第101話『銀河の眼（ぎんがのまなこ）』
ドラゴンを従え、一人敵に立ち向かうデュエリスト…その名は「カイト」！荒廃したハートランドで、デュエルは争いの道具ではないことを訴える遊矢。それをさげすむように、カイトはデュエルを挑んでくるのだった!! 挑発に乗る沢渡、それを止めようとする権現坂、3人のデュエルが始まる！しかし、カイトのドラゴンは圧倒的な力を見せつけ…!?
第102話『非情の狩人（かりゅうど）』
怒りに支配されるカイトに立ち向かう遊矢!! しかし、心を固く閉ざしたカイトに遊矢の想いは届かず、圧倒的な力で遊矢は追い詰められていく。その時、遊矢の中のユートが「ダーク・リベリオン」の召喚を指示するのだった…！ユートの目的とは!? そして遊矢はカイトと、デュエルで心を通じ合わせることができるのか!?
第103話『華々しき機械天使（きかいてんし）』
アレンとサヤカから、カイトの家族がアカデミアによってカード化された事を聞かされる遊矢。カイトの心の奥底にある悲しみを自分が理解できなかった事を悔やむ遊矢だが、アレンたちから３年前に姿を消した父・遊勝の手掛かりを得るのだった…！その頃、ひとり融合次元へ飛ばされた柚子はアカデミアに追われていた。その危機を救うべく現れた美少女の正体は…!?
第104話『D」の名を持つHERO』
危機を救われた明日香に連れられ、柚子はある場所へと向かう。そこは融合次元にある小さなデュエルスクール「遊勝塾」だった…！その頃、父・遊勝の行方を追う遊矢は、謎の少年にデュエルを挑まれる！少年は遊勝に深い憎しみを持ち、その息子である遊矢に容赦ない攻撃をしかけてくるのだった…!!
第105話『レジスタンスの絆』
ひとりアカデミア兵に立ち向かうカイトを止めるため、駆けつける黒咲。しかしカイトはその手を振りほどき、黒咲に牙をむく…!!遊矢とのデュエルでもかなわなかった、怒りにまみれたカイトの心の解放…。自分の想いをぶつけるかのように立ち向かってくるかつての同志・黒咲にカイトは…!?
第106話『アークエリア・プロジェクト』
融合次元の「遊勝塾」で柚子と再会を果たした遊勝は、「あの」3年前に起こった出来事を静かに語り始める。そして「デュエルで笑顔を」という遊勝の教えを守る明日香の姿に共感する柚子。そんな時、塾生がアカデミア兵を相手に傷ついた姿で現れる！ その相手はユーリだった…！ 遊勝塾の塾生たちは、不気味な笑みを浮かべるユーリに立ち向かう!!
第107話『決闘（デュエル）に飢えたアマゾネス』
黒咲とのデュエルの後、姿を消したカイトをひとり捜すサヤカ。一方、融合次元の赤馬零王が送り込んだ女決闘者グロリアとグレースのタイラー姉妹はエクシーズ次元に到着していた。さまようサヤカの姿を目にした姉妹はさっそくデュエルを仕掛ける。駆けつけたアレンも加わり、2対2のタッグ・デュエルが始まるが、タイラー姉妹の圧倒的な強さにアレンとサヤカは追い詰められていく…!!
第108話『アマゾネス・トラップ』
突然街に響き渡る沢渡の悲鳴…!! 駆け付けた遊矢と黒咲の目の前には、倒れた沢渡と権現坂の姿、そしてその先にはタイラー姉妹が立ちはだかるのだった!! 容赦なく仲間たちを傷つけるアカデミアの戦略に怒る遊矢は、黒咲とともに2人に挑む!! 薄笑いを浮かべながら遊矢と黒咲を追い詰めていくタイラー姉妹に、遊矢はエンタメデュエルで立ち向かう!!
第109話『戦場に果てる隼（はやぶさ）』
黒咲の仲間、アレンやサヤカと絆を深める遊矢たち。そんな彼らの前に、突然オベリスクフォースが現われる！ 「エンタメ」という自分のデュエルを貫こうとする遊矢、そんな遊矢の熱い想いを感じ、ともにオベリスクフォースに立ち向かう黒咲。自分自身、そして仲間を信じる2人によるタッグデュエルが幕をあけるのだった!!
第110話『破かれたスマイル・ワールド』
傷ついた黒咲の救護を急ぐ遊矢の前に、突然現われるエド！ デュエルは力の象徴であると信じるエドは、遊矢、そして遊勝の「エンタメデュエル」を己の力で否定するためにデュエルを仕掛けてきたのだった。そんなエドにとまどう遊矢だが、彼の本心を知るため、ユートの制止を振り切りこの闘いに挑む…！
第111話『ペンデュラムハート』
遊矢は父・遊勝から受け継いだデュエルが持つ力を信じ、エンタメデュエルを否定するエドに立ち向かう…！ そんな遊矢のデュエルを見て、エドの脳裏にはかつての遊勝とのデュエルの記憶がよみがえる。「スマイル・ワールド」に対するそれぞれの想い、遊矢とエドの心はデュエルを通して分かり合うことができるのか!?
第112話『笑顔あふれる街へ』
遊矢との闘いで、デュエルの楽しさを知ったエド。そんな彼の姿を見たユートは、レジスタンスの仲間たちに、この争いを終わらせるために本当に必要なものが何なのか、自分の想いを静かに語り始める。その頃、融合次元の遊勝塾に現われるデニス…!! その視線の先には遊勝の姿があった…！
第113話『修羅の渇望』
融合次元に到着した遊矢たちの前に、アカデミア兵を引き連れたデニスが現われる！ さらにその背後には、かつて遊矢とデュエルで闘った「あの男」の姿が…！ 遊矢の行く手をはばもうとデニスが準備していたデュエルが今、始まる…!!
第114話『闇に輝く超銀河（ちょうぎんが）』
アカデミア行きの船に乗り込んだ遊勝たちだが、その船上ではカイトvsデニスのデュエルが始まろうとしていた！ かつて遊勝からデュエルを学んだ２人は、己の信じるもの、守るもののために激しくぶつかり合う！遊勝たち、そして多くの乗客が見守るデュエルは、衝撃の展開に…!!
第115話『決闘海賊（デュエルかいぞく）キャプテン・ソロ』
遊矢たちがセレナに案内され乗り込んだ船は、なんと海賊船だった!! 罠だと気づくも時すでに遅く、突然の事に動揺する遊矢たちを、決闘海賊（デュエルかいぞく）キャプテン・ソロは激しい攻撃で追いつめていく！ しかしその時、聞き覚えのある声が…！
第116話『太陽と月の守護者』
アカデミアの塔にリンが捕われていると知り、急ぎ救出に向かうユーゴの前に「東の塔の番人」が立ちふさがる!! 同じくその頃、瑠璃の救出に向かったカイトの前には「西の塔の番人」が現れるのだった…!! 捕らわれの身となったリンと瑠璃を、２人は助け出すことができるのか!?
第117話『牙をむく鈴の音（きばをむくすずのね）』
久々の再会に喜び合うユーゴとリン。しかしそれもつかの間、突然リンがユーゴにデュエルを挑む…!! 幼い頃、シティでともにデュエルを楽しんできた２人。しかしユーゴは、リンが召喚するモンスターに違和感を覚えるのだった…!!
第118話『サバイバル・デュエル』
アカデミアの訓練施設へと連れて行かれた遊矢たち。そこで待ち構えていた教官のサンダースは、自分の教え子たちに「特別授業」を実施する。その内容とは、負けた者をカード化するサバイバル・デュエルだった！ 遊矢たちランサーズvsアカデミアの生徒、生き残りを懸けた５対５のデュエルが今始まる…!!
第119話『闇に落ちた小鳥』
久々の再会に涙する瑠璃と、妹の無事な姿を喜ぶ黒咲。しかし、瑠璃の様子が急変しデュエルを挑んでくる…！ エドの情報から、瑠璃が何者かに操られていると気づいた黒咲は、自らの力で妹を救うためひとり立ち向かう！ しかし見慣れないモンスターを召喚する瑠璃に、黒咲は苦戦を強いられるのだった…！
第120話『バトル・ビースト』
密林フィールドに潜む姿の見えない敵を追う遊矢たち。その正体はサンダースの教え子の中で最強と言われるデュエリスト「バトル・ビースト」だった!! 敵味方関係なく相手をカード化していくバトル・ビーストに対し、遊矢と権現坂は力を合わせ立ち向かうが、予想を超える猛攻に追い詰められていく！ その時、聞きなれたエンジン音が密林に響き渡る!!
第121話『最凶の烙印』
傷ついた権現坂に代わり、遊矢とデュエルに挑むジャック！ ２人は息の合った戦略で反撃を開始する！ 次第に追い詰められていくバトル・ビーストの姿にしびれを切らしたサンダースは、突然デュエルに乱入するのだった!! 互いを信じともに闘う遊矢とジャック、一方で力で相手を支配するサンダースとバトル・ビースト、このタッグ・デュエルの行方は!?
第122話『グローリー・オン・ジ・アカデミア！』
遊矢・ジャックvsBB・サンダースのデュエルは続く。しかし、サンダースに牙をむくBBを見て、遊矢はデュエルを通してBBの心の奥底に眠る想いを感じようとするのだった。デュエルは力の象徴だと信じてやまないBB、そしてアカデミアの生徒を前に、遊矢とジャックのタッグは、彼らの心を変えることができるのか…!?
第123話『栄光の機械竜（きかいりゅう）』
アカデミア内で合流した遊勝と零児たちの前に、ユーリが襲い掛かる…!! 明日香は遊勝をプロフェッサーのもとに向かわせ、ひとりユーリに立ち向かうのだった。アカデミアの選ばれし者に与えられる「優等生デッキ」を手に不気味な笑みを浮かべるユーリに対し、遊勝の教えである「笑顔のデュエル」を伝えようとする明日香。かつて同じアカデミアの生徒だった２人の闘いの行方は…!?
第124話『蘇る幻影騎士団（ファントム・ナイツ）』
セレナに連れ去られた柚子を捜し、アカデミアを走る遊矢は偶然にも瑠璃と出会う。遊矢の中のユートも瑠璃の無事を喜んでいたその時、豹変した瑠璃がデュエルを挑んでくる！ ユートの強い想いから、遊矢のデッキからはユートのカードが現れ、「デュエルは笑顔をもたらすもの」と教えてくれた瑠璃を救うため、ユートの闘いが始まる!!
第125話『烈火の竜』
瑠璃を救おうとする遊矢とユートの前に現れるセレナ。２人を操るドクトルの思惑通り、「パラサイトモンスター」の威力は遊矢たちを追い詰め、さらに遊矢そのものに異変をもたらす…!! オッドアイズ、ダーク・リベリオン、２体のドラゴンが姿を現したその時、遊矢はまるで悪魔のような表情を浮かべるのだった!!
第126話『悪魔が生まれた日』
素良をカード化しようとするユーリの前に現れたユーゴは、ユーリにデュエルを挑む！２人が互いのドラゴンを召喚し激闘を繰り広げていたその頃、遊勝は零児たちとともに赤馬零王と対面していた。世界を破滅へと導く悪魔のデュエリストとその４体のドラゴンの存在を語り始める零王…!! 世界が４つの次元に分裂したその理由とは!?
第127話『リバイバル・ゼロ』
「覇王龍ズァーク」によってもたらされた世界の最期、ひとつの世界が４つに分断された日のことを語り始める零王。かつて、零王の代わりにズァークに立ち向かった少女・レイの想いは零羅によって語られるが、それは母・日美香による策略だったことに零児は気づく。この悲劇への怒りを抑えきれない零児に対し、零王は「リバイバル・ゼロ」への協力を求めるのだった…!!
第128話『決戦！精霊機巧軍（スピリット･テック･フォース）』
赤馬零王の目的は、「リバイバル・ゼロ」を遂行し、柚子たち４人の少女を統合すること。それを聞き、怒りに満ちる遊矢、そして父との決別を決意する零児の２人は、零王の野望を打ち砕くべくデュエルを挑む!! 一方、その闘いを固唾（かたず）を飲んで見守る遊勝の心には、息子・遊矢に対する得体の知れない違和感が満ち溢れていくのだった…。
第129話『覇王の片鱗』
自分を飲み込もうとするズァークと闘う遊矢、そして父・零王の野望を阻止するため果敢に立ち向かう零児。零王とのデュエルに加え、２人それぞれの闘いは続いていた。一方、別の場所で対峙するユーリとユーゴ。それぞれのフィールドに召喚された４体のドラゴンは、まるで悪魔の復活を予感させるかのように共鳴する…!!
第130話『欲深き猛毒龍』
ユーリとユーゴのデュエルに乱入するエドとカイト！Dヒーローと光波竜で果敢に攻めるも、４人の闘いは激しさを増すばかり。しかし「デュエルの本当の楽しさ」を遊矢から教わったエドは、遊矢を救うため、ズァークという闇に飲まれようとする２人を救うため、新たなモンスターを手に全身全霊で攻撃を仕掛ける！その時、ユーゴの心に変化が…!?
第131話『常闇（とこやみ）に射す光』
復活の時が近づくレイの想いを伝えようとする零羅が、零児の前に立ちふさがる!! 零王の野望を阻止するため、先を急ぐ零児は「ＤＤモンスター」で猛攻を仕掛けるが、それを上回る零羅の戦略に驚がくする…!! 同じ頃、ユーゴvsユーリの闘いに決着がつこうとしていた！
第132話『稀代のエンターテイナー』
強大な力を手に、不気味な笑みを浮かべるユーリの標的は遊矢に…!! それを阻止すべくユーリの前に立ちふさがる遊勝。息子・遊矢への想いを胸に、ユーリとの激闘が幕を開ける…!! 遊勝のエンタメデュエルは、ユーリの暴走を止めることができるのか…！
第133話『輝かしきエンタメショー』
エンタメデュエルでユーリを追い詰めていく遊勝。「ズァーク」に飲み込まれそうになるのを必死にこらえる遊矢は、そんな父の姿を誇らしげに見つめ、自分を取り戻そうとしていた！ しかし、追い詰められれば追い詰められるほど、ユーリの口元には笑みが広がるのだった…！
第134話『闇の誘惑』
父・遊勝を倒したユーリへの怒りが頂点に達する遊矢。ついに遊矢vsユーリのデュエルが始まる!! 遊矢は父が残してくれた「スマイル・ワールド」のカードを手に、恐れずに闘う決意をするが、フィールドのドラゴンたちが共鳴し始めるのと同時に、心に拡がる闇は遊矢とユートを苦しめるのだった…!!
第135話『揺れ動く次元』
遊矢とユーリのデュエルが繰り広げられる一方、零王はついに「アークファイブ」の起動に成功し次元統合を開始する…！ そんな中、激しさを増すユーリの攻撃に次第に追い詰められていく遊矢だが、ユートのため仲間のために力の限り闘う!! ついに２人のデュエルは決着を迎えようとしていた…！
第136話『覇王龍君臨』
遊矢のデュエルで世界に平和がもたらされる…そう信じる零児たちの目前で、ついに「ズァーク」が目覚める…!! ズァークは言う、遊矢を信じる皆の想いが己を復活させたのだと。その強大な力で人々を絶望へと追い込むズァークを止めるため、素良とエドをはじめとするランサーズたちの新たな闘いが幕を開ける!!
第137話『反逆の覇王眷竜』
素良とエドの戦略すらものともしないズァークのデュエル。倒れた仲間の意思を継ぐべく、黒咲とカイトが立ち上がる！ ズァークの「覇王眷竜」が放つすさまじい力に耐えながら、ユートを、そして遊矢を助けようと２人は一心不乱にズァークへと挑んでゆく！ その想いは奇跡を生むことができるのか!?
第138話『暗翼の竜』
白熱するズァークとのデュエル、続いて権現坂とジャックが挑む！ ズァークはユーゴのドラゴンに似た「覇王眷竜クリアウィング」を召喚、フィールドに更なる脅威をもたらす…！ジャックは己の魂「レッド・デーモンズ」を守り抜くことで、ズァークの中に閉ざされた遊矢の「エンタメ魂」を取り戻そうとするのだった!!
第139話『闇に染まる眼』
次にズァークの前に立ちふさがるのは、沢渡、そしてカードからよみがえったクロウ・ホーガン!! ２人がデュエルを通して訴えかける遊矢への想いに、ズァークは一瞬の動揺を見せる。しかしそれを振り切るかのように「覇王眷竜オッドアイズ」を召喚するズァーク、その目前には赤馬零王の姿が…!!
第140話『魂のペンデュラム』
ズァークとの激戦が続く中、闘いに敗れた赤馬零王を前に零児が言う、『今のズァークには遊矢の魂がある』と。このデュエルを闘ってきたデュエリストたちも同様の感覚を持っていた。そしてついにズァークとの対決の瞬間を迎える零児。皆の遊矢への想いは、この闘いに奇跡を起こすことができるのか!?
第141話『ジュニアユース選手権』
遊勝塾でプロのエンタメデュエリストを目指す遊矢。塾には笑い声が響き、世界は平穏さを取り戻していた…。そんな遊矢のもとに赤馬零児から１通の招待状が届く。遊矢、権現坂、沢渡たちによる「ジュニアユース選手権」が開幕しようとしていた…!!
第142話『あふれる記憶』
舞網市内の火山フィールドでは遊矢、権現坂、沢渡、月影によるバトルロイヤルが繰り広げられていた！ 遊矢と沢渡のエンタメデュエルを中心に各々が全力でぶつかる闘いの中、突然、遊矢の脳裏にシンクロ次元でのデュエルの記憶がよみがえる…！ その記憶が意味するもの、そして零児の目的とは！？
第143話『覇王の魂』
かつてズァークだった遊矢を救うために犠牲となったレイラに笑顔を取り戻すため、そして姿を消した柚子を救うため、遊矢はフィールドに残った権現坂を相手に、新たな闘いを決意する!! 数々の激戦を切り抜けてきた親友２人のデュエルは、観客も息を飲むような熱戦を繰り広げるのだった…！
第144話『呪われし機械仮面（ギアマスク）』
エクシーズ次元へと向かう遊矢を待っていたのは、黒咲ではなくデニスだった！ 融合次元の襲撃が残した悲しみが消えないこの次元に、遊矢はデニスとともにエンタメデュエルで笑顔を取り戻そうとする。しかし、デニスが繰り出す「古代の機械(アンティークギア)」カードを目にした観客たちは、恐怖に怯えるのだった…！ デニスの目的とは!?
第145話『終わりなき反逆』
融合次元にたどり着いた遊矢は、妹を、親友を失った悲しみを赤馬零王にぶつける黒咲を目撃する。黒咲の激しい怒りの矛先は、かつてズァークとして存在していた遊矢にも向けられるのだった。失った大切なものを取り戻そうという強い決意に支配された黒咲を相手に、悲しくも熱い闘いの火蓋が切られる…！
第146話『ディメンション・ハイウェイ』
黒咲とのデュエルを終えた遊矢の前に、ジャックが立ちふさがる！ 今の遊矢では誰一人救うことなどできないと断言するジャックに、己の信じるデュエルで再び挑む遊矢だが、４体のドラゴンを召喚することに恐れを感じ、次第に追い詰められていく！ その時、遊矢の中で「彼ら」の声が…!?
第147話『解き放たれたドラゴン』
４体のドラゴンの力をみんなを笑顔にするために使うと誓う遊矢。その想いに応えるように、ドラゴンたちの攻撃はジャックをじりじりと追い詰めていく！ しかし、ジャックとの闘いを終えてもレイラからズァークの魂は消えず、笑顔は戻らなかった。自分にはまだ何かが足りない…そう痛感する遊矢に与えられた最後の試練、デュエルの相手は!?
第148話（最終回）『ペンデュラムが描く奇跡』
零児の「超死偉王」の前になすすべもない遊矢だが、ユート、ユーゴ、ユーリの後押しを受け、全身全霊で零児に立ち向かう!! 両者一歩も譲らぬ闘いを見守る人々、フィールドに立つモンスターたち、そして対戦相手の零児をも巻き込み、遊矢のエンタメデュエルは進化を遂げる…!! みんなを笑顔にするためのラストデュエル、その果てに遊矢を待つものは!?