第1話『勇気を受け継ぐ者』
｢お前は新しい選ばれし子供なんだ―俺のゴーグル、使えよ｣(太一)平和を取り戻したデジタルワールドに突如現われたデジモンカイザー。その侵攻に苦しめられているアグモンたちを救うべくデジタルワールドに向かった太一だが、カイザーの力によって進化できずピンチにおちいってしまう。太一の危機を知り、デジタルワールドに向かおうとするタケルたち。すると、一緒にいた大輔の手にデジヴァイスが…。そして誰も動かせなかった勇気のデジメンタルに大輔が触れたとき、新しい冒険の幕が開いた！
第2話『デジタルゲートオープン』
｢京さん伊織君、デジメンタルアーップと叫んで下さい｣(ホークモン)大輔と同様に、京と伊織の手にもデジヴァイスが現われた…。彼らが新しい“選ばれし子供”だと確信した太一たちは、大輔たちと再びデジタルワールドへ向かった。だが待ち受けていたカイザーによって大輔とブイモンが囚われてしまう。態勢を立て直そうとその場から離れた一行は、京と伊織のデジヴァイスだけが反応する場所へ。そこにあったのは愛情と知識のデジメンタル。そしてホークモンとアルマジモンが京と伊織を待っていた！
第3話『デジメンタルアップ』
｢よかったヒカリ、これで私たちも戦える！｣(ネフェルティモン)デジタルワールドに入ってから突然デジヴァイスが何かに反応した。その場所に向かう大輔たちだったが、カイザー操るティラノモン軍団が行く手を立ち塞いでしまう。進化できないため戦えないパタモンとテイルモン。タケルとヒカリはその場をフレイドラモンたちに任せ、反応があった場所へと向かう。そこには、希望と光のデジメンタルが…。それは2人のデジヴァイスを新しくし、さらにパタモンとテイルモンをアーマー進化させた！
第4話『闇の王デジモンカイザー』
｢俺がカッコいいとこ見せるから、大輔も元気になって！｣(ブイモン)ガブモンからのSOSをキャッチしてデジタルワールドに入ったヤマトたち。慎重なヤマトの作戦にみんな同調し、自分だけ仲間はずれになったみたいで面白くない大輔。そんな大輔の気持ちを察したブイモンがいいところを見せようとするが、逆にやられ、敵に身体の自由を奪われてしまう。ひたすら攻撃に耐えるブイモン…だが、敵の攻撃がそれてダークタワーを直撃した瞬間、何故か進化できなかったガブモンがガルルモンへと進化した！
第5話『ダークタワーを倒せ』
｢本当はさ、僕たちが選んでるんだよね｣(丈)ダークタワーを壊せば進化できる―そのことを知った選ばれし子供たちは各地にあるタワーを破壊し、カイザーの支配から開放させようとする。一方、丈のもとにゴマモンからのSOSが届く。カイザーがデジモンたちに過酷な労働を強制していると聞き、急行した子供たちはタワーに近付くも、敵の攻撃で伊織が海に落ちてしまった！伊織を丈に任せふたたびタワーに向かう子供たち。だが、残された伊織と丈の元にカイザーが襲いかかる！
第6話『危険なピクニック』
｢このミミ様が、ダークタワーを倒してあげよう☆｣(ミミ)アメリカからミミが一時帰国してきた。おりしもデジタルワールドへピクニックに行くところだった選ばれし子供たちと同行するミミ。ところが、不注意からミミは妙な場所へ落ちてしまう。なんとそこは、ダークタワーがそびえ立つカイザーの支配地域だった。そこでパルモンとの再会を果たしたミミは、京とホークモンを従えてタワーの破壊を高らかに宣言する。だが、その行く手を兄弟愛あふれるゴキモンブラザーズが立ち塞がる！
第7話『ヒカリノキオク』
｢アンドロモン……みんなで、写真撮ったよね…？｣(ヒカリ)ガードロモンの大軍団に囲まれ、一時撤退することになった選ばれし子供たち。ところが現実世界への帰還途中にゲートを破壊され、ヒカリとテイルモンがデジタルワールドに取り残されてしまった！責任を感じ、別のルートからヒカリを救出に向おうとする大輔とタケル。なんとか無事ヒカリと合流する2人だったが、そこへ完全体のアンドロモンが現れる。その姿に懐かしむヒカリ。だが、アンドロモンにはイービルリングがはめられていた…
第8話『デジモンカイザーの孤独』
｢助けて欲しければ…そうだな、土下座してもらおう｣(カイザー)ウワサの天才少年：一乗寺賢のチームと試合することになった大輔。試合は後半から出てきた賢によって圧倒的な点差をつけられ敗北。だが大輔は賢のフォーメーションを見事破ってみせる。そしてその翌日、何もない場所に新たなダークタワーがそびえ立った。その場所に急行する選ばれし子供たち。だが、大輔を残し全員カイザーの罠にかかってしまう！しかもカイザーは仲間の命を救うことを条件に、大輔に屈辱を味合わせようとする…
第9話『イービルリング魔力の暴走』
｢逃げるんだ！まともに戦って勝てる相手じゃない！！｣(タケル)デジモンカイザーの正体が天才少年：一乗寺賢だったことにショックを受ける大輔。光子朗は現実世界で彼に接触しようと賢の自宅を調べて向かうが、カイザーとしてデジタルワールドを征服する決意を固めた賢は、すでに現実世界に別れを告げてしまった後だった…。その頃カイザーは、征服のための武力として太一のアグモンに狙いをつける。ところがイービルリングの暴走により、アグモンは凶暴なスカルグレイモンへと進化してしまう！
第10話『敵はメタルグレイモン』
｢もうお前のパートナーデジモンではない…僕のしもべだ｣(カイザー)アグモンがカイザーの手に落ちたことに苛立ちを隠せない太一。一方カイザーは過酷なまでの実験をアグモンに行い、その結果イービルリングの改良を思いつくのだった。デジタルワールドに入った太一たちは、ワームモンによって基地から逃げ出すことができたアグモンを見つけ出す。喜ぶ一同だったが、そこに現われたカイザーの持つイービルスパイラルによってアグモンは邪悪な色に染まったメタルグレイモンへと暗黒進化してしまう…
第11話『青い稲妻ライドラモン』
｢ケンカもしないでいたら、一生友達になんかなれないんだ｣(太一)太一のパートナーに攻撃できない大輔は、取り返すためには戦うというタケルとケンカしてしまう。そんな二人を見て、過去に対立から友情を育んだ太一とヤマトは温かい目で見守る。そしてカイザーを追う最中、友情のデジメンタルを見つける選ばれし子供たち。誰も持ち上げることができずにいたその時、メタルグレイモンが襲ってきた！戦いの中、仲間の気持ちを理解できなかったことに気付いた大輔に、友情のデジメンタルが反応する！
第12話『デジモン牧場の決闘』
｢俺は女の子とトランプがしたい、だから女の子だけ！｣(リボルモン)ピヨモンからのSOSを受け取ってデジタルワールドに向かった空と大輔たち。そこは西部劇の舞台のような荒野。この町の保安官スターモンにピヨモンの行方を聞く空だったが、スターモンはイービルリングに支配されていて全員捕まってしまう。この危機に現われたのは正義の味方を名乗るリボルモンだが、女の子しか助けないと言うと空と京を連れてどこかへ行ってしまう。残された大輔と伊織から話を聞いたスターモンが追いかけるが…
第13話『ダゴモンの呼び声』
｢―思いが世界をつなぐ！！｣(テイルモン)誰かに海のようなところへと呼ばれている気がすると、最近ヒカリの様子がおかしい。心配するタケルだったが、兄・太一ばかり頼りにするヒカリに思わず怒ってしまう。その放課後、ヒカリがテイルモンの目の前で忽然と消えた。デジタルワールドに捜しに行こうとする大輔だが、タケルはヒカリが別の世界に行ったことを直感しお台場の海へと向かった。一方見たこともない世界で彷徨っていたヒカリは、自分を呼んでいた声の主と出会う。
第14話『疾風のシュリモン』
｢もしかしたら京さんの赤裸々な心の叫びに反応したのかも！｣(伊織)デジタマモンのレストランに入った京たちだが、そこの支払いは円でなくドルだった。困った京たちを救ったのは、アメリカにあるゲートからデジタルワールドに入ったというミミとマイケル。彼はアメリカで戦っていた選ばれし子供であった。そこへ突然、性格が変わってしまったデジタマモンが襲いかかる。あくまでもデジタマモンを信じるミミの心に共感する京。彼女の赤裸々な告白に反応して、突如純真のデジメンタルが現われた！
第15話『シュリモン武芸帳』
｢手裏剣使いのようだけど、でもデジタルワールドじゃ2番目ね｣(京)江戸時代を思わせる城下町へと入った選ばれし子供たち。だがすでに町にはイービルリングに操られたデジモンであふれていた。ゲコモンの手引きで城へと逃げ込む大輔たち。城には城主のトノサマゲコモンのほか、多くのデジモンが避難していたのだ。しかし忍び込んだイガモンによってトノサマゲコモンはイービルスパイラルをはめられてしまう。さらにイガモンはシュリモンに手裏剣使いの名をかけた1対1の決闘を申し込んできた！
第16話『サブマリモン海底からの脱出』
｢ウソだけはいけないって、おじい様に言われたのに…｣(伊織)反応があった海底油田へと向かう選ばれし子供たちだったが、メガシードラモンの攻撃で海底油田に閉じ込められてしまう。そこで伊織を一人乗りの脱出ポットに乗せて送り出す大輔たち。助けを求めに現実世界に戻った伊織は、テスト中の丈に会うためウソをついてしまう。そのおかげで救助に間に合う丈とイッカクモン。しかしウソをついた自分が許せない伊織は、せっかく見つけた誠実のデジメンタルを持つ資格はないと自分を責める…
第17話『お台場メモリアル』
｢…私はここよ…もういい、私はここよ…！｣(テイルモン)8月1日…それは運命のサマーキャンプがあった日。“選ばれし子供”たちは3年前を懐かしんで、この日に集合して思い出を語っていた。その晩、久しぶりに一緒に過ごすヤマトとタケルは父の勤めるテレビ局で幽霊騒ぎが起きていることを聞く。3年前を懐かしんだ子供たちは、最後の8月3日にそのお台場にあるテレビ局へと足を向けた。しかしテレビ局では幽霊騒ぎがパニックに。そしてこの現象に何かを感じるテイルモンだが…
第18話『カイザーの基地を追え！』
｢…私は、そんな京さんが好きなんです｣(ホークモン)カイザーの基地を見つけたこともあって、本格的にデジタルワールドに行く計画を立てる “選ばれし子供”たち。太一たちの協力でキャンプに行くということにして、カイザーを倒すまで追い続ける作戦だ。しかし見つけたはずのカイザーの基地はいつの間にか消えていた。緊張が悪い方向にいってしまった京は、周囲が唖然となるほどのカラ回りな行動をとる。その結果、突然現れたドクグモンの猛毒から京をかばってホークモンが倒れた！
第19話『合成魔獣キメラモン』
｢一乗寺さん、いつまで世界征服ゴッコしている気？｣(タケル)カイザーの基地が空を移動する要塞であることを突きとめた選ばれし子供たち。タケルと伊織が基地への侵入に成功するが、カイザーは自らが進めていた最終計画に必要な暗黒系デジモンのデータを入手するのだった。それを見て3年前の悲劇を思い出したタケルは、怒りから自分を見失ってしまう。カイザーの目的、それは強力なデジモンたちの優秀な部分を合成したオリジナルデジモンだった。そして究極の魔獣キメラモンが誕生してしまう！
第20話『超絶進化！黄金のマグナモン』
｢僕は賢ちゃんを救いたいんだ…お願い僕を信じて！｣(ワームモン)無意味な破壊活動を続けるキメラモン。カイザーの暴挙を止めるため、決死の覚悟で移動要塞に侵入する選ばれし子供たち。動力炉さえ破壊すれば移動要塞は止まるが、その前にキメラモンが立ち塞がった。その強力な攻撃によって次々傷つき倒れ、幼年期に戻っていくデジモンたちを見ていたカイザーの動きが止まる。それは現実世界で大輔たちが連れていた生き物だったからだ。カイザーはデジモンをただのデータだと思っていたのだ…
第21話『サヨナラ、賢ちゃん…』
｢ワームモン、お前こんなに軽かったんだ……ワームモン…？｣(賢)移動要塞の動力室で黄金に輝く奇跡のデジメンタルを手に入れたブイモンはマグナモンへとアーマー進化した。そしてワームモンの捨て身の援護を受けてマグナモンは強敵キメラモンをなんとか消滅させる。この結果を見て、デジタルワールドをリセットして最初からゲームをやり直すと言いだすカイザー。だがデジタルワールドも現実の世界だと知らされ、今まで自分がやってきた行動を激しく後悔する。しかし時すでに遅く、ワームモンは…
第22話『豪勇進化！エクスブイモン』
｢えーっ！？俺が成熟期に進化する練習の作戦？｣(ブイモン)カイザーが倒れたことで、デジタルワールドにも久しぶりに平穏な時間が訪れた。そこで荒廃してしまったデジタルワールドを元に戻そうと復旧作業に走り回る“選ばれし子供”たち。だがタケルとヒカリは自分たちがまだデジタルワールドに来られることから、この先に何か良くない事件が起こるであろうと考えていた。一方、大輔はヒカリに良い所を見せるためにブイモンを成熟期へと進化させようと、あれこれ策をめぐらせていたのだが…
第23話『デジヴァイスが闇に染まる時』
｢僕の命を喜んでくれるのはワームモンだけ？…ううん、違う｣(賢)デジタルワールドから自宅へと戻ってきた賢。手放しに喜ぶ父と母だったが、心に大きな傷を受けた賢はひたすら眠り続け、その夢の中で過去を振り返っていた。優秀な兄・治が自慢だったこと、デジヴァイスが現われたときのこと、治が死んでしまったこと、そして謎のメールに従って暗黒の力に取り込まれデジモンカイザーとなったこと。長い眠りから目覚めた賢はふたたびデジタルワールドへと向かった。失った自分の心を捜すために…
第24話『大地の装甲アンキロモン』
｢…また、ダークタワーが機能し始めたのかもしれない…｣(タケル)少しずつデジタルワールドの町も元通りになり、デジモンたちも町に帰ってきた。ヤル気満々で復旧作業をするべく進化しようとするブイモン。だが、何故か進化できない…。そのころ地下で作業しようとしていた伊織をサンダーボールモンが襲ってきた。操られていないデジモンと戦えないと悩む伊織。この危機を救うためアルマジモンはアンキロモンへと進化できるようになる。そして見たこともない謎のデジモンが現われた！
第25話『大空の騎士アクィラモン』
｢もうデジモンカイザーなんかじゃない！…今は仲間！｣(京)賢を仲間にしようとする大輔だったが、みんなはカイザーだったころの賢を許せずにいた。そこで直接話に行った大輔だったが、賢は謝罪はするが仲間になれないという。一方、謎の女の行動を目撃したパルモンはミミにそのことを告げようとするが、ゴーレモンの攻撃で気を失ってしまう。ミミの連絡で駆けつけた選ばれし子供たちだったが、本気でダムを破壊しようとするゴーレモンを止めるのためどうするかで意見が分かれてしまう。
第26話『ジョグレス進化 今、心をひとつに』
｢なんで僕はデジモンカイザーになってしまったんだ……｣(賢)光子郎からデジタルワールドの異変を知らされる大輔たち。カイザーの移動要塞の残骸に暗黒のエネルギーが集まり、このままでは数百キロに被害を及ぼす大爆発が起こるというのだ。要塞動力炉にあった優しさの紋章が無くなったのが原因と考えた大輔は賢に連絡を取る。だが謎の女が賢に足止めをかけ、さらに完全体のオオクワモンを大輔たちにぶつけてきた。かろうじて間に合う賢だが、自分の犯した罪の重さから捨て鉢な行動を…！？
第27話『無敵合体！パイルドラモン』
｢凄い一体感を感じたんだ…俺たちは仲間だってそう思ったよ｣(大輔)過去の誤ちから自分を責め続ける賢の孤独な心が大輔の熱い言葉によって氷解したその時、奇跡が起きた。エクスブイモンとスティングモンが合体し、パイルドラモンへとジョグレス進化を果たす！完全体に勝るとも劣らない能力を持ったパイルドラモンの力で暗黒の力の暴走を収まらせ、爆発を未然にふさいだ大輔たち。この新たな力：ジョグレスを聞いた光子郎は、まだ大輔たちに話していない、この3年間にあった出来事を語り始める。
第28話『昆虫使いの罠！！』
｢わかってる、まだ仲間になる事に抵抗があるんだよね｣(ワームモン)謎の女の行動を未然に阻止するため、ダークタワーの破壊を優先する大輔たち。一方選ばれし子供たちを一掃しようと、謎の女は建物も家具も巨大な館：ギガハウスへ来いと挑戦状を送ってきた。罠と知りつつギガハウスに向かう大輔たち。彼らを待っていたのは昆虫型デジモンの大軍団だった！普通のデジモン相手に、大輔たちは倒すことが出来ず苦戦…。だが妖しい笛の音が鳴り響く場所へとたどり着くと、そこには謎の女が待っていた！
第29話『アルケニモン蜘蛛女のミス』
｢私の正体が見れて、あなたたち幸せなのかしら？｣(アルケニモン)妖しい笛の音によって昆虫型デジモンを自在に操る謎の女。スティングモンとディグモンまで笛の音で操られ、敵となり大輔たちを襲う。しかし大輔たちは協力してパソコンにより笛の音を解析、その音を打ち消すことができる音を作り出してこの危機を脱した。これにより状況は一気に逆転かと思えたが、謎の女はついにその正体である完全体デジモン・アルケニモンへと姿を変える。そしてそこへもう一体、謎のデジモンが現われた。
第30話『暗黒究極体ブラックウォーグレイモン』
｢伊織も、一乗寺も、もう少し大人になってもらわねぇとな…｣(大輔)たび重なる失敗にイラつくアルケニモンはついに奥の手を使うことを思いつく。一方、仲間になったもののお互いになじめない賢と伊織。いろいろと思案する大輔たちだったが、そこへアルケニモンが姿を現した。そして大輔たちの目の前で百本のダークタワーを融合させ、最強にして最悪の究極体デジモン・ブラックウォーグレイモンを誕生させる。その圧倒的な戦闘力の前に、パイルドラモンさえ一方的な敗北をきっしてしまうのだった…。
第31話『愛の嵐シルフィーモン』
｢闇に飲み込まれそうになったら私が手を握って必ず連れ戻す！｣(京)ブラックウォーグレイモンを追う大輔たちだったが、異相のズレによって京とヒカリ、そして賢が別空間へと迷い込んでしまった。闇の誘惑を断ち切れないことを恐れるヒカリと、好転しない状況にパニックにおちいる京。二人はそんなお互いの気持ちをぶつけることで理解と友情を育んでいく。そしてそこへアルケニモンから送り込まれた刺客が現われたとき、アクィラモンとテイルモンがジョグレスによってシルフィーモンへと進化した！
第32話『謎の遺跡ホーリーストーン』
｢……心…？……心とは、どこに……？｣(ブラックウォーグレイモン)当てもなくさ迷うブラックウォーグレイモン。それはダークタワーから生まれた自分に心があることを戸惑っていたからだった。アグモンはそんなブラックウォーグレイモンの前に現われ、話しかけようとする。一方、デジタルワールドの混乱を望むアルケニモンは、マミーモンの提案でホーリーストーンの破壊を試みる。大輔たちはそれを阻止しようとするが、一部の破壊を許してしまい、それによりブラックウォーグレイモンに影響が…！？
第33話『謎の遺跡ホーリーストーン』
｢いったいどうして現実世界に現われたの？何のために…｣(京)ホーリーストーンを破壊することが自分の生きる意味だと考えたブラックウォーグレイモン。大輔たちの奮闘も空しく、第2のホーリーポイントも破壊される。一方、修学旅行で京都に来ていた京の前に、ブラックウォーグレイモンとデジモンたちが姿を見せる。それはホーリーストーンが破壊された影響で、空間に歪みができたからだった。偶然知り合った空の父と丈の兄の協力で、京はデジモンたちをデジタルワールドへ帰そうとする。
第34話『ホーリーポイントを守れ』
｢許せない…！そんな力で世界を変えようなんて…！！｣(タケル)またしてもホーリーストーンを破壊したブラックウォーグレイモンに対し、タケルはその増大する闇の力に激しい憎悪の表情を見せる。そんなタケルを理解できずに戸惑う伊織。そして第4のホーリーポイントを守るべく待ち構える大輔たちだったが、圧倒的なブラックウォーグレイモンの力の前に屈してしまう。だがタケルの怒りに呼応するかのように、エンジェモンはホーリーストーンの力を借りホーリーエンジェモンへと超進化した！
第35話『爆進！ブラックウォーグレイモン』
｢イヤです！……僕は心を持ったあなたとは戦いたくない！！｣(伊織)ブラックウォーグレイモンの進撃は止まらず、第5のホーリーポイントも破壊された。大輔が賢を家に招いて真剣に作戦会議を行う一方、タケルの闇に対する憎悪の訳を知りたい伊織は兄のヤマトに話を聞きにいく。タケルの悲しい過去を聞かされ、なぜ闇の力を憎むのか、その理由を知る。しかしどんな理由があろうとも、心を持つデジモンと戦えない…。そう思った伊織はブラックウォーグレイモンの前に立ち塞がり説得を試みようとする。
第36話『鋼の天使シャッコウモン』
｢…もしかして僕たち、ジョグレス進化できるかもしれない｣(タケル)最後のホーリーストーンを探すブラックウォーグレイモン。一方、大輔たちもホーリーポイントのある場所を探しにデジタルワールドの中華街まで来ていた。腹ごしらえに入った店で偶然アルケニモンたちに出会う大輔たち。だがエネルギー不足から敗北してしまう。このまま後を追うよりはまず腹ごしらえが先と、真面目で余裕のない自分を変えてみようとする伊織。この行動に今なら伊織とジョグレス進化ができると、タケルは考えるが…。
第37話『巨大究極体チンロンモン』
｢俺はアンタに会えてよかった…｣(ブラックウォーグレイモン)ついにアンキロモンとエンジェモンもジョグレスしシャッコウモンへと進化したが、ジョグレス体3体が同時にかかってもブラックウォーグレイモンは止められなかった。しかしその時、大輔たちのデジヴァイスから光が飛び出し、デジタルワールドを守護する究極体：チンロンモンが現われる。チンロンモンに諭され何処かへと去っていくブラックウォーグレイモン。そしてチンロンモンは大輔たちにこの戦いに隠された真実を語り始める。
第38話『ホーリーナイト・デジモン大集合！』
｢あの事件はまだ終わっていませんよ、まだまだこれからです｣(及川)ダークタワーもほとんど倒し、デジタルワールドは平穏を取り戻した。太一たちへのクリスマスプレゼントにアグモンたちを現実世界に連れてくる大輔たち。そしてイブの夜、太一たちはヤマトのコンサート、大輔たちは賢の家でパーティーと、久しぶりの平和を楽しんでいた。ところが、お台場にダークタワーとデジモンが突如現れた。大輔たちは事態を収めようと現場に急行するが、それはこれから起こる大事件の幕開けでしかなかった…。
第39話『全員出動！インペリアルドラモン』
｢選ばれし子供たち全員が力を合わせるときだ！｣(ゲンナイ)一夜にして世界中に出現したダークタワー。 田町にも現れたと聞いた大輔は、賢を救いに単身田町に向かった。他の選ばれし子供たちは光子郎の家に集まり、今後のことを話し合う。そこへデジタルワールドからゲンナイが現われ、そしてチンロンモンから預かってきた光をデジヴァイスへと注いだ。光を浴びて元の力を取り戻すデジモンたち。苦戦していたパイルドラモンもこの光を浴び、究極体・インペリアルドラモンへと進化する！
第40話『ニューヨーク香港大混戦！』
｢…話しに行ってもいいのだが中国語は解らない｣(エンジェウーモン)現実世界に現われたダークタワーをすべて破壊するため、世界中の選ばれし子供たちと協力する大輔たち。大輔はインペリアルドラモンで皆を世界各地に送った後、マイケルの飛行機に乗ってニューヨークにいるミミと合流する。ニューヨークでゲンナイの仲間：ベンジャミンから、チンロンモンの光をもらい力を取り戻すパルモン。そのころ香港では、到着した光子郎とヒカリが言葉の壁からコミュニケーションができずに困っていた…。
第41話『サンゴとベルサイユ大乱戦！』
｢お前のおじいちゃん呼ばない方がよかったんじゃないのか？｣(太一)現実世界に現われたデジモンたちをデジタルワールドへと戻すため、世界中に散って現地の選ばれし子供たちと協力する大輔たち。南半球のオーストラリアに降り立った丈と伊織は、日本とは逆に夏のビーチで楽しむ人々を横目にして水棲デジモンたちと格闘する。一方パリへとやって来た太一とタケルは、凱旋門の前でタケルの祖父：ミシェルと合流。しかしデジモンたちを探す途中で、ベルサイユ宮殿の異常に気付いて中に入ってみると…。
第42話『恋とボルシチ 大激戦！』
｢ピロシキって言ったら右旋回、ボルシチって言ったら左旋回！｣(京)メキシコでは追い込んだデジモンたちの後を追って、ヤマトと賢がマヤ遺跡に来ていた。協力にやって来た現地の子供：チチョスが賢にべったりしてワームモンは面白くない。ロシアでは空と京が現地の子供と合流するも、お互いに言葉が通じないため困ってしまう。そこで京の発案でロシア料理の名前を使い、作戦を遂行していた。その一方で、日本では選ばれし子供たちがいなくなった隙にアルケニモンが次の作戦の準備を進めていた…！
第43話『デーモン軍団の襲来』
｢3年前の時のように…戦わなきゃならない時がそのうち来る｣(太一)東京から次々と姿を消す子供たち。それはアルケニモンたちの新しい作戦の始まりだった。さらに都内各所で闇の勢力のデジモンたちが現われる。その内の一体：スカルサタモンに苦戦を強いられるインペリアルドラモン。しかもアグモンたちは現実世界に長時間いたため、疲弊していた。アグモンたちはデジタルワールドに戻る前に残りのエネルギーをインペリアルドラモンへ送り、インペリアルドラモンをファイターモードへと進化させる！
第44話『暗黒デジモンとの死闘』
｢敵を倒しちゃった…お父さんこれで良かったのでしょうか…｣(伊織)アルケニモンは誘拐した子供たちを盾に賢を拉致した。それを追いかける大輔たちだったが、同じく賢を狙うデーモンの部下と対決することに。一方、事件の黒幕である及川の元へ連れてこられた賢は、2年前の冒険の際に身体に埋め込まれた“暗黒の種”のデータを奪われていた。街では暗黒デジモンの非道な攻撃で無関係な人たちが巻き込まれいく。しかし京と伊織は生き物であるデジモンを殺すことはできないと、攻撃を躊躇してしまう。
第45話『暗黒のゲート』
｢闇の力になんかに負けんな！俺たちがついている！！｣(大輔)賢の体内にある“暗黒の種”を巡って争う及川とデーモン。その隙を突いて大輔はなんとか賢の救出に成功する。京たちもその場に駆けつけ、大輔たちは全員でデーモンに戦いを挑む。…しかし、暗黒の力を持つデーモンの力には及ばなかった。ゲートを自由に開けられるデーモンはデジタルワールドに送り返しても無意味。自力で戻れない場所、そこは暗黒の海だけ。かつて行ったことがある賢は、決死の覚悟で暗黒のゲートを開こうとする！
第46話『ブラックウォーグレイモンVSウォーグレイモン』
｢俺かお前か…どちらか1体でいい｣(ブラックウォーグレイモン)子供たちが解放され誘拐事件は解決したかに見えた。子供たちに植え付けられた“暗黒の種”を取り除かなければ、真の解決にはならない…しかしその方法を知る及川の行方はつかめなかった。そんなとき太一は、デジタルワールドにいるアグモンに呼ばれる。帰ってきたブラックウォーグレイモンに対抗するため、チンロンモンから再び究極体になる力を授かったというのだ。そのころブラックウォーグレイモンは及川の前に現れていた…。
第47話『ブラックウォーグレイモンの封印』
｢私は一人でなければならない…今までも、そしてこれからも｣(及川)ふとしたことからデジモンのことを祖父に知られてしまう伊織。だが祖父は怒るばかりか、殉職した伊織の父が友達と一緒に少年時代からデジタルワールドの存在を信じていたことを教える。一方、一人の子供に植え付けられていた“暗黒の種”が花開こうとしていた。その花を手に入れようと姿を現わした及川は、伊織が自分の親友：浩樹の子供だと知る。かつて及川と浩樹は、一緒にデジタルワールドに行こうと考えていた親友だったのだ。
第48話『恐怖！ベリアルヴァンデモン』
｢お前が誰かわかったぞ！…お前はヴァンデモンだ！！｣(テイルモン)及川によって光ヶ丘に集められた子供たち。“暗黒の種”を使って、この場所からデジタルゲートを開こうというのだ。ゲートは自らを犠牲にしたブラックウォーグレイモンによって封印されているはずだったが、開いてしまう。その後を追いかける大輔たち。しかし及川と子供たちがたどり着いたのは、デジタルワールドとは違う別の世界だった。そして及川の身体から、今回の事件を影で操っていた存在：ベリアルヴァンデモンが現われる！
第49話『最後のアーマー進化』
｢俺は今が一番幸せなんだ！……何の不安も悩みもない！！｣(大輔)みんなが圧倒的な力を持ったベリアルヴァンデモンに恐怖する中、一人熱く闘志をみなぎらせる大輔。その心に応えるかのように、エクスブイモンの攻撃は少しずつ威力を上げていく。しかしベリアルヴァンデモンによって幻の世界に送り込まされ、ピンチに…！？だが、一人一人がその幻を打ち破り、元の世界に戻ってくる。そして思いの強さが現実となるこの世界で、打倒ベリアルヴァンデモンを望んだ子供たちの思いが奇跡を起こす！
第50話（最終回）『ぼくらのデジタルワールド』
｢頑張れば誰にだってできることはあるはずだ！！｣(大輔)もう一歩のところまで追い詰めたものの、デジタルワールドに入って力を取り戻してしまうベリアルヴァンデモン。そしてデジタルワールドに残った闇の力を使い現実世界とデジタルワールドを統一しようとする。だがこの危機に、世界中の選ばれし子供たちのデジヴァイスが光を放ち、そのパートナーデジモンと共に闇を光で照らした。だが“暗黒の種”を植え付けられた子供たちの闇は消えない。そんな彼らに、大輔は夢について語った…。