリも持っていることが発覚する。ハルたちはその真相を突き止めようと、彼女に会うべくテレビ局へ向かう。
第6話『最高のグルメレポート！ グルメアプリ・ペロリモン！』
エリの下にグルメリポーターの仕事が舞い込んで来た。ところがなかなか上手にレポートができないエリ。そんな時、エリはグルメレビューで話題になっている謎の人物を知り、そのコツを教わろうとするが…。
第7話『３つ目のアプリドライヴ！ 虎次郎はアプチューバー！』
動画サイトで最近人気が高まっている注目のアプチューバー・飛鳥虎次郎。「アストラ」の名前で彼がアップロードする面白動画の中に、アプリドライヴらしきものが映り込んでいるのをハルたちは発見し…。
第8話『大ピンチで超ノレねえ!? アストラのおもしろ動画大作戦！』
動画サイトの人気アプチューバー・アストラに強力なライバルが出現。アストラのアップロードした動画が「よくないね」の評価ばかりが付けられる事態に。さらに、アストラとミュージモンがけんかしてしまい…。
第9話『めざせ格付けナンバーワン！ アプモン選手権 イン サイバーアリーナ！』
今まで集めたアプモンたちが大集合し、サイバーアリーナで「アプモン格付け選手権」が開幕。100m走、カルタ、似顔絵大会といったさまざまな競技で、アプモンたちが格付けナンバーワンの栄誉を目指して競い合う！
第10話『アプモンたちのあこがれ！ 伝説のセブンコード会！』
アプモンみんなが憧れる「セブンコード会」への招待メールが届いた。ロープレモンとゴミモンと一緒にその集まりに出掛けることになったハルたちだったが、メールモンの様子がいつもと少し違っていて…。
第11話『ネットの海にダイブせよ！ スーパーハッカー レイを追え！』
謎のスーパーハッカー・レイと彼のアプモン・ハックマンによって、ハルたちの大切なセブンコードアプモンが全て奪われてしまった。それらを取り返すため、ハルたちはネットの海へとダイブする。
第12話『サクシモン 超アプリンクで 打ち破れ！』
サクシモンに襲われたハルたちは、敵だと思っていたレイによって窮地を助けられる。レイは弟・はじめを助け出すため、1人でサクシモンに立ち向かうが、その術中にはまって捕らえられてしまい…。
第13話『クリスマスが消えちゃった！ 暦泥棒カレンダモン！』
世界中のスマホのカレンダーから12月24日と25日の日付が消失してしまった。毎年の恒例行事だった樫の木書店のクリスマス会の開催が危うくなってしまい、亜衣が悲しんでいる姿を見たガッチモンは…。
第14話『街中がパズルゲーム!? パズルモン大暴走！』
新年の抱負を書き初めして正月を満喫するハルたち。一方、街中ではあらゆる画面にパズルゲームが表示されてしまう異常事態が発生。しかもそれをクリアできなければ画面が全く操作できない状況で…。
第15話『未来は全部見えている!? 神秘の占い・テラーモン』
ハルたちは次のセブンコードアプモンの居場所を占ってもらうため、少し先の未来を見ることができるという占いアプリのアプモン・テラーモンに会いに行くことに。ところが、テラーモンがLウイルスに感染し…。
第16話『「トキ」を超えたメッセージ アプリドライヴの真実』
アプリドライヴの中からハルを呼ぶ謎の声の正体は驚きの人物だった。写真を頼りにハルたちはある場所へたどり着き、そこで見つけた1本のビデオを見たことで、彼らはリヴァイアサン誕生の秘密を知ることになり…。
第17話『エリがコピペで大増殖!? とりもどせ、夢のステージ！』
ふじみ坂商店街の新春祭りに人気アイドルグループ・アプリ山470の花嵐エリが登場することに。しかし、コピペモンの邪魔で街中がエリだらけになってしまう。さらにCD発売記念のミニライブも中止になりそうで…。
第18話『ハルと勇仁の絆 止めろ！暴走レッシャモン！』
大企業・Lコープがリリースした位置情報ゲームが全世界で大流行。超レアトレジャーを求める人々が海浜公園に殺到する。ハルたちもレアトレジャーを探しに向かうが、そんな中、レッシャモンが暴走してしまう。
第19話『ネットの海が大ピンチ！ 『トキ』は来た、極アプ合体!!』
バレンタインデーで沸き立つ街。そんな中、みんなが使っているスマホに異変が発生。世界中で7割ものシェア率を誇るワッフルOSをアップデートした途端、インストールされていたスマホがフリーズしてしまい…。
第20話『さよならアストラ!? ドリーモンの悪夢！』
実家で家業を継ぐか、それとも自分の夢であるアプチューバーになるという目標を追い続けるか悩むアストラ。ドリーモンはアストラに選択を迫る。そんな中、父親が出掛けたきり帰ってこなくなり…。
第21話『トップアイドルへの道！ コーチモンの猛特訓！』
トップアイドルになることを夢見るエリは、所属している人気アイドルグループ・アプリ山470の選抜メンバーオーディションを勝ち抜くための猛特訓を開始。そのコーチはリヴァイアサンの手下・コーチモンで…。
第22話『お前の力を俺に貸せ レイとハックモン、あの日の出会い』
2年前。ネットの海に捕らわれてしまった弟を捜すため、日夜ハッキングに勤しんでいたレイ。その時、リヴァイアサンの尻尾を捕まえたと思いきや、逆に大ピンチに陥ってしまう。そこにハックモンが現れて…。
第23話『とりもどせセブンコードアプモン！ 対決 極VS極！』
リヴァイアサンがいるというディープウェブに行くため、ミエーヌモンに奪われてしまったウェザドラモンのチップを取り返そうと後を追うハルたち。するとミエーヌモンが極アプモンにアプ合体し…。
第24話『超巨大コメットモン襲来!? 扉をひらけ、ダンテモン！』
ついにセブンコードアプモンを7体全て揃えたハルたち。セブンコードを集めた時に現れるという奇跡のアプモン・ダンテモンの力を使って、ハルたちはディープウェブへと続く扉を開いてもらおうとするが…。
第25話『ついに潜入ディープウェブ！ 謎のサイバー九龍！』
セブンコードバンドを手に入れたハルたちは、ついにディープウェブへ突入する。たどり着いた先はリヴァイアサンが潜むというサイバー九龍。そこでハルたちはプログラム・ワームに襲われるドローモンを助けるが…。
第26話『ボクが主人公！？ ガッチモンとの出会い』
ハルたちはいよいよリヴァイアサンの謎に近付きつつあった。ハルはガッチモンやエリ、虎次郎ら仲間たちとの出会い、そして今までの戦いを振り返り、リヴァイアサンに立ち向かう決意を新たにする。
第27話『五人目のアプリドライヴァー！』
アプッターを始めたエリ。しかし、彼女の意志とは関係なしに好き勝手なことがどんどん呟かれる事態に。さらにリヴァイアサンが放った強力な刺客が現れ、ハルたちは絶体絶命のピンチに陥るが…。
第28話『アプリドライヴDUO！ オフモンあらわる』
サテラモンとの戦いで大ピンチに陥ったハルたち。そんな彼らを助けようと駆け付けてくれたのは、アプリドライヴァーとしてアプリドライヴDUOを使いこなしてオフモンとペアリングするハルの親友・勇仁だった。
第29話『バディ解消!? ガッチモンの家出』
ハルの親友・勇仁のバディアプモンであるオフモンにみんなが夢中になる中、拗ねてしまったガッチモンがアプリアライズした状態のまま家出してしまう。さらにドカモンとミュージモンまで付いて行ってしまい…。
第30話『ドカモンの恋!? グルメアプリ・マリペロ襲来！』
今や食レポのプロフェッショナルとまで称されるようになったエリ。そんな彼女に食レポの真髄を教えてもらおうと現れたのは女の子のペロリモン・マリペロ。その面倒をドカモンが見ることになるが…。
第31話『旅は道連れ!? トリップモンの恐怖トリップ』
アプリドライヴァーのみんなで温泉旅行へ行くことに。しかし、旅行アプリを頼りに一同がたどり着いたのは不気味な旅館だった。おどろおどろしい雰囲気を放つ建物の中では不可解な現象も起こり…。
第32話『みんなで連れ出せ！』
アプリドライヴァーである勇仁を傷付けてしまったことにショックを受けた彼のバディアプモン・オフモンが引きこもってしまう。ハルたちは作戦を練って、あの手この手でオフモンが外に出てくるよう試みるが…。
第33話『高校生ＣＥＯ！ 雲龍寺ナイトあらわる！』
弟のはじめを見つけるため、アプリドライヴァーであり凄腕のハッカーであるレイと彼のバディ・ハックモンは再びディープウェブへ侵入する。手掛かりを求めて重要個人情報センターから極秘データを盗もうとするが…。
第34話『サンキュー未来！ 人工知能の街へようこそ！』
スマホのOSや家電製品はもちろん、人気アイドルグループ・アプリ山470のプロデュースまで行う大企業・Lコープ。Lコープが作り出した人工知能によって管理される街・Lタウンをみんなで見学に行くことに。
第35話『めざせ9人ゴッド！ アプリ山470総選挙！』
アプリ山470の一大イベントである総選挙の時期がやって来た。上位9人の選抜メンバー「9人ゴッド」入りとアプリ投票数1位を目指して努力を続けるエリは、中間発表で予想外の得票数を獲得し…。
第36話『総選挙決着！』
ついにアプリ山470総選挙の結果が発表されることに。1位になって「9人ゴッド」に加わることを夢見ていたエリだったが…。一方、レイたちは謎の画像データの情報を探るためにLコープに潜入する。
第37話『襲来！ 極アプモン・アルティメット4！』
エリの救出に成功したハルたちの前に、リヴァイアサンの配下である究極のアプモン四天王「アルティメット4」が立ちはだかる。ハルたちはみんなの力を合わせて極アプモンをアプリアライズして立ち向かうが…。
第38話『ガッチモンを取り戻せ！ 電衛門じいちゃんの試練！』
アルティメット4との戦いの末、勇仁が捕らえられてしまう。それに加えてアプリドライヴが破壊されたことで、ガッチモンたちアプモンが消滅の危機に。ハルはどうすることもできずに途方に暮れていたが…。
第39話『新たな力！ アプリドライヴDUO！』
ハルたちはハルの祖父・新海電衛門の助けを得て、新たな力を秘めたアプリドライヴDUOを手に入れる。そして、捕らわれてしまった勇仁を救うため、ハルたちはクラウドが指定した「アプモン墓場」へ向かうが…。
第40話『アルティメット４再び！ クラウドの挑戦状！』
バイオモンの相手をレイとハックモンに託してハルたちは先を急ぐ。勇仁たちを救うべく進むハルたちだったが、エリとドカモンの前にビューティモンが、虎次郎とミュージモンの前にフェイクモンが立ちはだかる。
第41話『極限の激闘！ グローブモンVSカリスモン！』
ハルは悪の人工知能・リヴァイアサンに捕らえられた勇仁が待つカリスマ城へたどり着く。そこへ究極のアプモン四天王を名乗るカリスモンが姿を現す。そして、ついにクラウドの正体が明かされて…。
第42話『レイの決意！ はじめ捜索大作戦！』
レイはリヴァイアサンにさらわれた弟・はじめの手掛かりを掴む。そこで彼は、Lコープの新CEOを知ってアプリ山を辞めると言い出したエリを説得し、マネージャーを装ってLコープに潜入する。
第43話『目覚めろ、スリープモン！ アプモン選手権再び！！』
スリープモンを起こすため、再びアプモン選手権が開幕。「ハッピーグッドモーニング選手権」と題した勝負で、ハルたちはアプモンと共にあの手この手を使ってスリープモンを起こそうと奮闘するが…。
第44話『逃亡者・ブートモンを追え！』
ついに元の姿に戻ることができたはじめから、全人類をデータに変えて管理する「人類アプリ化計画」の存在を知る。そして、リヴァイアサンの恐ろしいたくらみを阻止するための鍵をブートモンが握っているらしいが…。
第45話『大激突！？ ガッチモンVSアグモン！』
ゲームキャラが大暴れを始めたことで、IOT機器に不具合が多発する事態が発生。その全ての暴走に関わっていたのは、ハルが幼い頃に遊んでいたある育成RPGゲームに登場するキャラクターだった。
第46話『星空の誓い！ アストラ救出大作戦！』
流星群をネットで生配信して病院にいるファンにその光景を届けたい。そう意気込んでいたアストラが難攻不落、脱出不可能と言われる寺に連れて行かれてしまう。ハルたちはみんなでアストラを助けようとするが…。
第47話『勇仁の真実』
緊急脱出プログラムを使ってブートモンは逃げ続ける。そんな中、やっとのことで特殊プログラムが完成し、ハルたちはようやくブートモンとの接触に成功する。しかし、そこで祐仁に異変が訪れ…。
第48話『起動！ 人類アプリ化計画！』
ハルたちはブートモンの捕獲に無事に成功。全ては一件落着かと思われたが、勇仁がリヴァイアサンが生み出した人工知能だと判明する。そして、ブートモンにより進化の最終形態・神グレードが解放されるが…。
第49話『奇跡の最終進化！ 神アプモン降臨！』
リヴァイアサンによる「人類アプリ化計画」が始動し、世界中の人々が次々とアプリにされていく。勇仁にアプリアライズされたデウスモンを倒すため、エリ、アストラ、レイも神アプモンをアプリアライズする。
第50話『希望の絆！ ハルとガイアモン!!』
上空に突如現れた巨大な影によって、人々は大混乱に陥っていた。そこには現実世界にアプリアライズしたリヴァイアサンの姿があった。一方、ガイアモンチップを手にしたハルは、勇仁を取り戻そうと誓う。
第51話『人工知能の見る夢』
リヴァイアサンから発せられる光を浴びたことによって、人類は次々とアプリ化させられていく。さらにリヴァイアサンは最強の存在になるため、神アプモンを飲み込んで自らにインストールをし始める。
第52話（最終回）『ボクたちのシンギュラリティー』
ついにリヴァイアサンとの最終決戦を迎える。ハルとガッチモン、そしてエリ、虎次郎、レイたちアプリドライヴァーが、みんなの未来を切り開こうと、バディと力を合わせて強大な敵に立ち向かう。