第1話『タイキ、異世界へ行く！』
中学一年生の工藤タイキは困っている人を放っとけないお人好し。そんなタイキの耳に、ある日、謎の声が聞こえてくる。もうすぐ死ぬという弱々しい声を励ますタイキの前に、突如出現した赤く輝くクロスローダー。思わず手にしたタイキは、陽ノ本アカリ、剣ゼンジロウとともに、異世界に吸い込まれてしまう。
第2話『シャウトモン、吠える！』
シャウトモンたちの住む微笑の里に、再びバグラ軍が攻めてくる。劣勢のシャウトモンを、デジクロスで合体させて助けるタイキ。シャウトモンはタイキに、これからも一緒に戦ってくれと頼むが、タイキは人間の世界に帰ると言う。引止めるために必死のシャウトモンが、「この世界のキングになりたい」と言うと、タイキは・・・。
第3話『強敵キリハ、現る！』
仲間になったシャウトモンたちデジモンと、タイキ、アカリ、ゼンジロウ。一方、マッドレオモンの上司であるバグラ軍幹部・タクティモンが、微笑みの里にドリモグモンを放つ。ゼンジロウが巨大タケノコに引っ掛かり、はるか上空へ。するとキリハという謎の少年が現れ、助ける代わりに仲間になれとタイキを誘う。
第4話『アイランドゾーン、激動！』
タイキが手に入れたのは、デジタルワールドのゾーンを支配する者の証・コードクラウンだった。ネネに教えられた通り、次のゾーンへ移動したタイキたちは、海に浮かぶアイランドゾーンにたどり着く。バグラ軍からアイランドゾーンを守るため、アーケロモンとチビカメモンにコードクラウンのありかを聞くが・・・。
第5話『デジメモリ、輝く！』
コードクラウンのありかがホエーモンの腹の中と知ったネプトゥーンモンが、空から巨大ポテDに紛れさせて爆弾を落とす。すると、動き出す島――それは巨大なデジモン・ホエーモンだった。爆弾でホエーモンを弱らせ、腹の中のコードクラウンを探すという作戦だ。シャウトモンは、その爆弾を危険を省みずに払いのける。
第6話『X4、危機突破！』
別のゾーンで戦うキリハのもとに、ネネがタイキたちの戦況を伝えに来る。その頃、タイキたちは、捕らわれているアーケロモンを残し、次のゾーンに行くべきか話し合っていた。放っとけないというタイキに賛同するメンバー。タイキがアーケロモンと引き換えに、コードクラウンとデジメモリを差し出そうとした時・・・。
第7話『火山デジモン、大爆発！』
マグマゾーンにやってきたタイキたち。温泉を見つけて喜ぶが、そこにバグラ軍のデスメラモンたちが現れ、タイキたちを捕まえようとする。窮地を救ったのは、やって来たドルルモンだった。手当てを受けるタイキは、ドルルモンが両親を探すキュートモンとともに旅をしていることを知る。
第8話『猛将タクティモン、迫る！』
洞窟全体を揺らしながら、背中の火山を噴火させて怒るエンシェントボルケーモン。その圧倒的なパワーに、偽のクロスローダーを差し出して降参するタイキ。ひとまず捕まることで、デジモンたちの牢獄の場所を知ろうという作戦だ。キュートモンの両親は捕まっていなかったものの、牢獄からは簡単に出られないと判明し・・・。
第9話『ドルルモン、風に駆ける！』
戦場で仲間を裏切ったというドルルモンの話をするタクティモン。その言葉に反発するタイキに、タクティモンが必殺技・壱の太刀を放つ。一方、別の場所で戦うキリハは、ネネからタイキが処刑されると聞いていた。処刑前の牢屋で、タイキとドルルモンを陰から見つめるシャウトモンたちは・・・。
第10話『タイキ、騎士になる！（SP1/2）』
仲間と共にレイクゾーンにやってきたタイキは、バグラ軍によって氷の湖に落とされたナイトモンを助ける。喜ぶナイトモンは、姫が探す伝説のジェネラルが見つかった、とタイキたちを連れて城へと向かう。王女バステモンと面会するタイキだが、そこにはすでにジェネラル候補のキリハがいた。
第11話『クロスハート、燃える！（SP2/2）』
ダウンしたタイキに代わり、ゼンジロウの指揮の下、クロスハートが団結する。だが、アカリはタイキの看病役をバステモンに取られて機嫌が悪い。そのうえ彼女は、バステモンの寝言で、デジタルワールドと人間界が共に危機にあるのではと不安になるのだった。その夜、眠れないアカリは、城の鏡に映る家族の姿を見る・・・。
第12話『サンドゾーン、遺跡で大冒険！』
新たにタイキたちがやってきたのは、見渡す限りの広大な砂漠・サンドゾーンだった。どこかに宝物が眠っていると聞き、宝探しを始めるタイキたち。その途中、彼らは地下のバグラ軍基地に落ちてしまう。そこにはバグラ軍三元士の一人・ブラストモンがいた。タイキたちは、迫り来るスコピオモンたちから必死に逃れる。
第13話『タイキ、女神の戦士！』
遺跡から出たタイキたちを、突如バアルモンの銃撃が襲う。一方、ブラストモンと戦っていたキリハとネネは、タイキがコードクラウンを手に入れたと知ってその場を去る。ブラストモンの技の衝撃波で、タイキとバアルモンは、地下に埋もれる女神の神殿に落ちる。バアルモンは、かつて存在した女神の戦士の話を始め・・・。
第14話『戦士ベルゼブモン、舞う！』
タイキたちは敵に囲まれ、ピンチに陥りながらもバアルモンをかばう。クロスローダーを使えばバアルモンを救うことができるかもしれない・・・。だが、復活の儀式を行っている間は、クロスローダーが使えない。クロスハートのメンバーは、迫り来るリリスモンの手下にデジクロスなしで必死に対抗するが・・・。
第15話『ヘブンゾーン、楽園の罠！』
天使系デジモンの住む、ヘブンゾーンへ飛ばされたタイキたち。そこはバグラ軍も手が出せないほど、警察が強固な防衛網を張り巡らせていた。しかし、大統領のスラッシュエンジェモンとその配下による管理は異常に厳しく、ごく些細な罪に対しても処刑が行われていた。ドンドコモンも捕えられそうになるが・・・。
第16話『黒騎士デジモン、参上！』
新しい大統領に任命されたルーチェモン。しかし就任するや、彼は隠していた邪悪な正体を現した。ゾーンを割って闇の空中神殿を呼び出すと、封印されていたコードクラウンを手に入れてしまう。実は、バグラ軍・リリスモンの配下だったのだ。愕然とするタイキたちの前に、ダークナイトモンとネネが姿を現す・・・。
第17話『奇跡のデジクロス！ シャウトモンX5飛ぶ！』
巨大化したルーチェモンに捕らわれたネネ。助けるというタイキに応えるシャウトモンたち。そこへネネを慕うスパロウモンが突っ込んでくるが、その激しい攻撃もルーチェモンには全く効かない。負傷したスパロウモンを連れて引き上げるタイキは、目覚めたスパロウモンにリスターを渡し、一緒にネネを助けようと言うが・・・。
第18話『スティングモン、デジモン大密林の勇者』
ゾーン移動してきたタイキたちが飛び出たのは、何と空の上だった。落下中に二手に分かれてしまうクロスハート。落ちた所は強力なデジモンが生息する大密林の世界・フォレストゾーンだった。アカリたちを探して、ドルルモンらはタイキらの元から森へと向かう。だが、バグラ軍がタイキたちに迫っていた。
第19話『伝説のデッカードラモン、動く！』
ダークナイトモンとネネは、森の聖地へ最強デジモンであるデッカードラモンを探しに向かう。後を追うクロスハートだが、聖地へ行くにはアカリとゼンジロウが伝説のラブラブダンスを踊らなくてはならないという。意を決してダンスを踊った二人のおかげで、神殿への道が開けるが、そこにグランクワガーモン軍団が現れる。
第20話『ダストゾーン、グランドロコモンの大スクラップ都市！』
ゾーン移動中にダークナイトモンにさらわれるタイキ。だが、その心に暗黒の力がないことがわかると、用無しとして解放される。タイキはクロスハートに合流し、ゴミだらけのダストゾーンに降り立つ。だが、現れたトイアグモンらにクロスローダーを奪われてしまう。トイアグモンにはある目的があったのだ。
第21話『決戦！ ダークナイトモンVSクロスハート！』
ダークナイトモンに追い詰められるも、廃墟の工場に逃れるタイキたち。だが、そこにダークナイトモンがネネを牢獄に閉じ込めたという情報が届く。人質を取ってネネを脅すダークナイトモンは、暗黒の力を集めてダークネスローダーを復活させようと企んでいた。タイキたちはネネを助けに行くが、意外な人物が立ちはだかる。
第22話『ワイズモン、デジタルワールドの秘密！』
次のゾーンへの移動中、クロスハートのメンバーは、通りかかる者全てを喰ってしまうというデジモン・アルカディモンに捕まってしまう。リリスモンの企みで、空間の狭間をさまようことになったタイキだったが、デジタルワールドの解明を目指す研究者・ワイズモンに拾われる。その頃、バグラ軍本部では・・・。
第23話『シノビゾーン、お笑い忍者バトル！』
モニタモンの故郷・シノビゾーンにやってきたタイキたち。しかし、シノビゾーンもまたムシャモン配下のバグラ軍に襲われ、城と姫を奪われていた。姫を返して欲しければコードクラウンを差し出せというムシャモン。タイキたちはコードクラウンを手に入れるため、コードクラウンを持つカラテンモンの社を目指す。
第24話『落ちこぼれモニタモンズ、がんばる！』
コードクラウンを手に入れたタイキたち。だが、ムシャモンの部下・シュリモンが、モニタモンの里への攻撃を計画していることを知る。タイキたちは里に残り、姫の救出には、ゼンジロウとドルルモン、そして里の落ちこぼれモニタモンズが向かうことに。里を襲ってくるシュリモンたちは、クロスハートのメンバーが迎え撃つ！
第25話『ゾーン崩壊！ 火花散るタイキとキリハ！』
プリズムゾーンにやってきたタイキたち。そこではキリハとブラストモンが、コードクラウンを巡って熾烈な争いを繰り広げていた。キリハを助けようとするタイキに、彼は邪魔をするなと断る。すると、大地が陥没し、ゾーンの最下層にブラストモンやシャウトモンたちが落下してしまう。仲間を助けようと言うタイキだが・・・。
第26話『シャウトモン、キングの証！』
崩れゆく大地。クロスハートはタイキの機転で、プリズムゾーンの住人を連れてシノビゾーンへ。皆が安堵する中、力不足を自覚するシャウトモンは、バリスタモンとともにデジクロスの中心にふさわしくパワーアップするための特訓を始める。一方、自らの破片で分身をつくり、心を乗り移らせる能力を持つブラストモンは・・・。
第27話『スイーツゾーン！ 甘党デジモンバトル！』
タイキたちがスパーダモンに連れられて来た先は、お菓子だらけのスイーツゾーンだった。そこではバグラ軍の超甘党・マタドゥルモンがコードクラウンを奪い、パティシエたちを城に閉じ込めて自分の好きなお菓子だけを作らせていた。パティシエたちを助けるため、タイキたちはアカリを無理やりパティシエに仕立てる。
第28話『最終兵器発動！ がんばれキュートモン！』
町の地下へと滑り落ちてきたタイキたちは、襲ってくるレアモンたちから逃れ、捕えられた町のデジモンやキュートモンの両親を探す。ようやく見つけた町のデジモンたちは、データを吸い取られていた。そのデータは、究極の破壊デジモン・ブレイクドラモンを作り出すために使われているらしい。それを知ったタイキは・・・。
第29話『タイキ・キリハVSバグラ軍、全面決戦！』
ソードゾーンにやってきたタイキたちを、グレイドモン率いるバグラ軍剣士団が襲う。敵を倒し、ゾーンのコードクラウンを手にするタイキ。すると、なぜか瀕死のグレイドモンは黄金の善グレイドモンに再生して消え去る。そこへ現れたキリハが、タイキが手に入れたのは、デジタルワールド最後のコードクラウンだと告げる。
第30話『新たなる旅立ち！！ 東京大決戦！！』
東京に戻ったタイキたちとシャウトモン。デジタルワールドで沢山の冒険をしたはずだが、戻ったのはデジタルワールドに旅立ったのと同じ日だった。シャウトモンの姿が目に見えない家族たちは、デジタルワールドのことも理解できない。そんな中、タイキにクロスローダーを渡した主であるオメガモンの言葉が聞こえてくる。
第31話『新たなる世界へ！ 火烈将軍のドラゴンランド』
バグラ軍が支配するデジタルワールドに戻ってきた、タイキとシャウトモン。ドラゴンランドでは兵士になるのを拒み逃げるドラコモンを助けるも、すぐさま敵に囲まれてしまう。そこへ将軍ドルビックモンを倒すべく、キリハ率いるブルーフレアが現われる。キリハが探していたのは、七将軍の一人、ドルビックモンだった。
第32話『立ち上がれキリハ！ クロスハート奪回作戦』
デジクロスした合体ドルビックモンの攻撃に、シャウトモンの進化は解けてしまう。ピンチを救ったのは、デジモンに変装したネネだった。スパロウモンとシャウトモンがデジクロス、ドラコモンの地形を生かした作戦で、タイキたちはドルビックモンの追っ手から逃れる。しかし・・・。
第33話『背筋ゾワゾワ！ 月光将軍のヴァンパイアランド』
ヴァンパイアランドにやってきたタイキたちは、レディデビモンたちに追われるロップモンを救う。ロップモンによれば、この世界ではチョコモンからロップモンに進化すると、ヴァンパイア城に捕えられてしまうのだという。しかも、敵はアンデッド、つまり不死身の体を持つ者たちだ。その頃、レディデビモンたちは・・・。
第34話『死ぬなグレイモン！ シャウトモンDX誕生』
タイキたちはネオヴァンデモンに追い詰められるが、ロップモンのプチツイスターで何とか逃げのびる。吸収されてしまったメタルグレイモンやロップモンを助けるために、ネオヴァンデモンを倒すカギとなる伝説の白のロップモンを、タイキとネネが探しに行くことに。ようやくたどり着いた地下の神殿で待っていたのは・・・。
第35話『パワーが吸われる！ ハニーランドの狩人たち』
タイキたちが訪れた第三の国は、花畑の広がるハニーランド。しかし空には赤いコードクラウンが浮かび、住民のデジモンたちはフラフラと生気のない様子。タイキたちの耳には、ライラモンの叫び声が聞こえてくる。イグニートモンに動きを止められたデジモンたちの中、ライラモンはハニービーモンにパワーを吸われていた。
第36話『笑う狩人！ 木精将軍ザミエールモン』
ハニービーモンとの戦いの最中、キリハたちは突然謎の少年から攻撃を受ける。一方、タイキたちのもとには、ハニー遊園地への招待状が届く。罠と知りつつも、キリハに連絡を取り、ある作戦を実行すべく遊園地へ向かう。第一のアトラクション・氷の世界では、ザミエールモンの放つ矢を必死に避けるが・・・。
第37話『弟よ、なぜ！？ 敵ジェネラル・ユウの悪夢』
キリハはハニーランドで、ネネの弟・ユウに似た人間を見たという。必死でユウを探すネネ。しかし、探し出したユウは、ツワーモンと共にどこかへ消えてしまう。ハニーランドの魔の森で再び現れたユウに、ネネは目を覚ますよう訴える。ユウはデジタルワールドでの戦いを、単なるゲームとしか考えていなかった。
第38話『謎のサイバーランド！ 鋼の街の美少女』
タイキたちがやってきたのは、デスゾーン第四の国・サイバーランド。ここでは空から監視していたホエーモンが、タイキたちに向けてアンドロモン軍団を転送してくる！ 倒しても倒しても、新たな軍団が次々に転送されてくる。これではきりがないと、タイキたちはホエーモンの中に突入するが・・・。
第39話『クロスハート分裂の危機！ 水虎将軍の卑劣なワナ』
突然自分たちを攻撃してくる偽ドルルモンに、混乱するタイキたち。メタルティラノモン軍団が撃退された途端、偽ドルルモンはバグラ軍に寝返ったと見せかけていたと、バレバレの言い訳をする。あっさり信じるタイキに、愛想を尽かして去っていくキリハ。一方、監禁されている本物のドルルモンは息も絶え絶えで・・・。
第40話『陽気な海賊、現る！ ゴールドランドの航海！！』
移動空間から抜け出たタイキたちが放り出されたのは、金色の海が広がるゴールドランド。海に浮かぶタイキたちの前に、海賊船に乗ったデスジェネラル・金賊のオレーグモンが現れる。タイキたちの評判を聞き、仲間にならないかと持ちかけるオレーグモン。きっぱりと断ったタイキたちは、オレーグモンと海上で激突する。
第41話『金賊のオレーグモンが笑う！ さらばクロスハート！』
バリスタモンは究極の破壊兵器・ダークボリューモンになってしまった。攻撃しようとするキリハ。必死に庇うΩシャウトモン。オレーグモンは部下を使い、タイキ以外のクロスハートのメンバーを竜巻で吹き飛ばしてしまう。一人捕らえられたタイキは、オレーグモンに再び仲間になるよう誘われる。
第42話『キリハにささやく！ 峡谷の土神将軍、魔の誘い』
第六の国・キャニオンランドは、果てしなく続く長い城壁があった。内部を偵察するタイキたち。何百ものバグラ軍兵士が集結していて、デスジェネラル・土神のグラビモンがその前に姿を現す。タイキたちはいったんその場を離れ、作戦会議を行うことに。キリハは周囲の意見を聞かず、今回は自分が指揮をとると言うが・・・。
第43話『強き愛を！ デッカードラモン最期の叫び！！』
メタルグレイモンでタイキたちを襲うキリハ。X5で対抗するタイキに、キリハは超進化Zグレイモンで更なる攻撃をしかける。シャウトモンも超進化してΩシャウトモンになり、両者は激しくぶつかり合う。互角の戦いが続き、双方の超進化が解けてしまうと、キリハはサイバードラモンとゴーレモンを新たに繰り出し・・・。
第44話『きずなのX7！ グラビモンとの壮絶バトル！！』
シャウトモンX7はグラビモンを圧倒。一度は倒すが、グラビモンの城に潜入したハイビジョンモニタモンによって復活していると判明する。コアがある限り、何度でも再生できるというのだ。タイキたちは作戦開始。グラビモンの城の前で敵勢を引きつけるのは、なんとキュートモンたちによる偽X7だ！
第45話『最後の王国、輝く太陽のブライトランド』
七つ目となる最後の国・ブライトランドにたどり着いたタイキたちは、デスジェネラル・アポロモンによって地に打ちつけられたデジモンたちを見つける。彼らを救おうと意気込むタイキたちに、アポロモンの部下が襲いかかる！タイキたちを招き、自分は本当は正義のデジモンだと言うアポロモンだが・・・。
第46話『生か死か、地獄のジェネラル決戦！』
タイキたちの落ちた暗黒の穴の底は、ブライトランドの地底・ヘルズフィールドだった。間近に見える白い城に向かった一行は、映し出されたユウと言葉を交わす。ユウは勝負を持ちかけてくる。白い城との間に地獄を挟んでそびえる黒い城。そこに陣取るユウ率いるチームと、タイキたちとで決着をつけよう、と。
第47話『タイキVSユウ、少年ジェネラル対決！！』
躊躇なく襲ってくるユウに、やむなく剣をとるタイキ。しかし本気になれず、防戦一方。その頃、シャウトモン×5は、ダークナイトモンを相手に必死で戦っていた。白い城の付近では、合体リリスモンを相手にベルゼブモンとメルヴァモンが激闘を繰り広げる。ユウはタイキに、あることを語り始め・・・。
第48話『ベルゼブモン、光に消ゆ！』
タイキたちはユウを救い出し、ヘルズゾーンから脱出しようとする。だが、ヘルズゾーンには、タイキかユウのどちらかが死ななければ脱出できないプログラムが仕組まれていた。逃げだしたユウはツワーモンから、タイキたちの言ったことは嘘だと聞かされる。そして魔獣として強化されたリリスモンは・・・。
第49話『タイキの決断！ 最強のアポロモンを超えろ！』
ブライトランドへと戻ってきたタイキたちは、改めてデジタルワールドを救う決意を固める。一方、タイキたちの帰還を知らないアポロモンウィスパードは、ブライトランド各地に捕らえたデジモンたちを消し去ろうとしていた。そのことを知ったタイキたちは、各地を守るアポロモンウィスパードの手下に攻撃を始める！
第50話『よみがえる！ 七人のデスジェネラル総登場！！』
タイキたちはアポロモンウィスパードを倒し、ついに7人のデスジェネラル全てを打ち破った。そしてたどり着いたのは、バグラ軍の本拠地・大魔殿。だが、そこはダークナイトモンが作った偽の城だった。ダークナイトモンはダークストーンを使い、7人のデスジェネラルを復活させる！
第51話『デジタルワールドの未来のために！ デスジェネラルとの友情！』
デスジェネラル7人は、シャウトモン×3を一斉に攻撃。7人の中には、タイキと心を通じ合わせたはずのオレーグモンとアポロモンも加わっていた。攻撃に耐えながら、二人に必死に語りかけるタイキ。彼を救ったのは、熱い気持ちに応えたオレーグモンだった。新たな仲間の登場に、×3は力を取り戻す。
第52話『バグラ兄弟、暗黒の絆！』
タイキたちは敵デジモンを倒しつつ、バグラモンの待つ大魔殿へと向かう。その大魔殿の一角に閉じ込められているユウは、ダークナイトモンから、デジタルワールドの戦いはゲームなどではなかったと聞かされる。ようやくやって来たタイキたちの前に、バグラモンがついに姿を現す！
第53話『迫りくる！ 人間界の最期の日、D5！！』
キリハとネネはシャウトモンたちをクロスローダーに入れ、執拗に追ってくるダークネスバグラモンから逃げる。タイキは捕らわれたユウを救い出すが、ユウは自分が今までしてきたことにショックを受けていた。ダークネスバグラモンが、ついにキリハとネネのクロスローダーごとデジモンたちを捕らえようとした、その時・・・！
第54話『栄光のデジクロス、つかめ！ おれたちの未来！！』
今こそ征服計画を実現せんと、ダークネスバグラモンが人間界に降り立った。アカリとゼンジロウに助けられたタイキたちも帰還し、伝説のデジモンのデジメモリとともに、バグラモンを倒す決意を固める。バグラ軍が進撃してくるなか、デジメモリの力によって、タイキはバグラモンのダークストーンに入り込む！
第55話『おれたち、デジモンハンター！』
デジタルワールドで起こった戦いは、力を合わせた人間とデジモンたちの勝利で終わった。それから1年後、ストリートバスケチーム「クロスハート」のメンバー・明石タギルは、尊敬する先輩・工藤タイキを追いくことを目指していた。だが、平和な日々を過ごすタイキの前に、突如として謎の少年たちが現れる。
第56話『生徒たちが消えた！ ゆらめくサゴモンの影』
学校のプール。水泳部員の少年は、記録が伸びずに悩んでおり、思わず逃げ出したいとつぶやく。そのとき、少年の背後には何者かの影が迫っていた・・・。一方のタギルは、学校の屋上で、かつてタイキとユウたちがデジタルワールドと呼ばれる異世界でデジモンと共に戦っていたと聞かされ驚愕していた。
第57話『ロボット部の夢、ピノッキモンの誘惑』
大会に向けてロボット作りに没頭するトキオたちロボット部。そのメールアドレスにピノッキモンというデジモンからビデオメッセージが送られて来た。ピノッキモンはギガブレイクドラモンの設計図を見せ、これを作れば大会で優勝出来ると持ちかける。ピノッキモンの怪しく光る眼にロボット部一同は魅せられてしまい・・・。
第58話『優等生が狙われた！ ブロッサモンの微笑』
他校の生徒とのバスケットボールの試合に挑むタギルたち。だがユウの様子がどこかおかしい。ユウはタギルとガムドラモンの楽しげな様子を見て、かつてデジタルワールドでの戦いで失ってしまった仲間・ダメモンを思い出していたのだ。帰り道、ユウの前にクラスメイトのミホがが現れ、彼の本当の気持ちを言い当てる。
第59話『かわいさ要注意！ キュートハンター・アイルの罠！』
いつものようにデジモンハントに興じるリョウマ、レン、アイル。デジモンを罠にかけ、次々とハントしていくアイルだったが、可愛くなければ途端に興味を失ってしまう。そんな中、元気が無いユウを励まそうとキュートモンがやって来た。キュートモンの姿を一目見た途端、可愛らしさに魅せられたアイルは・・・。
第60話『デジモン剣道勝負！ コテモンの刃が迫る！！』
ある朝、剣道の稽古に励んでいた剣崎ムサシはデジクオーツに飲み込まれてしまう。そこで出会ったデジモン・コテモンは、ムサシを上回る剣道の達人だった。ムサシはコテモンに稽古をつけてもらうことに。一方、剣道部の助っ人で大会に出場していたタギルたちは、剣道勝負を挑んでくる“辻斬り”が現れるという噂を耳にする。
第61話『お好み焼きパニック！ パグモンだらけの街』
バスケットの試合の帰り道、お好み焼き屋に立ち寄ったタギルたちは、突如デジクオーツに入り込んでしまう。そこにはお好み焼きの匂いが好きだというパグモンとお好み焼きを作らされ続ける店主の姿が！ ハントを試みるとパグモンはあっさり捕まってしまう。懐かれてしまったタギルは、パグモンを連れて帰ることにするが・・・。
第62話『デジモンハント大繁盛！ 商店街のスゴ腕ハンター！！』
デジモンハントの最中、タギルはドーベルモンを連れた少年ハンター・ヒデアキと出会う。ヒデアキは悪さをするデジモンをハントして問題を解決する代わりにお礼を貰う商売上手なハンターで、いずれは世界中に自分のたこ焼き屋を持つことを目標にしているという。ヒデアキに誘われたタギルは、ゼニモンたちをハントに向かう。
第63話『狙われたタイキ！ 超セレブ・スターの雄たけび！』
タイキは、隣町の学校に進学したアカリと久々に再会した。買い物に立ち寄ったスーパーで超高級ホテルのビュッフェパーティーのペア招待券に当選したアカリは、タイキを誘う。二人のデートを知ったタギルは、好奇心からガムドラモンと一緒にこっそり覗きに行くことに。ホテルにやって来たタギルたちは・・・。
第64話『香港上陸！ 超美少女アイドルを守れ！！』
トレイルモンに乗り、香港まで来たタギル、タイキ、ユウ。3人を待っていたのは香港でアイドルとして活躍しているネネだった。ネネと初めて会ったタギルは感動のあまり握手を求める。だが、それをさえぎるようにバイクが突っ込んできた。間一髪でタギルは無事だったが、それを見たネネの顔が曇る。
第65話『タギルがふにゃふにゃ！？ ガムドラモン大ピンチ！！』
遅刻しそうなタギルは、あわてて学校へと駆けていく。しかし、教室に入ってみると一時限目の体育は自習になっていた。いつもはやる気満々の杉本先生が、気の抜けたようになっていたからだ。やる気を失っていたのは先生だけでなく、朝練をしていた野球部や柔道部のみんなも一緒。デジモンの仕業だと考えたタギルは・・・。
第66話『おいしい？ まずい？ デジモン・ラーメン勝負！』
デジモンたちの世界・デジクオーツでラーメン屋を開いたオーガモンとフーガモンだが、お客が来なくて困っていた。そこでふたりは人間の力を借りることを思いつく。その頃、空腹のタギルは、クラスメイトのマサルの父が開いているラーメン屋に寄ろうとするが、なぜかマサルの表情は暗く・・・。
第67話『子どもだけの世界旅行！ 夢のデジモントレイン』
世界中の名所で撮った写真をタギルに見せるキイチ。鉄道が大好きな彼は、機関車型のデジモン・ロコモンに乗って世界中を旅していたのだ。時計屋のおやじからクロスローダーをもらうが、ハンターになる気はないという。みんなでロコモンに乗って世界旅行をするほうが楽しいと言うのだが・・・。
第68話『ハンター大集合！ 南の島のデジモン争奪戦！』
ある日、タギルは時計屋のおやじから招待状をもらう。それには様々なデジモンハンターたちが集い、超強力なデジモンを捕獲するというビッグイベントの開催場所が書いてあった。タギルはさっそくキイチのロコモンに乗って、タイキとユウも連れて現地へ向かう。ルール無用のデジモン捕獲イベントが、今、幕を開ける！
第69話『友だち欲しい？ フェレスモン悪魔の約束』
転校ばかりで友だちができないことを悩むマコトの前に、フェレスモンが現れる。自分も友だちがいないというフェレスモンは、一緒に友だちを作るため、自分の指示に従うように言う。タギルのクラスに転校したマコトだったが、うまく自己紹介ができない。するとフェレスモンは、マコトに強く祈れと命令し・・・。
第70話『ドキドキ恐怖体験！ 心霊ハンターが吠える！！』
病院の近くにある電話ボックスの電話が鳴り、出てみると「助けて・・・」という声が聞こえてくるという。デジモンに関係あると考えたタギルとユウは、野球部の助っ人をしているタイキを残して現地に向かう。病院はなかったものの、確かに電話ボックスはある。さっそく電話ボックスの中に入り、受話器を耳に当ててみると・・・。
第71話『似てる？ 似てない？ 変装怪盗ベツモン』
オメガモンが現れるというウワサを聞いて、ハントに向かうタギルとガムドラモン。だが、そこにいたのは着ぐるみを着て別のデジモンになりきる怪盗・ベツモンだった。タイキたちも遅れて駆けつけるが、ベツモンの寒いギャグに凍らされて取り逃がしてしまう。一同は改めて対策を練ろうとするが・・・。
第72話『UFO・恐竜大集合！ 夢のエカキモン』
自分の考えたUMA（未確認動物）を絵にすることが大好きなショウタ。その絵をタギルは評価するが、クラスメイトのカズキにいるわけがないとバカにされる。落ち込んでいたショウタだったが、彼の前に不思議な光が現れ・・・その直後、クラス全員の前に、ショウタの考えたレインボーUFOが現れて大騒ぎになる！
第73話『海底大冒険！ 夢の財宝デジモンを探せ！』
釣りをするため海へとやって来たタイキ、タギル、ユウの3人。そこでユウは、家族と一緒に海へ遊びに来ていたアイルと出会う。最初に釣竿にヒットさせたのはタギル。だが、かかったのはサブマリモンだった。そのパートナーであるミズキは、デジモンハンターであると同時に、海で財宝を探すトレジャーハンターだった。
第74話『レアカードが消えた！ 無敵のルークチェスモン』
カードバトル『シーモンスターカード』で全国一位を目指している中学生のヒロヤだったが、思うようにいかず悩んでいた。強いレアカードが欲しくても、おこづかいが足りないのだ。そんなヒロヤの前に、ナイトチェスモンというデジモンが現れる。ナイトチェスモンは、ヒロヤの望みを叶えると言うのだが・・・。
第75話『夢の遊園地、デジモンランド！』
街から大勢の子供が消えた。タイキとユウは、デジモンが関係している事件ではないかと調査を始める。一方、デジモンハントに失敗して戻ってきたタギルは、デジモンランドという遊園地に連れて行ってくれるデジモンがいるという噂を聞く。その案内役であるバコモンを見つけ、連れて行かれた先には・・・。
第76話『賞金昆虫！ メタリフェクワガーモンの謎』
裏山に黄金のクワガタが現れた。偶然、その取材現場に居合わせたタギルは、ヒデアキと出会う。ヒデアキは黄金のクワガタを捕まえる気満々だが、タギルは興味を示さない。そこへ黄金のクワガタが現れた。忽然と消えたその姿に、ふたりはデジモン絡みの事件だと直感し、タギルのやる気も俄然上がっていく。
第77話『今明かされる！ デジモンハントの謎！』
早朝、時計屋のおやじが妙な行動をしていた。気になるタギルだが、ひとまず学校に向かう。しかし、そこに学校はなく、デジクオーツのようなものが現れていた。そこにいたデジモン・ツメモンの仕業だと思ったタギルは捕まえようとするが、ツメモンは目の前で超進化して、ケラモンへと姿を変えてしまう。
第78話『伝説のヒーロー大集結！ デジモンオールスター決戦！！』
クオーツモンによってデジクオーツと化した世界。クロスローダーにより守られていたタギルたちは反撃の準備を始める。時計屋のおやじがみんなを集めたのは、タイキたちクロスハートがバグラモンと決着をつけた場所だった。クオーツモンとは人間界のデジタルパワーが、この決戦の影響でデジモン化したものだったのだ。
第79話（最終回）『燃え上がれタギル！ 栄光のデジモンハント！』
突然のリョウマの裏切りによってブレイブスナッチャーは壊れ、タイキとシャウトモンは重傷を負う。リョウマを責めるタギルだったが、すべての黒幕はアスタモンだった。アスタモンはクオーツモンの端末で、今までリョウマをあやつっていたというのだ。勝利を確信したアスタモンだったが・・・！